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- 內(nèi)毒素檢測(cè)—業(yè)界為何尋求改進(jìn)?如何改進(jìn)?
細(xì)菌內(nèi)毒素檢測(cè)是一項(xiàng)關(guān)鍵的QC放行檢測(cè),這意味著生物制品只有通過(guò)該項(xiàng)測(cè)試才能向公眾放行使用。過(guò)去30年來(lái),內(nèi)毒素檢測(cè)一直使用從鱟中提取的鱟試劑,檢測(cè)藥品和疫苗。在這段時(shí)間里,內(nèi)毒素檢測(cè)和技術(shù)幾乎沒(méi)有變化,直到最近才有了極小的改進(jìn)。業(yè)界已經(jīng)看到了傳統(tǒng)內(nèi)毒素檢測(cè)的弊端,并表達(dá)了很多理由,為什么改進(jìn)內(nèi)毒素檢測(cè)會(huì)非常有用。業(yè)內(nèi)通過(guò)采用創(chuàng)新技術(shù)來(lái)尋求改進(jìn)內(nèi)毒素檢測(cè),這些創(chuàng)新不僅可以減少檢測(cè)時(shí)間,還可以提高數(shù)據(jù)可靠性,以便更有效、更安全地將產(chǎn)品提供給患者。
使用傳統(tǒng)的凝膠法和96孔板方法有一些注意事項(xiàng)。這些陳舊的技術(shù)都是手動(dòng)的,需要分析員在QC實(shí)驗(yàn)室里花大量時(shí)間操作。需要的人工干預(yù)越多,內(nèi)毒素檢測(cè)就越容易出現(xiàn)錯(cuò)誤。凝膠法是一種定性測(cè)試,也就是一種合格或不合格的測(cè)試。96孔板動(dòng)力學(xué)方法是凝膠法的升級(jí)版,因?yàn)檫@些測(cè)試是定量的、半自動(dòng)化的。但這些方法仍需要大量時(shí)間來(lái)設(shè)置和執(zhí)行,并容易出現(xiàn)一系列的錯(cuò)誤。
內(nèi)毒素檢測(cè)
是一項(xiàng)非常敏感的測(cè)試,可檢測(cè)到低至萬(wàn)億分之一的內(nèi)毒素(相當(dāng)于奧林匹克標(biāo)準(zhǔn)泳池中的一粒沙子)。這種檢測(cè)手段靈敏度非常高,但也意味著用戶(hù)造成的任何類(lèi)型的小污染都很可能會(huì)被檢測(cè)到。藥企希望更快地將他們的產(chǎn)品推向市場(chǎng)以幫助患者,因此如果由于污染導(dǎo)致內(nèi)毒素檢測(cè)失敗或無(wú)效,這將需要重新檢測(cè)、調(diào)查原因,并最 終延遲向有需要的患者放行此產(chǎn)品的時(shí)間。
細(xì)菌內(nèi)毒素檢測(cè)是一項(xiàng)關(guān)鍵的QC放行檢測(cè),這意味著生物制品只有通過(guò)該項(xiàng)測(cè)試才能向公眾放行使用。過(guò)去30年來(lái),內(nèi)毒素檢測(cè)一直使用從鱟中提取的鱟試劑,檢測(cè)藥品和疫苗。在這段時(shí)間里,內(nèi)毒素檢測(cè)和技術(shù)幾乎沒(méi)有變化,直到最近才有了極小的改進(jìn)。業(yè)界已經(jīng)看到了傳統(tǒng)內(nèi)毒素檢測(cè)的弊端,并表達(dá)了很多理由,為什么改進(jìn)內(nèi)毒素檢測(cè)會(huì)非常有用。業(yè)內(nèi)通過(guò)采用創(chuàng)新技術(shù)來(lái)尋求改進(jìn)內(nèi)毒素檢測(cè),這些創(chuàng)新不僅可以減少檢測(cè)時(shí)間,還可以提高數(shù)據(jù)可靠性,以便更有效、更安全地將產(chǎn)品提供給患者。
使用傳統(tǒng)的凝膠法和96孔板方法有一些注意事項(xiàng)。這些陳舊的技術(shù)都是手動(dòng)的,需要分析員在QC實(shí)驗(yàn)室里花大量時(shí)間操作。需要的人工干預(yù)越多,內(nèi)毒素檢測(cè)就越容易出現(xiàn)錯(cuò)誤。凝膠法是一種定性測(cè)試,也就是一種合格或不合格的測(cè)試。96孔板動(dòng)力學(xué)方法是凝膠法的升級(jí)版,因?yàn)檫@些測(cè)試是定量的、半自動(dòng)化的。但這些方法仍需要大量時(shí)間來(lái)設(shè)置和執(zhí)行,并容易出現(xiàn)一系列的錯(cuò)誤。
內(nèi)毒素檢測(cè)
