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探針法熒光定量PCR

懵比neinei 2017-01-20 13:39:41 509  瀏覽
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參與評(píng)論

全部評(píng)論(2條)

  • 啊3哦 2017-01-21 00:00:00
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    評(píng)論

  • 兵越齊 2017-01-22 00:00:00
    熒光定量PCR法檢測(cè)的是SYBR Green摻入到雙鏈DNA中的量。SYBR Green摻入到雙鏈DNA中后會(huì)發(fā)出熒光。但是只要是雙鏈,它都摻。 而探針法是當(dāng)探針結(jié)合到目標(biāo)序列上以后,聚合酶降解探針后,探針上自帶的熒光基團(tuán)離開淬滅基團(tuán),從而發(fā)出熒光。 從兩者的原理上來看,不難判斷,熒光PCR法更加簡(jiǎn)單方便,而且成本低。而探針法特異性更強(qiáng)。所選序列應(yīng)該高度特異。應(yīng)該選擇具有Z小二級(jí)結(jié)構(gòu)的擴(kuò)增子。這是很重要的,因?yàn)槎?jí)結(jié)構(gòu)會(huì)影響反應(yīng)效率。在任何實(shí)時(shí)應(yīng)用中期望獲得的擴(kuò)增反應(yīng)效率,這意味著每次循環(huán)中,體系內(nèi)的擴(kuò)增子都有兩倍的增加。如果二級(jí)結(jié)構(gòu)在熱力學(xué)上比寡聚目的基因更穩(wěn)定,那目的基因的雜交將會(huì)失敗。二級(jí)結(jié)構(gòu)還會(huì)阻礙酶的擴(kuò)增。如果擴(kuò)增子的二級(jí)結(jié)構(gòu)不能避免,則引物的退火溫度要相應(yīng)提高。在整個(gè)過程中,我們要進(jìn)行BLAST和類似的分析,以確保特異性。

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熒光定量PCR試劑本生(天津)健康科技有限公司供應(yīng):移液器吸嘴,離心管,凍存管,培養(yǎng)皿全系熒光定量PCR耗材,產(chǎn)品包括:PCR單管、PCR八聯(lián)管、96孔板、384孔板。

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DBI-2043    Bestar? SybrGreen qPCR Master Mix    
DBI-2044    Bestar? SybrGreen qPCR Master Mix    
DBI-2074    Bestar? qPCR Master Mix (Taqman Probe)    
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DBI-2042    Bestar? qPCR Master Mix (Taqman Probe)    
DBI-2141    Storm star qPCR Master Mix (Taqman Probe)    
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DBI-2144    Stormstar SybrGreen qPCR Master Mix    
DBI-2241    Storm star qPCR Master Mix (Taqman Probe)(UNG)    
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DBI-2243    Stormstar SybrGreen qPCR Master Mix (UNG)    
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DBI-2220    Bestar? qPCR RT Kit ( gDNA Remover )    
DBI-2222    Bestar? qPCR RT Mix ( gDNA Remover)    
DBI-2223    Bestar? one step RT qPCR kit ( SybrGreen )    
DBI-2224    Bestar? one step RT qPCR kit ( SybrGreen )    
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包裝規(guī)格:

25 ml    
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200 Reaction    
100 Reaction (50uL)

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TaqMan 探針法

最關(guān)鍵的Taqman探針,是一條與靶序列特異性結(jié)合的寡核苷酸序列,其能夠結(jié)合到正反向引物結(jié)合區(qū)域的中間部位,隨著PCR反應(yīng)的進(jìn)行,DNA聚合酶在延伸到探針位置時(shí)會(huì)將其水解,從而釋放熒光基團(tuán),擴(kuò)增產(chǎn)物產(chǎn)生信號(hào)。

TaqMan探針法的優(yōu)勢(shì)

?  高特異性,只有在探針和靶標(biāo)基因之間發(fā)生特異性的水解,才會(huì)生成熒光信號(hào)。

?  多重分析,可選擇不同的報(bào)告基因染料標(biāo)記探針,在一個(gè)反應(yīng)管內(nèi)擴(kuò)增并檢測(cè)多個(gè)不同的序列。

?  無需PCR后處理,減少分析工作量并節(jié)省材料成本。

探針序列的設(shè)計(jì)原則

1. TaqMan探針的長(zhǎng)度zuihao不超過30bp。理想情況下,有15bp可獲得ZJ特異性;

2. Tm值在67℃-72℃之間,確保探針的Tm值比引物的高5-10℃,在退火過程中優(yōu)先結(jié)合到模板上;

3. 探針序列的GC含量在20%至80%之間,避免多個(gè)重復(fù)的堿基出現(xiàn),尤其要避免4個(gè)或超過4個(gè)的G堿基;

4. 探針盡量避免出現(xiàn)二聚體或者發(fā)夾結(jié)構(gòu),以保證足夠高的模板結(jié)合效率;

5. 探針5’端不能為G,因?yàn)榧词箚蝹€(gè)G堿基與FAM熒光報(bào)告基團(tuán)相連時(shí),G也可以淬滅FAM基團(tuán)所發(fā)出的熒光信號(hào),從而導(dǎo)致假陰性的出現(xiàn)。

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如何選擇熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)

修飾基團(tuán)的選擇是探針法的重要環(huán)節(jié),那么我們需要注意以下幾項(xiàng):

1. 根據(jù)熒光定量PCR儀熒光通道,選擇適配的熒光基團(tuán),優(yōu)先選擇常用的熒光基團(tuán),如FAM、VIC或CY5等;

2. 根據(jù)熒光基團(tuán)類型選擇淬滅基團(tuán)。早期的淬滅基團(tuán)TAMRA,自身會(huì)發(fā)出熒光信號(hào),干擾檢測(cè)結(jié)果,后續(xù)慢慢地被其他淬滅基團(tuán)替代。目前淬滅基團(tuán)最常用的就是BHQ、NFQ-MGB或QSY等;

3. 進(jìn)行多重qPCR檢測(cè)時(shí),每個(gè)通道要選擇不同的熒光基團(tuán),且避免各標(biāo)記基團(tuán)的激發(fā)和發(fā)射波長(zhǎng)重疊,出現(xiàn)熒光干擾的情況。

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熒光定量pcr特點(diǎn)有哪些?

