本文由醫(yī)藥行業(yè)應用專家秦怡供稿
小分子藥物研發(fā)是一場科學接力賽,從靶點發(fā)現(xiàn)到化合物篩選和結(jié)構(gòu)優(yōu)化,再到臨床試驗,每一步都充滿挑戰(zhàn)。隨著人工智能技術的不斷發(fā)展,計算機輔助藥物設計為科學家插上一雙翅膀,助力科學家跑贏這場激烈地接力賽??茖W家們借助分子動力學模擬、虛擬篩選等技術可以更加全面地了解藥物分子與靶點蛋白的結(jié)合模式,從數(shù)以萬計的化合物庫中迅速鎖定Z有潛力的候選物,高效、精準地設計出真正有效、安全的藥物。
雖然計算機輔助藥物設計技術大幅提高了小分子藥物開發(fā)的效率和精準性,但設計出的新藥仍需實驗技術的Z終確認。
光柵耦合干涉技術(Grating-coupled interferometry, GCI)是一種基于表面的非標記分子互作技術,3 mm超長檢測區(qū)域賦予了GCI技術超高的靈敏度,即使是低偶聯(lián)、低活性及大分子量配體的測試也能獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù);雙重進樣口的設計將切換速度提升至150 ms,可敏銳捕捉解離速率為10 s-1的瞬態(tài)反應。正是這種無與倫比的切換速度與靈敏度,使GCI技術成為小分子藥物與靶點結(jié)合確認環(huán)節(jié)的黃金拍檔,確保每一次的結(jié)合都能被精確無誤地捕捉和驗證。
應用實例:
GCI技術推動轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌藥物發(fā)現(xiàn)
轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌 (mCRC) 是導致癌癥相關死亡的主要原因之一,但目前仍缺乏有效的治療藥物。巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶8(FUT8)在結(jié)直腸癌在內(nèi)的大多數(shù)惡性癌癥中過表達,為潛在的治療靶點。
2023年8月3日,蘇州大學汪維鵬教授和李環(huán)球副教授團隊在Cell Death Disease上發(fā)表題為 “FDW028, a novel FUT8 inhibitor, impels lysosomal proteolysis of B7-H3 via chaperone-mediated autophagy pathway and exhibits potent efficacy against metastatic colorectal cancer” 的研究性文章,該研究開發(fā)了一種強效且具有高度選擇性的小分子 FUT8 抑制劑 FDW028,該抑制劑能顯著抑制FUT8介導的核心巖藻糖修飾,促進免疫檢查點分子B7-H3經(jīng)分子伴侶介導的自噬(CMA)溶酶體途徑降解,顯著延長轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mCRC)小鼠生存期。
圖1 FDW028 藥理作用機理
目前,通過常規(guī)策略開發(fā)的小分子抑制劑,面臨生物利用度低、選擇性差等問題。因此,研究者借助分子動力學(MD)模擬、虛擬篩選等技術,解開了FUT8 與小分子結(jié)合的關鍵殘基,鑒定出FDW028有望成為FUT8 的新型抑制劑。Z終,研究者利用小分子開發(fā)黃金搭檔——GCI,將FUT8通過氨基偶聯(lián)于PCP芯片表面,F(xiàn)DW028以1:2進行稀釋流過芯片表面(8個濃度,Z高濃度為100 μM),運行緩沖液為含3%DMSO的PBS-P緩沖液。通過Kinetics測定出FDW028和FUT8親和力為5.486 μM,證實了 FDW028 與 FUT8 的完美結(jié)合,進一步驗證了FDW028作為酶抑制劑的可行性,為后續(xù)動物實驗抗腫瘤活性的評估奠定堅實的基礎。
圖2 FUT8和FDW028結(jié)合動力學
GCI技術讓小分子無處可藏
在小分子結(jié)合實驗中,特別是在分析大分子量藥物靶標與小分子之間的相互作用時,靈敏度是實現(xiàn)精準分析的核心要素。
傳統(tǒng)技術面對懸殊較大的分子互作分析時,往往需通過提升表面配體的密度來實現(xiàn)Rmax(Z大響應值)的Z優(yōu)化,以確保結(jié)果的可靠性。然而,高分辨率的GCI技術可以精準捕獲較低配體密度下的動力學數(shù)據(jù),為研究分子間相互作用提供了新的視角和更寬的動態(tài)范圍。
基于GCI技術我們分析了一對分子量為297 Da的小分子與分子量為110 kDa的目標蛋白(由諾華公司提供),分子量比率>350:1,這對于傳統(tǒng)的無標記互作技術來說是一個巨大挑戰(zhàn)。將生物素化的目標蛋白偶聯(lián)在PCH-STA芯片表面(表面衍生鏈霉親和素),分析物進行1:3稀釋(9個濃度,Z高濃度為10 μM),運行緩沖液為20 mM Hepes、300 mM NaCl、1 mM DTT、2%DMSO,Z終通過校正及擬合以獲得結(jié)合動力學相關信息。
圖3 297 Da小分子與110 kDa的目標蛋白的結(jié)合動力學
借助GCI技術卓越的靈敏度和信噪比,即使在配體密度遠未達到表面飽和的情況下(<1 pg/mm2,相當于1 RU),也能對分子量相差懸殊的相互作用進行可靠測試。這使我們能夠獲取具有清晰的濃度依賴性和高信噪比的優(yōu)質(zhì)數(shù)據(jù)。
GCI技術完美攻克小分子結(jié)合實驗難點
小分子結(jié)合實驗難點 | GCI技術優(yōu)勢應對 |
小分子的分子量極小,測試儀器需要具備極高的靈敏度 | 3 mm超長檢測區(qū)域帶來卓越的檢測靈敏度,檢測分子量無下限 |
小分子的解離速率快,測試儀器需具有快速捕捉解離過程的能力 | 150 ms液流切換速度,完美捕獲高達10 s-1解離速率 |
小分子的溶解性較差,需要DMSO助溶 | 可耐受高濃度DMSO,waveRAPID全新動力學無需溶劑校正,輕松排除DMSO干擾 |
參考文獻:
[1] Wang, M., Zhang, Z., Chen, M. et al. FDW028, a novel FUT8 inhibitor, impels lysosomal proteolysis of B7-H3 via chaperone-mediated autophagy pathway and exhibits potent efficacy against metastatic colorectal cancer. Cell Death Dis 14, 495 (2023). DOI:https://doi.org/10.1038/s41419-023-06027-0.
[2] Creoptix TechNote08 Large Drug Targets.
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的使命是通過對材料進行化學、物性和結(jié)構(gòu)分析,打造出更勝一籌的客戶導向型創(chuàng)新解決方案和服務,從而提高效率和產(chǎn)生可觀的經(jīng)濟效益。通過利用包括人工智能和預測分析在內(nèi)的Z近技術發(fā)展,我們能夠逐步實現(xiàn)這一目標。這將讓各個行業(yè)和組織的科學家和工程師可解決一系列難題,如Z大程度地提高生產(chǎn)率、開發(fā)更高質(zhì)量的產(chǎn)品,并縮短產(chǎn)品上市時間。
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什么光譜儀能夠檢測出T7, T8, T8Mn這幾個工具鋼牌號里面的元素?
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