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單扇形高通量SV-AUC方法搭配AUC cGMP軟件:大分子質(zhì)控的雙重助力(AAV篇)

來(lái)源:貝克曼庫(kù)爾特商貿(mào)(中國(guó))有限公司 更新時(shí)間:2025-10-22 16:15:19 閱讀量:171
導(dǎo)讀:單扇形高通量SV-AUC方法搭配AUC cGMP軟件:大分子質(zhì)控的雙重助力(AAV篇)


在基因治療領(lǐng)域,重組腺相關(guān)病毒(rAAV)因其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)和特性已成為最重要的基因治療載體之一。然而,rAAV的空殼與完整包裝病毒比例是其關(guān)鍵質(zhì)量屬性,準(zhǔn)確評(píng)估這一比例對(duì)于確?;蛑委煯a(chǎn)品的安全性、有效性至關(guān)重要。經(jīng)典的沉降速度分析超速離心(SV-AUC)方法被公認(rèn)為是識(shí)別rAAV空殼與完整包裝病毒比例的金標(biāo)準(zhǔn),本文將介紹一種新的單扇形高通量SV-AUC方法升級(jí)版Optima cGMP Suite數(shù)據(jù)分析管理軟件


在rAAV的生產(chǎn)和包裝過(guò)程中,會(huì)產(chǎn)生不同類型的病毒顆粒,包括完整包裝病毒、部分包裝和空殼病毒顆粒等。其中,空殼和部分包裝病毒顆粒等被視為產(chǎn)品相關(guān)雜質(zhì),不僅降低了產(chǎn)品的純度,還可能增加免疫原性,影響治療的安全性和有效性。因此,準(zhǔn)確控制rAAV的空殼與完整包裝病毒比例對(duì)于確?;蛑委煯a(chǎn)品的質(zhì)量至關(guān)重要。為了突破傳統(tǒng)SV-AUC方法在通量上的限制,中國(guó)食品藥品檢定研究院重組藥物室攜手信念醫(yī)藥、中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)以及的研究人員,成功開(kāi)發(fā)出一種創(chuàng)新的單扇形高通量SV-AUC方法。這一創(chuàng)新方法通過(guò)將AUC的光強(qiáng)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為準(zhǔn)吸光度數(shù)據(jù),顯著提高了AUC分析通量。 


具體方法原理如下:徑向掃描的透射光強(qiáng)I (r) 和參考光強(qiáng)I0 (r) 可以從樣品池扇形中獲得。在經(jīng)典的沉降速度分析超速離心(SV-AUC)中,當(dāng)檢測(cè)通道吸收紫外光時(shí),它們通常根據(jù)公式A (r) = log10 (I0 (r) / I (r) )轉(zhuǎn)換為吸光度值,所測(cè)量的吸光度遵循朗伯-比爾定律A = εlc,其中ε是每厘米的摩爾消光系數(shù),c是摩爾濃度。而光程長(zhǎng)度l由樣品池的類型決定,通常使用1.2 cm的中心件。


經(jīng)典SV和單扇型SV數(shù)據(jù)處理原理


在經(jīng)典SV-AUC設(shè)置中,樣品被加載到右側(cè)扇形中,而參考緩沖液被加載到左側(cè)扇形中。紫外可見(jiàn)吸收檢測(cè)器從徑向位置5.8厘米(對(duì)應(yīng)“池頂部”)開(kāi)始收集1400個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn),到徑向位置7.2厘米(對(duì)應(yīng)“池底部”),徑向間隔為10微米。對(duì)于每個(gè)徑向位置,測(cè)量通過(guò)樣品扇形的光強(qiáng)I (r) 和通過(guò)參考扇形的光強(qiáng)I0 (r) ,從而可以使用上述公式可獲得每個(gè)采樣的1400個(gè)徑向位置的吸光度值信息。


而光強(qiáng)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為吸光度數(shù)據(jù)可以通過(guò)幾種不同的方法完成。

第一種方法利用了AUC樣品池未裝滿到頂部的事實(shí)。因此,在樣品池的頂部總有一個(gè)小的“空氣間隙”區(qū)域。這通常從5.8到6.0厘米(取決于用戶的加樣體積)。通過(guò)空氣間隙的光強(qiáng)是完整的燈強(qiáng)度,僅被AUC樣品池窗口的光學(xué)密度所減弱。因此,如果用戶手動(dòng)選擇空氣間隙區(qū)域內(nèi)的一個(gè)小徑向范圍,例如5.85到5.9厘米,那么在該區(qū)域內(nèi)所有50個(gè)點(diǎn)處測(cè)量的光強(qiáng)可以被平均并指定為Iairgap。現(xiàn)在,所有徑向位置的準(zhǔn)吸光度可以通過(guò)公式A (r) = log10 (Iairgap/I[r]) 計(jì)算。注意,相同的Iairgap值用于計(jì)算所有徑向位置的準(zhǔn)吸光度。這種方法在軟件包Ultrascan中得以實(shí)現(xiàn)。

