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請教:細(xì)菌DNA的提取

物理性質(zhì)548 2017-03-29 20:10:38 578  瀏覽
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  • 梅眉辣擠誘犢 2017-03-30 00:00:00
    細(xì)菌DNA提取方案:革蘭氏陰性菌,如E.coli,一般有三種可以選擇的方法。一、水煮模板法——主要用于PCR反應(yīng)1、接種單菌落于LB或腦心平板,連續(xù)畫線,37攝氏度培養(yǎng)18-24小時。2、刮取1~2接種環(huán)菌苔加入150微升三蒸水中,混勻,100攝氏度煮沸10分鐘。3、12000轉(zhuǎn)/分鐘 離心10分鐘,取上清,-20攝氏度保存?zhèn)溆?。操作Z簡便,對試劑條件要求低。缺點是純度不夠高,可能會含有RNA、蛋白等雜質(zhì)。但是作為一般檢測目的的PCR反應(yīng)模板已經(jīng)足夠了。有人稱擴增4kb以下片段都可用此種方法制取模版,編者用此類模板PCR可以擴增到3500bp的片段。建議:此法得到的模版保存時間短,強烈建議每月重新制作一次。二、CTAB/NaCl 法1、接種一單菌落于5mlLB中,30℃培養(yǎng)過夜,2、取1ml種子培養(yǎng)液接入100ml2%LB中,37℃、220r/min培養(yǎng)16小時;3、5000r/min離心10分鐘,棄去上清。4、加入10mlTE離心洗滌后,用10mlTE溶解菌體,混勻,-20℃保存?zhèn)溆谩?、取3.5ml菌懸液,加入184μl10%SDS,混勻,加入37μl10mg/ml蛋白酶K,混勻,37℃溫育1小時6、加入740μl5mol/LNaCl,再加入512μlCTAB/NaCl,混勻,65℃溫育10分鐘。7、加入等體積的氯仿/異戊醇,混勻,10000r/min離心5分鐘,保留上清。8、上清中加入等體積的酚∶氯仿∶異戊醇(25∶24∶1),混勻,10000r/min離心5分鐘,保留上清。9、加入0.6倍的異丙醇,混勻,10000r/min離心5分鐘,收集DNA沉淀,用70%乙醇離心洗滌DNA沉淀。10、用1mlTE溶解DNA,加入終濃度為20μg/mlRNaseA,4℃保存。CTAB/NaCl法提取的DNA純度較高,蛋白雜質(zhì)較少,保存時間長,編者更喜歡把終濃度為20μg/ml RnaseA加在第5步溫育的時候,這樣Z后沒有RnaseA污染。每一步操作細(xì)致一些,得到的DNA可用于Southern blot。 建議:長時間保存DNA可放于-20℃,但要盡量減少反復(fù)凍融,否則影響DNA質(zhì)量。三、鹽析法‍1、1.5ml對數(shù)期菌液2、12000rpm 30 s3、200ul裂解液(同CTAB/NaCl法),37c,1hr4、66ul 5M NaCL,混勻充分,12000rpm 10min5、上清用粗槍頭取至新管6、等體積酚充分混勻,12000rpm 3min,反復(fù)抽提至無蛋白層7、取水層,等體積氯仿混勻,12000rpm 3min8、上清至新管,2倍體積預(yù)冷無水乙醇9、-20C,20min,14000rpm, 15min10、400ul 70%冷乙醇洗滌11、干燥,100ul 20ug/ml RNaseA,37C,30min12、2倍體積無水乙醇沉淀,70%冷乙醇洗滌13、干燥,溶于100ul TE介于方法一和方法二之間,CTAB雖然取出糖分效果較好,但CTAB本身也是有毒的,所以此方法放棄了CTAB。革蘭氏陽性菌,由于細(xì)胞壁的結(jié)構(gòu)與陰性菌有差別,裂解比陰性菌稍微麻煩一些,可以采取CTAB/NaCl法稍加修改,在第四步加入終濃度2mg/ml的溶菌酶,37度溫育1h。實驗注意:提基因組Z好要將槍頭尖剪掉(剪掉以后在酒精燈上迅速過一下,使其斷口圓滑)。以免槍頭損傷基因組!抽干時Z好是風(fēng)干!(轉(zhuǎn)載,僅供參考)

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