染色體(chromosome) 是真核細胞在有絲分裂或減數(shù)分裂時遺傳物質(zhì)存在的特定形式，是間期細胞染色質(zhì)結(jié)構(gòu)緊密包裝的結(jié)果，是染色質(zhì)的高級結(jié)構(gòu)，僅在細胞分裂時才出現(xiàn)。染色體有種屬特異性，隨生物種類、細胞類型及發(fā)育階段不同，其數(shù)量、大小和形態(tài)存在差異。

細胞核起源的核心過程是染色體起源，雖然到目前為止它仍然是一個謎題。壓縮和結(jié)構(gòu)化假說（packing and structurization hypothesis），病毒性真核生物起源模型（viral eukaryogenesis model），自演化模型（autogenous model，共營模型（syntrophic model）、），外膜假說（exomembrane hypothesis）等等是迄今為止的Z主要的假說。

壓縮與結(jié)構(gòu)化假說

壓縮與結(jié)構(gòu)化假說表示，細胞核來源于原核細胞基因組的大型化（包括DNA的側(cè)向基因轉(zhuǎn)移方式、內(nèi)共生融合、復制錯誤或多倍化等）。為了將巨大的DNA分子準確地分配到子代中去的需求，從而導致了細胞的有絲分裂和細胞核的的成型。所以核演化的關(guān)鍵因素是怎樣將長鏈DNA有效地壓縮（借助組蛋白）成若干染色體和怎么借助紡錘體將多個染色體同時分離。從原核生物到真核生物，基因組的DNA總量大約增加了3.5個數(shù)量級，這與現(xiàn)代真核生物的DNA壓縮比（packing ratio）驚人地一致。為了實現(xiàn)對復雜生化系統(tǒng)進行秩序化管控，演化生成了包含核膜在內(nèi)的細胞內(nèi)膜系統(tǒng)。

病毒性真核生物起源模型

病毒性真核生物起源模型認為，膜結(jié)合的細胞核與其他真核生物特征是由病毒感染原核生物導致產(chǎn)生的，它的證據(jù)是在大分子結(jié)構(gòu)上，病毒和真核生物有一點相似。比如和蛋白質(zhì)的緊密結(jié)合（病毒的外套膜和組蛋白類似），線性DNA鏈，mRNA的加帽。在此假說當中，還有一中觀點表示早期的細胞“捕食者”是由吞噬作用形成的，而后演化成了細胞核。

自演化模型

自演化模型表示細胞無需依靠內(nèi)共生，可以直接通過細菌演化得到。它的證據(jù)是來自浮霉菌（Planctomycete）-一類專性好氧菌，它們的胞內(nèi)膜結(jié)構(gòu)非常清晰，再此當中有一類被叫做Gemmata obscuriglobus的出芽菌，它的染色質(zhì)是由雙層的核膜包裹著的，和真核生物的核的結(jié)構(gòu)非常相像。但是斯氏小梨形菌（Pirellula staleyi）的核是由

細胞質(zhì)內(nèi)膜ICM包裹包裹著的。然而到底是如何形成的，這一模型卻沒有未進一步解釋核實。

共營模型

共營模表示一些古老的古菌和現(xiàn)代產(chǎn)甲烷古菌相似，通過侵入和生存在與現(xiàn)代粘細菌相似的的細菌體內(nèi)，早期的細胞核由此產(chǎn)生。支持以古菌為基礎(chǔ)的細胞核起源理論的證據(jù)是古菌與真核生物在特定蛋白質(zhì)（如組蛋白）基因方面有些相似。

外膜假說

外膜假說表示，細胞核來源于演化出第二層外細胞膜的單個早期細胞，核膜是由包裹原來細胞的內(nèi)膜轉(zhuǎn)化而來，為了方便將內(nèi)部（如核糖體亞基）合成的物質(zhì)送出核外，逐漸演化出精巧的核孔結(jié)構(gòu)。