微生物是指個體小到難以用肉眼觀察的所有微小生物的統(tǒng)稱（有些微生物是肉眼可見的）。細菌、病毒、真菌和少數(shù)藻類等都屬于微生物。病毒是由蛋白質(zhì)與核酸等少數(shù)幾種成分構(gòu)成的“非細胞生物”，然而它必須依賴活細胞生存。依據(jù)不同的生存環(huán)境，微生物被分為空間微生物、海洋微生物等，依據(jù)細胞的結(jié)構(gòu)，微生物被分為原核微生物和真核微生物。在ZG大陸和ZG臺灣的教科書里，微生物被分為細菌、病毒、真菌、放線菌、立克次氏體、支原體、衣原體、螺旋體八類。微生物種類眾多，既有有益的微生物又有有害的微生物。其在工農(nóng)業(yè)、醫(yī)藥、食品以及環(huán)保等很多領(lǐng)域得到廣泛地應(yīng)用。

傳統(tǒng)的微生物鑒定主要參考《伯杰式細菌鑒定手冊》和《真菌鑒定手冊》，鑒定過程繁瑣，耗時長，容易出錯，對經(jīng)驗要求非常高。商品化的自動微生物系統(tǒng)有效地解決了以上問題，目前自動微生物鑒定系統(tǒng)從原理上包括以下幾種：

基于蛋白的鑒定方法：

以蛋白質(zhì)飛行質(zhì)譜平臺為基礎(chǔ)對不同高度保守的微生物核糖體蛋白電解離后的電子飛行時間進行分析鑒定。典型代表為布魯克和梅里。

基于基因型的鑒定方法：

例如基因條帶圖譜法以及基因測序法，典型代表為Life和杜邦。

基于表型的鑒定方法：

如美國Biolog公司的Microstation和Omnilog自動微生物鑒定系統(tǒng)，以對95種碳源或化學敏感物質(zhì)的利用為基本原理，能夠鑒定2650種以上的霉菌、酵母和細菌。除此以外還有基于脂肪酸鑒定的方法，通過氣相色譜對微生物細胞壁的脂肪酸構(gòu)成進行分析。梅里埃、BD、熱電和西門子在臨床領(lǐng)域都有各自的自動微生物鑒定系統(tǒng)，它們的數(shù)據(jù)庫的主要鑒定對像是致病菌，數(shù)據(jù)庫一般有200-600種，能夠做藥敏測試。

三類方法各有優(yōu)缺點，理論上不沖突，可以互為補充，應(yīng)該根據(jù)實際需要進行選擇。