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問(wèn)答社區(qū)

如何選擇用同源保守序列設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增DNA還是用RACE擴(kuò)增DNA

panyu1112 2015-11-17 07:26:03 466  瀏覽
  • 我通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的基因序列ORF是不完整的??吹骄W(wǎng)上有人說(shuō)可以通過(guò) Blast找到和序列相似的其他物種的序列,通過(guò)序列比對(duì)找到保守區(qū),在保守區(qū)設(shè)計(jì)引物就可以擴(kuò)增DNA.還有人說(shuō)ORF不完整要設(shè)計(jì)3”5“的引物通過(guò)RACE先將3”端5“端擴(kuò)增出來(lái)拿到完整序列。我... 我通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的基因序列ORF是不完整的??吹骄W(wǎng)上有人說(shuō)可以通過(guò) Blast找到和序列相似的其他物種的序列,通過(guò)序列比對(duì)找到保守區(qū),在保守區(qū)設(shè)計(jì)引物就可以擴(kuò)增DNA.還有人說(shuō)ORF不完整要設(shè)計(jì)3”5“的引物通過(guò)RACE先將3”端5“端擴(kuò)增出來(lái)拿到完整序列。我該做那一步呢,剛開(kāi)始做,實(shí)驗(yàn)小白,求指教 展開(kāi)

參與評(píng)論

全部評(píng)論(1條)

  • George926798 2015-11-18 00:00:00
    用RACE擴(kuò)增要還一些,用保守序列擴(kuò)增一個(gè)問(wèn)題是保守區(qū)位置不好,擴(kuò)增后任然不是基因全長(zhǎng),第二個(gè)你是新手保守序列設(shè)計(jì)引物不一定能設(shè)計(jì)到合適的引物。

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如何選擇用同源保守序列設(shè)計(jì)引物擴(kuò)增DNA還是用RACE擴(kuò)增DNA
我通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的基因序列ORF是不完整的。看到網(wǎng)上有人說(shuō)可以通過(guò) Blast找到和序列相似的其他物種的序列,通過(guò)序列比對(duì)找到保守區(qū),在保守區(qū)設(shè)計(jì)引物就可以擴(kuò)增DNA.還有人說(shuō)ORF不完整要設(shè)計(jì)3”5“的引物通過(guò)RACE先將3”端5“端擴(kuò)增出來(lái)拿到完整序列。我... 我通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的基因序列ORF是不完整的??吹骄W(wǎng)上有人說(shuō)可以通過(guò) Blast找到和序列相似的其他物種的序列,通過(guò)序列比對(duì)找到保守區(qū),在保守區(qū)設(shè)計(jì)引物就可以擴(kuò)增DNA.還有人說(shuō)ORF不完整要設(shè)計(jì)3”5“的引物通過(guò)RACE先將3”端5“端擴(kuò)增出來(lái)拿到完整序列。我該做那一步呢,剛開(kāi)始做,實(shí)驗(yàn)小白,求指教 展開(kāi)
2015-11-17 07:26:03 466 1
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課題往下做需要做草果cpDNA的擴(kuò)增測(cè)序,現(xiàn)在卡在引物的查找確定上,老師給了部分的引物,比如rpS16—rpS16F;rpS16—AAA CGA TGT GGT ARA AAG CAA C;rpS16R—AAC ATC WAT TGC AAS GAT TCG ATA,但是自己取查文獻(xiàn)的時(shí)候查到了rps16這個(gè)序列,可是用的引物不同... 課題往下做需要做草果cpDNA的擴(kuò)增測(cè)序,現(xiàn)在卡在引物的查找確定上,老師給了部分的引物,比如rpS16—rpS16F;rpS16—AAA CGA TGT GGT ARA AAG CAA C;rpS16R—AAC ATC WAT TGC AAS GAT TCG ATA,但是自己取查文獻(xiàn)的時(shí)候查到了rps16這個(gè)序列,可是用的引物不同啊,是不是要先直接找到序列,再自行去設(shè)計(jì)?求各位大神幫幫忙,卡了好幾天了,還是不太明白。 展開(kāi)
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