參與評(píng)論

評(píng)論

登錄后參與評(píng)論

全部評(píng)論(1條)

• 

  教學(xué)的規(guī)劃 2017-06-13 00:00:00

  一、16S測(cè)序原理 16S rDNA基因存在于所有細(xì)菌的基因組中，具有高度保守性。然而該基因序列還包括9個(gè)高變區(qū)（V1-V9），通過(guò)特異性引物對(duì)某一段高變區(qū)（如V3區(qū)）或某幾段高變區(qū)（如V3-V4區(qū)）進(jìn)行擴(kuò)增測(cè)序，然后與數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，可特異性識(shí)別細(xì)菌種類。 二、宏基因組測(cè)序原理 將基因組DNA隨機(jī)打斷成若干條500bp的小片段（類似于拼圖中的單個(gè)形狀不一的模塊），然后連接接頭（雙端120bp），在片段兩端加通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增測(cè)序。將reads進(jìn)行組裝拼接（類似于將眾多模塊拼成一副完整圖片），得到基因序列，眾多基因構(gòu)成完整的基因集。同時(shí)將獲得的reads片段或組裝好的基因序列與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，得到物種注釋結(jié)果。 對(duì)于16S測(cè)序而言，任何一個(gè)高變區(qū)或幾個(gè)高變區(qū)，盡管變異性再高，對(duì)于某些物種來(lái)說(shuō)，這些高變區(qū)也可能十分相近，而能夠區(qū)分它們的特異性序列片段有可能不在我們的擴(kuò)增區(qū)域內(nèi)。換言之，非全長(zhǎng)的可變區(qū)序列覆蓋范圍不夠?qū)е聼o(wú)法鑒定到種。 宏基因組在建庫(kù)之前會(huì)先將基因組DNA隨機(jī)打斷成若干小片段，而這些小片段中總有一些能夠包含區(qū)分2個(gè)物種的基因差異序列。由于測(cè)序深度足夠深，相當(dāng)于覆蓋了整個(gè)基因組的信息，因此在與NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)時(shí)，就能夠注釋到相應(yīng)的種水平的物種。

  贊(5)

  回復(fù)(0)

  評(píng)論

  評(píng)論

  登錄后參與評(píng)論