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Nature重磅!Bigfoot全光譜流式分選儀幫助揭示控制DNA甲基化的潛在機(jī)制

來(lái)源:賽默飛世爾科技生命科學(xué)產(chǎn)品 更新時(shí)間:2024-09-27 15:15:10 閱讀量:149
導(dǎo)讀:Nature重磅!Bigfoot全光譜流式分選儀幫助揭示控制DNA甲基化的潛在機(jī)制

近日,英國(guó)愛丁堡大學(xué)Dónal O’Carroll研究組利用Bigfoot全光譜超高速流式細(xì)胞分選儀,在《Nature》上發(fā)表了題為“Two-factor authentication underpins the precision of the piRNA pathway”的重磅文章,揭示了SPOCD1 精確控制 DNA 甲基化的潛在機(jī)制。

在雄性小鼠種系發(fā)育過(guò)程中,PIWI-interacting RNA(piRNA)通路引導(dǎo)著年輕、活躍的轉(zhuǎn)座子的 DNA 甲基化【1】。piRNA 將 PIWI 蛋白 MIWI2(PIWIL4)系在新生轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)錄本上,通過(guò) SPOCD1 精確地控制 DNA 甲基化【2-5】。然而,確保這種精確性的潛在機(jī)制仍然未知。













2024年9月18日,英國(guó)愛丁堡大學(xué)Dónal O’Carroll團(tuán)隊(duì)在《Nature》上發(fā)表題為“Two-factor authentication underpins the precision of the piRNA pathway”的研究論文。作者發(fā)現(xiàn) SPOCD1 直接與 SPIN1(SPINDLIN1)相互作用,SPIN1 是一種染色質(zhì)閱讀器,主要與 H3K4me3-K9me3 結(jié)合【6 】,且SPIN1 的表達(dá)早于 SPOCD1 和 MIWI2 的表達(dá),而之前普遍認(rèn)為piRNA 引導(dǎo)的 DNA 甲基化所需的所有分子事件都發(fā)生在 MIWI2 參與之后。

此外,在piRNA引導(dǎo)的DNA甲基化開始之前,年輕的LINE1拷貝(而不是老的LINE1拷貝)會(huì)被H3K4me3、H3K9me3和SPIN1標(biāo)記。作者通過(guò)突變基因小鼠,利用不與SPIN1相互作用SPOCD1變體,發(fā)現(xiàn)SPOCD1和SPIN1之間的相互作用對(duì)于精子發(fā)生和piRNA引導(dǎo)的年輕LINE1元件的DNA甲基化至關(guān)重要。這證明了piRNA引導(dǎo)的LINE1 DNA甲基化需要一個(gè)發(fā)育定時(shí)的雙因素認(rèn)證過(guò)程。第一個(gè)認(rèn)證過(guò)程是將 SPIN1-SPOCD1 招募到年輕的 LINE1 啟動(dòng)子,第二個(gè)認(rèn)證過(guò)程是 MIWI2 與新生轉(zhuǎn)錄本的接觸。獨(dú)立的認(rèn)證事件是 piRNA 引導(dǎo)的 LINE1 DNA 甲基化精確性的基礎(chǔ)。

本實(shí)驗(yàn)中,為了純化胎兒生殖細(xì)胞,研究者從攜帶 Oct4-eGFP 等位基因的胚胎中分離出 E14.5 睪丸,解離得到單細(xì)胞懸浮液。之后在Bigfoot 全光譜超高速流式細(xì)胞分選儀上使用 100 μm 噴嘴進(jìn)行分選,將 DAPI 陰性(活細(xì)胞)、OCT4-eGFP 陽(yáng)性(生殖細(xì)胞)的細(xì)胞群分選出來(lái)用于后續(xù)CUT&Tag 測(cè)序分析。

圖-H3K4me3、H3K9me3和SPIN1在新基因組甲基化之前標(biāo)記年輕的LINE1。其中e-i,來(lái)自Bigfoot全光譜流式細(xì)胞分選儀分選得到的 E14.5 胎兒生殖細(xì)胞的 H3K4me3、H3K9me3 和 SPIN1 的 CUT&Tag 數(shù)據(jù)。

下面是此文中用到的Bigfoot全光譜超高速流式細(xì)胞分選儀的簡(jiǎn)介

Bigfoot是全球第一臺(tái)全光譜、超高速、高性能的流式細(xì)胞分選儀,具有強(qiáng)大的光譜解析和分選能力,是免疫學(xué)研究和生物醫(yī)藥開發(fā)領(lǐng)域的強(qiáng)有力工具。其主要技術(shù)優(yōu)勢(shì)如下:

  • 高配置:高達(dá)9激光60參數(shù)

  • 高性能:實(shí)時(shí)全光譜拆分及傳統(tǒng)補(bǔ)償模式可選

  • 高速度:分選速度高達(dá)7萬(wàn)個(gè)事件/秒

  • 高通量:六路分選;96孔-1536孔板適用;單細(xì)胞分選

  • 自動(dòng)化:智能型全自動(dòng)儀器校準(zhǔn)及質(zhì)控

  • 安全性:整合式生物安全柜設(shè)計(jì)及氣溶膠管理系統(tǒng)

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參考文獻(xiàn)(向上滑動(dòng)查看更多):

1. Ozata, D. M., Gainetdinov, I., Zoch, A., O’Carroll, D. & Zamore, P. D. PIWI-interacting RNAs: small RNAs with big functions. Nat. Rev. Genet. 20, 89–108 (2019).

2. De Fazio, S. et al. The endonuclease activity of Mili fuels piRNA amplification that silences LINE1 elements. Nature 480, 259–263 (2011).

3. Sch?pp, T. et al. TEX15 is an essential executor of MIWI2-directed transposon DNA methylation and silencing. Nat. Commun. 11, 3739 (2020).

4. Zoch, A. et al. SPOCD1 is an essential executor of piRNA-directed de novo DNA methylation. Nature 584, 635–639 (2020).

5. Zoch, A. et al. C19ORF84 connects piRNA and DNA methylation machineries to defend the mammalian germ line. Mol Cell https://doi.org/10.1016/j.molcel.2024.01.014 (2024).

6. Du, Y. et al. Structural mechanism of bivalent histone H3K4me3K9me3 recognition by the Spindlin1/C11orf84 complex in rRNA transcription activation. Nat. Commun. 12, 949 (2021).

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