建庫關鍵步驟
與一代和三代測序不同,二代測序儀對文庫片段的長度有嚴格要求(如Illumina平臺常用300-500bp)。若片段過長,測序讀長無法覆蓋;若過短,可能導致數(shù)據(jù)冗余或接頭污染。此外,片段均一性直接影響測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量和后續(xù)分析的準確性。就像快遞分揀,只有大小合適的包裹才能高效通過傳送帶,避免卡機或丟失。所以建庫實驗中,片段篩選的準確性尤為重要。
片段篩選的步驟
在建庫實驗中,一般是對接頭連接產(chǎn)物或者擴增產(chǎn)物進行片段篩選。對接頭連接產(chǎn)物進行篩選,可以在擴增前最大限度的去除不合格片段,提高擴增效率;對擴增產(chǎn)物進行篩選,是對最終文庫產(chǎn)物進行雙選,最大限度的保證文庫片段一致性,無論是哪種方式,都能實現(xiàn)文庫片段的嚴格把控。片段篩選的步驟一般包括:
1.磁珠純化:
收集全部產(chǎn)物,去除反應體系中多余的酶、引物等雜質(zhì);
2.雙步分選:
第一步去大片段:加入一定比例磁珠,吸附大片段DNA,保留上清中的目標小片段;
第二步去小片段:加入不同比例磁珠,吸附目標片段,去除過小的雜質(zhì)(如接頭二聚體);
3.洗脫收集:
將吸附在磁珠上的目標片段洗脫下來,用于下一步實驗。
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隨著二代測序應用越來越廣泛,實驗員在進行分選實驗操作時的痛點也越來越明顯:
步驟繁瑣:需多次調(diào)整磁珠濃度,純化步驟易出錯;
樣本損失:手工操作可能導致珍貴樣本損耗(尤其微量樣本);
時間成本高:單次實驗耗時2小時以上,批量處理效率低;
均一性依賴經(jīng)驗:分選效果受操作手法影響大,新手易翻車;
睿科NGS自動化文庫構(gòu)建工作站應運而生,解放雙手,實現(xiàn)高通量、高質(zhì)量、低損耗、標準化的文庫構(gòu)建。
睿科NGS系列自動化建庫儀
精準加樣
8通道移液頭,兼具單通道功能,可實現(xiàn)1-250μL范圍的精準移液,高效完成試劑添加、樣本混勻、樣本轉(zhuǎn)移、移除廢液等操作。
特有混勻方式
通過邊振蕩邊吹洗的方式,充分混懸磁珠,保證洗脫的穩(wěn)定性,提高磁珠純化效率。
自動化程度高
包含12/20個標準盤位,整合PCR板加熱、PCR板制冷、PCR板磁吸附、PCR板振蕩、PCR儀、試劑制冷、定量等各種功能模塊,靈活適用于低/中通量建庫需求,全自動化完成各類文庫構(gòu)建流程,實現(xiàn)標準化操作。
可視化軟件界面
軟件界面功能劃分清晰,拖拽式圖標,編程簡單易操作,可輕松適配不同品牌建庫試劑流程,儲存經(jīng)驗證的各類試劑盒程序,一鍵式啟動新實驗。
安全可靠
積累多個廠家建庫流程的測試(諾唯贊、華大、KAPA、illumina、Pacbio、Nanopore),建庫結(jié)果穩(wěn)定有保證;配備紫外殺毒、選配負壓過濾裝置,保障實驗人員安全。
片段篩選雖是小步驟,卻是文庫質(zhì)量的“守門員”。隨著自動化技術的普及,科研人終于可以從重復勞動中解放,專注更有價值的科學問題!如果你還在手動分選DNA片段,不妨試試睿科NGS自動化文庫構(gòu)建工作站,讓實驗效率飛起來~
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