第二種方法則更簡(jiǎn)單。在這里,所有徑向位置的準(zhǔn)吸光度可以通過(guò)公式A (r) = log10 (1000/I[r]) 計(jì)算。在這種方法中,Iairgap的值被替換為所有徑向位置的標(biāo)準(zhǔn)值1000。這是Sedfit采用的方法,并在本研究中使用。


對(duì)于沉降速度的研究,樣品可以添加到兩個(gè)扇形區(qū)域中,這允許在掃描光強(qiáng)數(shù)據(jù)時(shí)為每個(gè)通道生成兩個(gè)獨(dú)立的光強(qiáng)數(shù)據(jù)集。當(dāng)然,由于沒(méi)有記錄參考透射光強(qiáng)值,它被簡(jiǎn)單地設(shè)置為默認(rèn)值1000。這些數(shù)據(jù)不是真正的吸光度數(shù)據(jù),因此被稱為準(zhǔn)吸光度。這種類型的數(shù)據(jù)具有類似于干涉檢測(cè)器的系統(tǒng)噪聲。因此,它們可以使用RI和TI噪聲進(jìn)行擬合和分析。采用Sedfit分析軟件分析過(guò)程為:光強(qiáng)數(shù)據(jù)被導(dǎo)入到Sedfit軟件(sedfit 16p50)中,然后從“加載選項(xiàng)和工具”菜單中選擇“將光強(qiáng)保存為2個(gè)準(zhǔn)吸光度數(shù)據(jù)集”,并將相應(yīng)池的光強(qiáng)數(shù)據(jù)分為兩類:Runld和Sunld準(zhǔn)吸光度數(shù)據(jù)。Runld(縮寫(xiě)為R)是右側(cè)扇形中的數(shù)據(jù),Sunld(縮寫(xiě)為S)是左側(cè)扇形中的數(shù)據(jù)。升級(jí)后的Optima cGMP Suite數(shù)據(jù)分析管理軟件已新增了單扇形高通量分析模塊,具體詳見(jiàn)下文。


使用Sedfit軟件對(duì)準(zhǔn)吸光度數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和分析。選擇連續(xù)C (s) 分布模型,并輸入與經(jīng)典SV-AUC數(shù)據(jù)處理一致的參數(shù)。通過(guò)擬合C (s) 分布圖,可以得到rAAV樣品的沉降系數(shù)分布以及空殼、部分包裝和完整包裝病毒的比例。這一過(guò)程不僅提高了檢測(cè)效率,還確保了檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性。


單扇形高通量方法學(xué)優(yōu)勢(shì):高效、準(zhǔn)確、穩(wěn)定


高效檢測(cè):

檢測(cè)通量的大幅提升是該方法最突出的特點(diǎn)。在實(shí)際應(yīng)用中,研究人員可以在短時(shí)間內(nèi)對(duì)大量rAAV樣品進(jìn)行檢測(cè),這對(duì)于基因治療產(chǎn)品的研發(fā)、生產(chǎn)過(guò)程中的質(zhì)量控制以及大規(guī)模臨床試驗(yàn)樣品的檢測(cè)都具有極其重要的意義。例如,在一個(gè)典型的實(shí)驗(yàn)中,使用單扇形高通量SV-AUC方法可以在一次運(yùn)行中同時(shí)分析7個(gè)獨(dú)立樣品的14個(gè)扇形,相較于經(jīng)典方法,檢測(cè)效率提高了近一倍。這意味著在相同的實(shí)驗(yàn)時(shí)間內(nèi),研究人員可以獲得更多的數(shù)據(jù),加速基因治療產(chǎn)品的開(kāi)發(fā)進(jìn)程,更快地將有效的治療方案推向市場(chǎng)。


準(zhǔn)確可靠:

盡管檢測(cè)通量得到了提高,但單扇形高通量SV-AUC方法在檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性方面毫不遜色于經(jīng)典的金標(biāo)準(zhǔn)方法。通過(guò)對(duì)不同濃度rAAV樣品的多次重復(fù)實(shí)驗(yàn),以及與經(jīng)典SV-AUC方法的對(duì)比驗(yàn)證,結(jié)果表明該方法在測(cè)定rAAV空殼、部分包裝和完整病毒顆粒比例時(shí)具有極高的準(zhǔn)確性和重復(fù)性。實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)顯示,無(wú)論是同一樣品在不同扇形中的檢測(cè)結(jié)果,還是不同樣品之間的檢測(cè)結(jié)果,其相對(duì)標(biāo)準(zhǔn)偏差均能保持在較低水平,通常在5%以內(nèi)。這表明該方法能夠穩(wěn)定地提供可靠的檢測(cè)數(shù)據(jù),為基因治療產(chǎn)品的質(zhì)量評(píng)估提供了堅(jiān)實(shí)的依據(jù)。而且,該方法在檢測(cè)過(guò)程中無(wú)需對(duì)樣品進(jìn)行復(fù)雜的預(yù)處理,避免了因樣品處理不當(dāng)而引入的誤差,進(jìn)一步提高了檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確性。


