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極ng確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質(zhì)組的 DIA 解析
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本文由 賽默飛色譜質(zhì)譜及痕量元素分析 整理匯編
2015-12-29 00:00 369閱讀次數(shù)
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極ng確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質(zhì)組的 DIA 解析
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極ng確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質(zhì)組的 DIA 解析
- 極ng確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化蛋白質(zhì)組的 DIA 解析[詳細]
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2015-12-29 00:00
選購指南
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賽默飛極ng確修飾位點譜圖庫的建立與磷酸化 蛋白質(zhì)組的 DIA 解析
- 數(shù)據(jù)非依賴采集(Data-IndependentAcquisition,DIA)是當前Z熱門的質(zhì)譜采集技術(shù)之一,它以非目標的方式將質(zhì)量范圍分為若干窗口,依次并循環(huán)采集窗口內(nèi)所有母離子的二級碎片[1,2]。DIA與SRM類似,也是基于子離子(transition)定量,相比傳統(tǒng)蛋白質(zhì)組學(xué)定量方法具有更好的選擇性和更高的準確度。然而,目前DIA在翻譯后修飾分析上仍有較大瓶頸。DIA依賴于DDA建立譜圖庫,而DDA數(shù)據(jù)在搜庫鑒定時,修飾位點定位錯誤的概率較高,特別是磷酸化修飾發(fā)生在常見的S/T/Y上,若肽段含有2個或以上位置接近的S/T/Y,位點就容易找錯。將含有錯誤位點信息的鑒定結(jié)果作為譜圖庫,就會導(dǎo)致翻譯后修飾DIA解析結(jié)果的不可靠[3]。因此,DIA尚難用于大規(guī)模的翻譯后修飾樣本分析。針對修飾位點的打分算法使修飾位點的定位更加準確,ProteomeDiscoverer軟件中整合的phosphoRS/ptmRS模塊[4]和MaxQuant軟件的算法[5]都可以實現(xiàn)位點可信度(SiteProbability)的計算,從而獲得可靠的位點定位信息。本文基于上述軟件對翻譯后修飾DDA數(shù)據(jù)進行位點可信度分析,篩選具有準確位點定位的譜圖建立譜圖庫,導(dǎo)入Skyline軟件,進而實現(xiàn)可靠的翻譯后修飾DIA解析。將該流程應(yīng)用于磷酸化樣本DIA數(shù)據(jù)分析,成功提取6401條高可信度的磷酸化肽段(Q<0.01),占譜圖庫肽段總數(shù)的98.4%,其中可用于準確定量的肽段(CV<20%)占86.9%,有效解決了翻譯后修飾DIA定量的難題。產(chǎn)品關(guān)鍵詞:OrbitrapFusion質(zhì)譜儀[詳細]
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極ng確控溫,操作便捷的全自動旋光儀
- 極ng確控溫,操作便捷的全自動旋光儀P850全自動旋光儀內(nèi)置帕爾貼(Peltier)極ng確控溫系統(tǒng)、全自動光電檢測技術(shù)和WINDOWS界面的人機對話系統(tǒng),具有測量過程極ng確、可靠及操作便捷等優(yōu)點。通過對物質(zhì)旋光度的檢測,可以分析確定物質(zhì)的濃度、含量及純度等,廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、石油、食品、化工、香精、香料、制糖等行業(yè)及有關(guān)的高校和科研院所全自動旋光儀性能特點:全自動光電檢測技術(shù)搭配內(nèi)置的帕爾貼(Peltier)極ng確控溫系統(tǒng),保證測量的準確度和穩(wěn)定性寬大的彩色觸摸顯示屏和創(chuàng)新的WINDOWS界面軟件讓儀器操控和數(shù)據(jù)讀取更加便捷,滿足高端用戶使用習慣使用壽命超過100000小時的高亮度LED光源多種測量模式供用戶選擇,免去復(fù)雜的人工計算過程擁有超大存儲容量空間,可自動存儲高達1000組數(shù)據(jù)信息整機通過實驗室分析儀器TART品質(zhì)認證標準全自動旋光儀技術(shù)參數(shù):測量范圍:±89.99°(旋光度)Z小讀數(shù):0.001°(旋光度)測量精度:±0.01(-45°≤旋光度≤+45°)±0.02(旋光度<+45°或旋光度>+45°)重復(fù)性(標準偏差s):0.002°(旋光度)可測樣品Zdi透過率:1%工作波長:589.3nm(鈉D光譜)溫度控制方式:內(nèi)置半導(dǎo)體控溫溫度控制范圍:15℃-30℃控溫準確度:±0.3℃分辨率0.1°C輸出方式:USB和RS232可直接連接PC全自動旋光儀數(shù)據(jù)儲存量:1000條顯示方式:5.6英寸TFT觸摸屏電源:220VAC±10%50HZ額定功率:250W外形尺寸(長X寬X高):708mmX330mmX287mm凈重:26kg[詳細]
