瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂糖作為介質(zhì)的一種電泳方法，其兼具“分子篩”和“電泳的雙重作用。

瓊脂糖(Agarose)是一種線性多糖聚合物，是從紅色海藻產(chǎn)物瓊脂中提取而來的，當(dāng)瓊脂糖溶液加熱到沸點后冷卻凝固便會形成良好的電泳介質(zhì)，其密度是由瓊脂糖的濃度決定的。

經(jīng)過化學(xué)修飾的低熔點的瓊脂糖，在結(jié)構(gòu)上比較脆弱，因此在較低的溫度下便會熔化，可用于核酸片段的電泳檢測。

瓊脂糖凝膠電泳檢測的主要是核酸的完整性和大小，只要核酸不是太小或者太大(超出電泳分離范圍)，該方法的可信度非常高。

核酸會根據(jù)pH不同帶有不同電荷，在電場中受力大小不同，因此跑的速度不同，瓊脂糖凝膠電泳即根據(jù)這個原理對核酸進行區(qū)分。

核酸分子在pH高于其等電點的溶液中帶負(fù)電荷，在電場中向正極移動。由于核酸的戊糖-磷酸骨架在結(jié)構(gòu)上具有重復(fù)性，長度相同的核酸鏈幾乎具有等量的凈電荷，因此它們能以同樣的速率向正極方向移動。

此外，含有瓊脂糖的凝膠具有網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)，物質(zhì)分子通過時會受到阻力，大分子物質(zhì)在涌動時受到的阻力大，因此在瓊脂糖凝膠電泳中，帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質(zhì)和數(shù)量，而且還取決于分子大小，這就大大提高了分辨能力。

在同樣電場的強度下，核酸分子的遷移速度取決于核酸分子本身的大小和構(gòu)型以及瓊脂糖凝膠的濃度，簡而言之，分子量較大的核酸遷移速度較慢，分子量較小的核酸遷移速度較快，這就是應(yīng)用凝膠電泳技術(shù)分離核酸片段的基本原理。

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