單扇形高通量與經(jīng)典的金標(biāo)準(zhǔn)方法對(duì)比結(jié)果


抗干擾能力強(qiáng):

在實(shí)際的檢測(cè)環(huán)境中,樣品的制備、裝載以及實(shí)驗(yàn)設(shè)備的狀態(tài)等因素都可能對(duì)檢測(cè)結(jié)果產(chǎn)生一定的誤差或干擾。然而,單扇形高通量SV-AUC方法展現(xiàn)出了強(qiáng)大的抗干擾能力。實(shí)驗(yàn)研究表明,即使在樣品體積存在輕微波動(dòng)、樣品量裝載不完全準(zhǔn)確或者實(shí)驗(yàn)設(shè)備的窗口出現(xiàn)明顯的污染等情況下,該方法仍然能夠穩(wěn)定地輸出準(zhǔn)確的檢測(cè)結(jié)果。這種抗干擾能力的提升,極大地提高了檢測(cè)的穩(wěn)定性和可靠性,減少了因外部因素導(dǎo)致的檢測(cè)失敗或結(jié)果偏差的可能性,從而降低了檢測(cè)成本,提高了檢測(cè)效率。


測(cè)試條件擾動(dòng)對(duì)高通量SV-AUC方法實(shí)驗(yàn)結(jié)果的影響


Optima cGMP Suite數(shù)據(jù)分析管理軟件即將升級(jí)上市


除了創(chuàng)新的實(shí)驗(yàn)方法本身,即將推出的升級(jí)后的Optima cGMP Suite數(shù)據(jù)分析管理軟件,將為單扇形高通量SV-AUC方法學(xué)提供強(qiáng)大的支持。這款軟件集成了先進(jìn)的數(shù)據(jù)處理算法和友好的用戶界面,能夠自動(dòng)完成從原始光強(qiáng)數(shù)據(jù)采集到準(zhǔn)吸光度數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換,經(jīng)過(guò)擬合運(yùn)行可輸出數(shù)據(jù)處理結(jié)果。用戶只需按照軟件的提示進(jìn)行簡(jiǎn)單的操作,即可快速獲得準(zhǔn)確的檢測(cè)結(jié)果。


單扇形高通量分析模塊


在基因治療產(chǎn)品的研發(fā)階段,研究人員需要對(duì)大量的rAAV樣品進(jìn)行檢測(cè)和優(yōu)化,以確定最佳的生產(chǎn)工藝和參數(shù)。單扇形高通量SV-AUC方法的高效檢測(cè)能力使得研究人員能夠在更短的時(shí)間內(nèi)完成更多的實(shí)驗(yàn),從而加速基因治療產(chǎn)品的研發(fā)進(jìn)程,縮短從實(shí)驗(yàn)室到臨床應(yīng)用的時(shí)間周期。在基因治療產(chǎn)品的生產(chǎn)過(guò)程中,質(zhì)量控制是確保產(chǎn)品安全性和有效性的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。經(jīng)典的質(zhì)量控制方法由于檢測(cè)通量有限,往往難以滿足大規(guī)模生產(chǎn)的需求。而單扇形高通量SV-AUC方法的出現(xiàn),使得生產(chǎn)過(guò)程中的質(zhì)量控制更加高效、精準(zhǔn)。通過(guò)對(duì)每一批次rAAV樣品的快速檢測(cè),及時(shí)發(fā)現(xiàn)并糾正生產(chǎn)過(guò)程中可能出現(xiàn)的問(wèn)題,確保每一瓶基因治療產(chǎn)品都符合嚴(yán)格的質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn),從而提升整個(gè)基因治療行業(yè)的質(zhì)量控制水平。



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相關(guān)閱讀:新品上市 | Optima cGMP Suite 數(shù)據(jù)分析管理軟件正式發(fā)布


參考文獻(xiàn)

Li X, Yu Q, Bi H, Pei D, Zhang D, Jiang W, Ye X, Cai Z, Hou W, Bhattacharya A, Yang Y, Wang C, Ye M, Qin X, Huo D, Liang C. A Single-Sector Higher Throughput Sedimentation Velocity Analytical Ultracentrifugation Method for Recombinant Adeno-Associated Virus Empty and Full Ratio Analysis. Hum Gene Ther. 2025

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