熒光定量PCR特點(diǎn):現(xiàn)代分子生物學(xué)研究中的重要工具

熒光定量PCR(qPCR,Quantitative Polymerase Chain Reaction)技術(shù)是一種用于定量分析特定DNA或RNA序列的實(shí)驗(yàn)技術(shù)。近年來,隨著生物醫(yī)學(xué)研究的迅猛發(fā)展,熒光定量PCR已成為分子生物學(xué)中不可或缺的工具。其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì),如高靈敏度、精確度和實(shí)時(shí)監(jiān)控等,使其廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)分析、疾病診斷、基因拷貝數(shù)檢測(cè)以及病原微生物檢測(cè)等多個(gè)領(lǐng)域。本文將深入探討熒光定量PCR的主要特點(diǎn),并分析其在現(xiàn)代分子生物學(xué)研究中的重要性和應(yīng)用前景。

一、實(shí)時(shí)監(jiān)控與高靈敏度

熒光定量PCR的大特點(diǎn)之一是能夠?qū)崟r(shí)監(jiān)控PCR反應(yīng)過程中的DNA擴(kuò)增情況。在傳統(tǒng)PCR中,擴(kuò)增結(jié)果通常通過凝膠電泳檢測(cè),而熒光定量PCR則通過熒光染料或熒光探針實(shí)時(shí)檢測(cè)PCR產(chǎn)物的增加量,從而可以在擴(kuò)增的每一個(gè)循環(huán)中獲取數(shù)據(jù)。這一過程不僅能提供定量數(shù)據(jù),還能精確地反映每個(gè)樣本中目標(biāo)基因的初始濃度。

熒光定量PCR具有極高的靈敏度,能夠檢測(cè)到極低濃度的DNA或RNA樣本。即使是微量的基因或病原微生物,也可以通過這種方法實(shí)現(xiàn)準(zhǔn)確的定量分析,這對(duì)于早期診斷和低拷貝數(shù)基因檢測(cè)至關(guān)重要。

二、廣泛的應(yīng)用領(lǐng)域

熒光定量PCR的應(yīng)用范圍極為廣泛,涵蓋了從基礎(chǔ)研究到臨床應(yīng)用的多個(gè)領(lǐng)域。在基因表達(dá)研究中,qPCR被廣泛用于分析特定基因在不同條件下的表達(dá)水平變化。通過比較不同樣本中目標(biāo)基因的表達(dá)量,研究人員可以揭示基因調(diào)控的機(jī)制和與疾病發(fā)生的關(guān)系。

在臨床診斷中,熒光定量PCR也發(fā)揮了重要作用。例如,病毒載量的檢測(cè)、癌癥相關(guān)基因突變的檢測(cè)等,均可通過qPCR進(jìn)行定量分析。熒光定量PCR還可用于檢測(cè)病原體,如細(xì)菌、病毒等微生物的感染水平,從而為疾病的早期診斷和提供可靠的依據(jù)。

三、快速高效且具有高精確性

熒光定量PCR的另一個(gè)顯著特點(diǎn)是其高效性。與傳統(tǒng)的PCR方法相比,qPCR不僅能夠在較短時(shí)間內(nèi)完成實(shí)驗(yàn),還能通過使用專門的熒光探針或染料,提高對(duì)特定DNA或RNA序列的檢測(cè)精度。不同于傳統(tǒng)PCR僅能提供陽性或陰性的結(jié)果,熒光定量PCR能量化每個(gè)樣本的擴(kuò)增過程,提供更加詳細(xì)的數(shù)據(jù),確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果具有更高的可靠性。

這種高效性和精確性使得熒光定量PCR成為了臨床實(shí)驗(yàn)室、研究機(jī)構(gòu)以及生物技術(shù)公司日常工作中的工具。通過精確控制每一個(gè)PCR周期,熒光定量PCR能夠有效減少實(shí)驗(yàn)中的誤差,提高實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可重復(fù)性。

四、定量化與高通量檢測(cè)

隨著大規(guī)模篩選和高通量數(shù)據(jù)分析的需求不斷增加,熒光定量PCR技術(shù)也在高通量檢測(cè)中發(fā)揮著越來越重要的作用。通過多重PCR反應(yīng),研究人員可以同時(shí)檢測(cè)多個(gè)目標(biāo)基因,這大大提高了實(shí)驗(yàn)的通量和效率。熒光定量PCR的定量化能力使其在基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等高通量分析中,成為了數(shù)據(jù)采集的核心技術(shù)。

五、結(jié)論

熒光定量PCR憑借其高靈敏度、實(shí)時(shí)監(jiān)控、高精度及廣泛的應(yīng)用領(lǐng)域,已成為分子生物學(xué)研究和臨床診斷中的重要工具。其在基因表達(dá)分析、病原檢測(cè)、基因突變篩查等方面的優(yōu)勢(shì),使其在科研和臨床工作中扮演著至關(guān)重要的角色。隨著技術(shù)的不斷發(fā)展,熒光定量PCR的應(yīng)用前景將更加廣闊,為生命科學(xué)領(lǐng)域帶來更為深遠(yuǎn)的影響。

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