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2018-10-07 10:02
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極ng確控溫,全自動檢測的P850旋光儀
- 極ng確控溫,全自動檢測的P850旋光儀P850全自動旋光儀內(nèi)置帕爾貼(Peltier)極ng確控溫系統(tǒng)、全自動光電檢測技術(shù)和WINDOWS界面的人機對話系統(tǒng),具有測量過程極ng確、可靠及操作便捷等優(yōu)點。通過對物質(zhì)旋光度的檢測,可以分析確定物質(zhì)的濃度、含量及純度等,廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、石油、食品、化工、香精、香料、制糖等行業(yè)及有關(guān)的高校和科研院所全自動旋光儀性能特點:全自動光電檢測技術(shù)搭配內(nèi)置的帕爾貼(Peltier)極ng確控溫系統(tǒng),保證測量的準確度和穩(wěn)定性寬大的彩色觸摸顯示屏和創(chuàng)新的WINDOWS界面軟件讓儀器操控和數(shù)據(jù)讀取更加便捷,滿足高端用戶使用習慣使用壽命超過100000小時的高亮度LED光源多種測量模式供用戶選擇,免去復(fù)雜的人工計算過程擁有超大存儲容量空間,可自動存儲高達1000組數(shù)據(jù)信息整機通過實驗室分析儀器TART品質(zhì)認證標準全自動旋光儀技術(shù)參數(shù):測量范圍:±89.99°(旋光度)Z小讀數(shù):0.001°(旋光度)測量精度:±0.01(-45°≤旋光度≤+45°)±0.02(旋光度<+45°或旋光度>+45°)重復(fù)性(標準偏差s):0.002°(旋光度)可測樣品Zdi透過率:1%工作波長:589.3nm(鈉D光譜)溫度控制方式:內(nèi)置半導(dǎo)體控溫溫度控制范圍:15℃-30℃控溫準確度:±0.3℃分辨率0.1°C輸出方式:USB和RS232可直接連接PC全自動旋光儀數(shù)據(jù)儲存量:1000條顯示方式:5.6英寸TFT觸摸屏電源:220VAC±10%50HZ額定功率:250W外形尺寸(長X寬X高):708mmX330mmX287mm凈重:26kg[詳細]
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2018-10-07 10:02
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基于 Q Exactive-GC 建立高分辨極ng確質(zhì)量數(shù)據(jù)庫及目標化
- 基于 Q Exactive-GC 建立高分辨極ng確質(zhì)量數(shù)據(jù)庫及目標化[詳細]
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2015-11-20 00:00
課件
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賽默飛基于Q Exactive-GC建立高分辨極ng確質(zhì)量數(shù)據(jù)庫
- 本研究基于氣相色譜-四極桿-靜電場軌道阱高分辨質(zhì)譜(ThermoScientificTMQExactive-GC),并結(jié)合相應(yīng)的數(shù)據(jù)處理軟件,研究極ng確質(zhì)量數(shù)據(jù)庫建立以及利用數(shù)據(jù)庫進行目標化合物快速篩查的流程。實驗中的數(shù)據(jù),均在60,000FWHM(200m/z)及以上的分辨率下采集,且數(shù)據(jù)的質(zhì)量準確度保證在2ppm范圍內(nèi),所以,其超高的性能特點保證了數(shù)據(jù)的準確性和可靠性??焖俸Y查方法同時對極ng確質(zhì)量數(shù)偏差、保留時間窗口、同位素分布與同位素豐度信息等參數(shù)進行了優(yōu)化,Z*程度的降低假陽性以及假陰性結(jié)果的干擾,從而獲得Z準確的篩查結(jié)果。關(guān)鍵詞QExactive-GC;高分辨極ng確質(zhì)量數(shù)據(jù)庫;目標化合物篩查[詳細]
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2018-08-10 10:58
產(chǎn)品樣冊
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高光譜暗場成像用于胞嘧啶修飾位點的量化研究
- 表觀遺傳信息的調(diào)控和異常在眾多的生理、病理中起著至關(guān)重要的作用。胞嘧啶衍生物可以調(diào)控基因表達。但是,單細胞水平上遺傳信息標記物的定量評估受到了較低的時空分辨率和信噪比成像方法的限制。所以,很少有人對不同類型細胞和不同細胞階段的這些胞嘧啶修飾位點進行表征研究。[詳細]
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2022-05-11 11:13
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