·  耐藥組靶向宏基因組

利用單細(xì)胞拉曼-重水同位素標(biāo)記技術(shù)，識(shí)別具有潛在健康風(fēng)險(xiǎn)的高度活躍土壤耐藥菌，利用單細(xì)胞分選與靶向宏基因組測序技術(shù)，鑒定出多數(shù)高表型耐藥菌屬于此前難以研究的未培養(yǎng)菌以及一株新型的抗生素抗性菌，證明了土壤未培養(yǎng)菌是AMR（抗生素抗藥性）的重要宿主。在單細(xì)胞水平破譯了活性耐藥菌攜帶的抗性基因、毒力因子、可移動(dòng)遺傳元件，為剖析環(huán)境中大量未培養(yǎng)耐藥菌提供了嶄新的方法。

【文章鏈接：《PNAS》丨單細(xì)胞拉曼結(jié)合靶向宏基因組揭示土壤活性抗生素耐藥組 (qq.com)】

【腸道耐藥菌基因組研究：《Environmental Microbiology》期刊文章 | HOOKE單細(xì)胞分選儀助力腸道耐藥菌表型與基因型的關(guān)聯(lián)研究 (qq.com)】

·  基于FLCiSS技術(shù)解密腸道微生物“暗物質(zhì)”

該研究首先利用能夠代謝標(biāo)記肽聚糖的D型氨基酸熒光探針（FDAA）作為工具，通過使用紅綠兩種FDAA探針對(duì)小鼠進(jìn)行序貫灌胃，在體標(biāo)記后獲得帶有雙色熒光的腸道菌群（兩種顏色在細(xì)菌上的分布可反映其分裂情況）。應(yīng)用S3000轉(zhuǎn)盤共聚焦顯微鏡識(shí)別感興趣的目標(biāo)菌，再應(yīng)用PRECI SCS單細(xì)胞分選儀把目標(biāo)菌精準(zhǔn)地挑選到無菌管內(nèi)，破壁后利用MDA進(jìn)行基因組擴(kuò)增，用于后續(xù)的16S rDNA和全基因組測序分析。本研究應(yīng)用上述FLCiSS（combining fluorescent probe labeling and confocal imaging with single-cell sorting and sequencing）技術(shù)，實(shí)現(xiàn)了對(duì)復(fù)雜腸道菌群樣品的“所見即可知”。

【文章鏈接：《mLife》丨基于共聚焦熒光成像的單細(xì)胞分選測序技術(shù)揭示腸道菌群中細(xì)菌的分裂模式及種屬分類 (qq.com)】

·  基于mini-metagenome的嗜冷電活性菌基因分析

本研究采用基于LIFT的單細(xì)胞分選、層次聚類分析和群落結(jié)構(gòu)高通量測序、宏基因組測序相結(jié)合的方法，深入研究了嗜冷電活性微生物的代謝功能。成功地表征了地桿菌屬Geobacter的生理信息和胞外電子傳遞的潛在代謝途徑，并實(shí)現(xiàn)了準(zhǔn)確分離。mini-metagenome結(jié)果表明嗜冷微生物燃料電池群落結(jié)構(gòu)對(duì)低溫的適應(yīng)和對(duì)電位電子轉(zhuǎn)移過程的主動(dòng)代謝反應(yīng)。細(xì)胞色素c等關(guān)鍵基因在低溫嗜冷電活性微生物的細(xì)胞外電子轉(zhuǎn)移中起重要作用。

【文章鏈接：《SCI TOTAL ENVIRON》| 基于HOOKE單細(xì)胞分選平臺(tái)的嗜冷電活性微生物的mini-metagenome分析研究 (qq.com)】

·  腸道耐藥菌表型與基因型的關(guān)聯(lián)研究

人體腸道耐藥菌(ARB) 對(duì)健康和疾病有重要影響。本研究在單細(xì)胞水平上分析了不同抗生素濃度下ARB的相對(duì)豐度，并對(duì)分離得到的ARB進(jìn)行測序分析，表明ARB在人體腸道菌群中的存在可能與個(gè)人病史有關(guān)。本研究將Raman-DIP、單細(xì)胞分選和測序相結(jié)合，在單細(xì)胞水平上研究ARB在人體腸道菌群中的表型和基因型，有望應(yīng)用于糞便移植的人類腸道菌群的質(zhì)量控制、人類腸道中的細(xì)菌-細(xì)菌相互作用以及腸道菌群對(duì)人類疾病的影響等研究中。

【文章鏈接：《Environmental Microbiology》期刊文章 | HOOKE單細(xì)胞分選儀助力腸道耐藥菌表型與基因型的關(guān)聯(lián)研究 (qq.com)】