導致傳染病的流行是微生物對人類Z重要的影響因素之一。病毒引起人類50%的疾病。微生物使人生病的歷史，亦是人們和疾病不斷抗爭的歷史，人類在預防和ZL疾病方面取得了長足的進步，然而還是不停有新的或者舊的微生物感染，許多病毒性疾病一直都沒有有效的ZL藥物，甚至一些疾病的致病機制尚不知曉。 隨著大量的廣譜抗生素的濫用，使得許多菌株發(fā)生變異，導致產生耐藥性，威脅的人類健康。

一些病毒發(fā)生變異是因為一些分節(jié)段的病毒之間能夠重組或重配，流行性感冒病毒即是Z典型的例子。微生物種類眾多，有些是有害的，能夠造成食品腐壞，也有一些是有益的，如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒就能夠利用它們生產。微生物個體通常非常小，需要顯微鏡放大約1000 倍才能看到。像中等大小的細菌，000個疊加在一起只有句號那么大。

微生物雖然會使人生病，可以引起 食品、布匹、皮革等發(fā)霉腐爛，但是微生物亦有有益的方面。青霉素Z早是弗萊明從青霉菌YZ其它細菌的生長中被發(fā)現(xiàn)。這在醫(yī)藥界是一個劃時代的發(fā)現(xiàn)。之后，從放線菌等的代謝產物中篩選出了大量的抗生素。在第二次世界大戰(zhàn)中，

抗生素挽救了無數(shù)人的生命。一些微生物在工業(yè)發(fā)酵，生產乙醇、食品及各種酶制劑等方面得到廣泛地應用。一些微生物被用來降解塑料、處理廢水廢氣等，而且他們可再生，被叫做環(huán)保微生物。一些微生物在高溫、低溫、高鹽、高堿以及高輻射等普通生命體不能生存的極端環(huán)境下依然能夠生存。似乎有許多微生物被發(fā)現(xiàn)，事實上如今人們所發(fā)現(xiàn)的微生物還只占自然界中存在的微生物很小的比例。

微生物之間能夠相互作用。比如健康人腸道中存在著大量細菌，被叫做正常菌群，細菌種類達上百種之多。在腸道環(huán)境里，些細菌互相依存。菌群在食物、有毒物質甚至藥物的分解與吸收這些過程中發(fā)揮著重要的作用，目前還不清楚細菌之間的相互作用機制。如果菌群失調，就會引起腹瀉。

工業(yè)微生物在食品、制藥、冶金、采礦、石油、皮革、輕化工等多種行業(yè)有所涉及。抗生素、丁醇、維生素C以及一些風味食品就是由微生物通過發(fā)酵生產而成。皮革脫毛、冶金、采油采礦等生產過程需要某些特殊微生物酶參與，這些特殊微生物酶甚至直接是洗衣粉等的添加劑。此外一些微生物的代謝產物能夠作為天然的微生物殺蟲劑在農業(yè)生產方面被廣泛地使用。通過研究枯草芽孢桿菌的基因組，一系列與抗生素及重要工業(yè)用酶的產生相關的基因被發(fā)現(xiàn)了。作為一種重要的微生態(tài)調節(jié)劑，乳酸桿菌參與了食品發(fā)酵過程，研究它的基因組會對找到關鍵的功能基因提供幫助，之后改造菌株，讓它在工業(yè)化的生產過程中更加適用。

能夠在極端環(huán)境下生長的微生物，被叫做極端微生物，又被叫做嗜極菌，嗜極菌對極端環(huán)境具有很強的適應性，研究極端微生物基因組對于從分子水平研究極限條件下微生物的適應性很有幫助，加深對生命本質的了解。