實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)是通過測定RNA的轉(zhuǎn)錄水平來評估基因的活力。RNA樣本提取的質(zhì)量直接影響基因表達(dá)分析。影響RNA品質(zhì)的因素有以下三種:RNA濃度、RNA純度和RNA完整性。
檢測RNA濃度、純度和完整性的方式主要有以下幾種:
紫外分光光度計(jì)法:
測量260nm吸收值計(jì)算RNA濃度,測量260nm/280nm吸收值的比值,用于評估RNA純度。需要注意的是:在檢測核酸物質(zhì)時(shí)應(yīng)該在固定的PH溶液中進(jìn)行。
260nm/280nm的比值范圍在 1.9~2.1 之間。<1.9,說明有蛋白質(zhì)殘留;>2.1,說明RNA可能發(fā)生降解。
瓊脂糖凝膠電泳:
完整的RNA通常有三條帶,Z亮的是28S條帶,其次是18S條帶,Z淡的是5S條帶(部分試劑盒提取時(shí)會過濾掉5S條帶)。通過瓊脂糖凝膠電泳可以檢測28S和18S的比值。該方法主要用于檢測RNA的純度和完整性。
如果28S和18S條帶明亮、清晰、條帶銳利,28S的亮度在18S條帶的兩倍以上,我們認(rèn)為RNA的質(zhì)量好。
若RNA條帶出現(xiàn)彌散,原因可能:RNA被核酸酶降解、電壓或電流過大、上樣量過高或過低等。

上述兩種方法在實(shí)驗(yàn)室比較常用,此外還有幾種檢測方式供大家選擇。
熒光染料檢測:
通過熒光染料和RNA結(jié)合,熒光活性增強(qiáng)。此方法的靈敏度較高,主要用于檢測RNA的濃度。
微毛細(xì)管電泳:
可使用軟件的RIN(RNA Integrity Number)分?jǐn)?shù)評估,10為RNA完整性好,0為Z差。此方法的靈敏度和分辨率較高,可用于檢測RNA濃度、純度和完整性。
3’-5’完整性檢測:
是在一個RNA樣本中檢測GAPDH mRNA的完整性來代表所有RNA的完整性,主要用于檢測RNA的完整性。

得到高品質(zhì)RNA的小建議:
1、盡量避免RNA酶污染,使用無RNA酶的耗材和試劑,建議將擴(kuò)增前后的場所分開。
2、盡量減少采樣時(shí)間,樣品處理后快速冷凍,可以加入RNA保護(hù)劑。
3、RNA提取過程中可以使用RNA酶YZ劑。
4、存儲過程中避免反復(fù)凍融。
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做冷熱沖擊試驗(yàn)時(shí),是否必須在樣品達(dá)到溫度穩(wěn)定后才開始計(jì)時(shí)?
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