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  小啦啦gg 2016-10-12 00:00:00

  宏基因組是指特定環(huán)境中全部生物（微生物）遺傳物質(zhì)的總和。宏基因組測(cè)序是利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)環(huán)境樣品中全部微生物的基因組進(jìn)行測(cè)定，以獲得單個(gè)樣品的飽和數(shù)據(jù)量，可進(jìn)行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結(jié)構(gòu)分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網(wǎng)絡(luò)研究，探索微生物與環(huán)境及宿主之間的關(guān)系，發(fā)掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統(tǒng)方法相比，基于高通量測(cè)序的宏基因組研究無需構(gòu)建克隆文庫，這避免了文庫構(gòu)建過程中利用宿主菌對(duì)樣品進(jìn)行克隆而引起的系統(tǒng)偏差，簡化了實(shí)驗(yàn)操作，提高了測(cè)序效率。此外，宏基因組測(cè)序研究擺脫了微生物分離純培養(yǎng)的限制，擴(kuò)展了微生物資源的利用空間，為環(huán)境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測(cè)序可以揭示或估計(jì)環(huán)境中真實(shí)的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應(yīng)用價(jià)值的基因資源，應(yīng)用于開發(fā)新的微生物活性物質(zhì)，為研究和開發(fā)新的微生物活性物質(zhì)提供有力支持。 技術(shù)流程 生物信息分析 1. 原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評(píng)估 2. 基于物種豐度分析： ♦物種豐度列表 ♦稀釋曲線 3. 基于物種豐度分析： ♦豐度分布曲線圖 ♦生物多樣性指數(shù)（α多樣性）列表 ♦物種豐度差異性分析列表 ♦多樣品物種分布柱圖 ♦豐度差異物種聚類分析 ♦PCA圖 ♦Krona圖 4. 基因豐度列表： ♦提取基因分級(jí)注釋豐度列表（KO、NOG、subsystem） ♦功能基因列表 ♦生成venn圖 ♦基因豐度差異性分析列表 ♦豐度差異基因聚類分析 ♦富集分析（KO） 樣品要求 1、樣品采集：樣品采集條件的一致是Z為重要的環(huán)節(jié)，嚴(yán)格按照采樣標(biāo)準(zhǔn)采樣，采樣后立即封存樣品冷凍保存。 2、樣品DNA：環(huán)境因素異常復(fù)雜，許多物質(zhì)或YZ因子影響后續(xù)PCR、測(cè)序文庫構(gòu)建和序列測(cè)定，常規(guī)提取方法不一定適合，建議采用專用試劑盒提取。DNA濃度≥20 ng/μl，總量≥6 μg（熒光定量），并確保電泳檢測(cè)無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整；基因組DNA完全無降解；提供DNA電泳檢測(cè)照片，用自封袋密封后隨樣品一起送樣；組織樣品﹥1.5 g。 3、樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。 4、送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號(hào)，管口使用Parafilm膜密封。

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