什么是普通的基因測(cè)序，它和高通量測(cè)序有什么區(qū)別嗎

404744321 2017-09-27 04:51:33 458 瀏覽

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三亞悅來(lái)旅館 2017-09-27 15:21:24

　　“普通的基因測(cè)序”應(yīng)該是指“常規(guī)DNA測(cè)序”吧，是用Sanger法（也就是雙脫氧法）進(jìn)行測(cè)序的方法，目前非常普遍的是直接用ABI 3730xl 進(jìn)行的自動(dòng)測(cè)序，基本上可以做到600bp-800bp的讀長(zhǎng)。　　高通量測(cè)序的概念其實(shí)是一個(gè)相對(duì)的概念，在2000年的時(shí)候，3700、MegaBace等儀器上的測(cè)序也是高通量測(cè)序，是相對(duì)手工測(cè)序或者跑平板膠來(lái)說(shuō)的。　　不過(guò)到2005年以后，高通量測(cè)序就改指第二代測(cè)序（Next generation sequencing），454、Solexa(后改為Illumina）和SOLiD等第二代測(cè)序，比3730等diyi代測(cè)序的通量提高了成千上萬(wàn)倍，甚至上億倍，所以稱為高通量測(cè)序。　　NGS的特點(diǎn)主要有：　　1、通量高。一個(gè)RUN能產(chǎn)生500Mb-600Gb的數(shù)據(jù)量。　　2、讀長(zhǎng)相對(duì)較短。454(約400-500bp)，llumina（100-250bp），SOLiD（75-100）。　　3、單位數(shù)據(jù)的成本非常低?，F(xiàn)在很多項(xiàng)目測(cè)序的費(fèi)用。已經(jīng)非常低。生物信息分析成本變得更為重要了。

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什么是普通的基因測(cè)序，它和高通量測(cè)序有什么區(qū)別嗎:

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深度測(cè)序和普通的二代測(cè)序有什么區(qū)別？有什么應(yīng)用

有兩種體細(xì)胞突變?nèi)菀妆缓鲆昩ai，一種是局限在特定組織的突變。舉例來(lái)說(shuō)，如果突變只存在于大腦，而我們檢測(cè)的是血液，那就找不到這些致病突變。另一種致病性體細(xì)胞突變雖然發(fā)生在所有組織中，但是只影響一部分細(xì)胞，因此不容易被檢測(cè)到。

　　普通的二代測(cè)序，全基因組或外顯子組測(cè)序是將DNA分成小片段，然后對(duì)各個(gè)片段多次讀取（一般是三十次）。然而，如果突變只發(fā)生在15-20%的細(xì)胞中，三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們，尤其是當(dāng)突變只影響一個(gè)基因拷貝時(shí)。

　　Walsh和博士后Saumya Jamuar通過(guò)“定向高覆蓋度測(cè)序”技術(shù)，為158名腦部疾病的患者鑒定致病突變，這些患者的癥狀包括癲癇、智力障礙、語(yǔ)言障礙等。

　　研究人員并沒(méi)有分析整個(gè)基因組或外顯子組（所有蛋白編碼基因），而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上，并且大大提高了測(cè)序的深度。

　　在一些疾病如唐氏綜合征中，嵌合突變相較于影響全身細(xì)胞的突變，產(chǎn)生的癥狀要輕一些。但是很少量的變異細(xì)胞就足以引發(fā)損害人身心健康的癥狀，在以往的研究中，為了從普通基因組中檢測(cè)到這些突變，研究人員就不得不增加測(cè)定的序列數(shù)量。而對(duì)少數(shù)候選基因區(qū)域進(jìn)行的平均300次深度測(cè)序，就可以有效辨別被誤認(rèn)為測(cè)序錯(cuò)誤的突變。

2020-10-23 15:49:28 611 0