瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂或瓊脂糖作支持介質的一種電泳方法。對于分子量較大的樣品，如大分子核酸、病毒等，一般可采用孔徑較大的瓊脂糖凝膠進行電泳分離。

常見問題：

問題：條帶缺失

原因一：DNA條帶分子量過大

解決方法：使用脈沖凝膠電泳。

原因二：分子量接近的DNA條帶沒有分開

解決方法：選擇適當?shù)哪z濃度進行電泳。

原因三：電泳緩沖液使用不當

解決方法：SD和TBE緩沖液適于分析較小分子量的DNA片段，大片段分子不能完全分離；TAE緩沖液不適于分離很小的DNA片段。

原因四：電泳時間過長或電壓過高，DNA走出凝膠

解決方法：縮短電泳時間，調整電壓。

原因五：電極插反，DNA走出凝膠

解決方法：正確連接電極方向。

問題：條帶大小不正確

原因一：核酸降解或形成聚合物

解決方法：加熱處理或重新制備樣品。

原因二：λDNA酶切Marker的cos位點復性

解決方法：電泳前65°C加熱5分鐘，冰上冷卻5分鐘以后上樣。

原因三：相同分子量的DNA片段由于結構或序列的差異而有不同的遷移率

解決方法：判斷DNA分子是否有特殊結構，如缺口、超螺旋、二聚體等；富含AT堿基的DNA遷移率比同分子量富含GC堿基的DNA片段慢。

原因四：梳子變形，點樣孔不在同一水平線上

解決方法：使用完好的梳子制膠。

問題：帶型異常

原因一：不同樣本的上樣條件不同

解決方法：選用相同的上樣緩沖液，上樣量盡可能接近

原因二：上樣量過大或過小

解決方法：選擇合適大小的上樣孔，樣品應完全覆蓋點樣孔底部

原因三：核酸樣品純度差，含有DNA結合蛋白或高濃度的鹽份

解決方法：酚/仿抽提或乙醇沉淀去除蛋白、鹽份等雜質。

原因四：電泳緩沖液未完全浸沒凝膠

解決方法：上樣和電泳時，確保緩沖液始終能完全覆蓋凝膠。

原因五：電壓過高或電泳時間過長致使凝膠過熱和DNA變性

解決方法：根據(jù)凝膠大小和電泳緩沖液類型，使用適當?shù)碾妷哼M行電泳。

原因六：凝膠中加入EB造成染色不均

解決方法：加入EB時充分混勻或電泳結束后再染色。

原因七：凝膠中有氣泡或污染物

解決方法：使用純水和潔凈容器制膠；緩慢灌膠，并趕除氣泡。

問題：DNAMarker降解

原因一：核酸酶污染

解決方法：每次吸取時更換滅菌槍頭，勿將電泳緩沖液帶入管中；用后密閉4°C保存。

原因二：保存不當

解決方法：4°C或-20°C保存，避免多次反復凍融；不可加熱。

問題：DNAMarker無法正確分離

原因一：瓊脂糖質量差

解決方法：使用質量可靠的瓊脂糖制膠。

原因二：電泳緩沖液多次使用后失效

解決方法：更換緩沖液。

問題：條帶黯淡

原因一：核酸濃度過低

解決方法：增加上樣量。

原因二：核酸降解

解決方法：使用不含核酸酶的試劑和耗材制備樣品。

原因三：DNA條帶被示蹤染料掩蓋

解決方法：提高上樣量；避免使用與目的片段遷移率相同的示蹤染料。

問題：條帶模糊或彌散

原因一：電泳緩沖液多次使用后失效

解決方法：更換緩沖液。

原因二：核酸部分降解

解決方法：使用不含核酸酶的試劑和耗材制備樣品。

原因三：核酸樣品純度差，含有DNA結合蛋白或高濃度的鹽份

解決方法：酚/仿抽提或乙醇沉淀去除蛋白、鹽份等雜質

原因四：電壓過低，電泳時間過長

解決方法：根據(jù)凝膠大小和電泳緩沖液類型，使用適當?shù)碾妷哼M行電泳。

原因五：染色時間過長或拍照前放置過久，DNA條帶彌散

解決方法：電泳結束后及時觀察、拍照。