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問(wèn)答社區(qū)

細(xì)菌三代測(cè)序?qū)na質(zhì)檢需要用到od值嗎

_丶Kinky 2016-05-29 17:21:19 388  瀏覽
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參與評(píng)論

全部評(píng)論(1條)

  • 小啦啦gg 2016-05-30 04:29:45
    三代對(duì)于DNA有兩方面的要求,首先是DNA的量,一般對(duì)于Pacbio RSII的P6-C4建庫(kù)測(cè)序方式對(duì)于一個(gè)樣本的DNA量都要求10ug以上總量。此外DNA的質(zhì)量值也對(duì)測(cè)序結(jié)果有很大影響。影響Z大的還是DNA長(zhǎng)度,原始DNA長(zhǎng)度直接決定Z后測(cè)序獲得的sub_reads的讀長(zhǎng)。P6-C4可以獲得長(zhǎng)至30kb的reads,所以原始DNAZ好長(zhǎng)度至少大于10kb以上。 OD值一定程度上可以反映DNA的質(zhì)量和純度情況,如果DNA中含有如蛋白或鹽離子甚至次生代謝物都會(huì)對(duì)Pacbio的測(cè)序產(chǎn)生影響。表現(xiàn)在測(cè)序數(shù)據(jù)量底下,甚至只有正常的十分之一數(shù)據(jù)。

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