是一項(xiàng)非常敏感的測(cè)試,可檢測(cè)到低至萬(wàn)億分之一的內(nèi)毒素(相當(dāng)于奧林匹克標(biāo)準(zhǔn)泳池中的一粒沙子)。這種檢測(cè)手段靈敏度非常高,但也意味著用戶(hù)造成的任何類(lèi)型的小污染都很可能會(huì)被檢測(cè)到。藥企希望更快地將他們的產(chǎn)品推向市場(chǎng)以幫助患者,因此如果由于污染導(dǎo)致內(nèi)毒素檢測(cè)失敗或無(wú)效,這將需要重新檢測(cè)、調(diào)查原因,并最終延遲向有需要的患者放行此產(chǎn)品的時(shí)間。
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關(guān)于實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù),最常見(jiàn)的應(yīng)用是通過(guò)RT-qPCR進(jìn)行基因表達(dá)分析、疾病診斷和管理(如病毒定量)、食品檢測(cè)(如轉(zhuǎn)基因或過(guò)敏原分析)以及動(dòng)物或植物育種等研究。這種方法非常靈敏,因此為了得到可靠的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù),避免錯(cuò)誤是十分重要的。RT和qPCR數(shù)據(jù)評(píng)估的整個(gè)工作流程包括以下幾點(diǎn):
1、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
2、樣品的制備和提取/純化
3、RT和qPCR
4、數(shù)據(jù)評(píng)估
在以上過(guò)程中,實(shí)驗(yàn)人員有可能因?yàn)椴僮麇e(cuò)誤或失誤導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的失真。但往往有些錯(cuò)誤的來(lái)源又十分不明確,所以排除故障的第一步是需要再次檢查實(shí)驗(yàn)流程并重復(fù)實(shí)驗(yàn)。
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
RT或qPCR反應(yīng)的第一個(gè)重要步驟是測(cè)定PCR產(chǎn)物及驗(yàn)證相應(yīng)的引物和探針。實(shí)時(shí)RT-qPCR引物和探針最有效的設(shè)計(jì)是使用引物設(shè)計(jì)軟件,大多數(shù)軟件都可以調(diào)整設(shè)置參數(shù)的最佳屬性,以檢索到符合要求的引物探針序列。這些設(shè)置參數(shù)考慮熔化溫度Tm、互補(bǔ)性、二級(jí)結(jié)構(gòu)以及擴(kuò)增子大小和其他重要因素。同時(shí)建議跨內(nèi)含子設(shè)計(jì)引物,避免來(lái)自gDNA的干擾,直接得到cDNA片段。對(duì)于基因特異性引物的設(shè)計(jì),應(yīng)滿足以下標(biāo)準(zhǔn):
擴(kuò)增子大小: 75-200 bp
引物長(zhǎng)度: 18-30 bp
GC 含量: 40-60%
解鏈溫度: 55-60℃
3' 端: 1-2 G or C,以具有良好的穩(wěn)定性
不超過(guò)3個(gè)G or C (可能不匹配)
沒(méi)有二級(jí)結(jié)構(gòu),重復(fù)序列或回文結(jié)構(gòu)
濃度: 150-200 nM
樣品的制備和提取/純化
模板的質(zhì)量直接影響到檢測(cè)性能,在qPCR結(jié)果的故障排除過(guò)程中也需要考慮。首先,組織取樣和保存是實(shí)驗(yàn)可變性的第一個(gè)潛在來(lái)源。對(duì)于基因的定量,必須使用高質(zhì)量的RNA,這意味著需要非常仔細(xì)地檢查RNA的濃度和質(zhì)量。
降解或不純的RNA會(huì)限制逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)的效率,降低產(chǎn)量;部分降解的RNA可能不能給出準(zhǔn)確的基因表達(dá)結(jié)果。核酸應(yīng)從新鮮或立即冷凍的組織中提取和純化;同時(shí)建議使用生物學(xué)重復(fù)(至少3個(gè))。RNA或DNA的分離是PCR實(shí)驗(yàn)前的關(guān)鍵步驟。這是必要的,以便提取對(duì)所有樣本都是有效的,并得到純化的核酸(DNA,RNA)??刹捎酶叻直媛虱傊悄z檢測(cè)核酸質(zhì)量和分光光度法(A260/A280=1.8和A260/A230=2.0)檢測(cè)核酸純度。
另外也要注意,用于PCR制備的工作空間所有臺(tái)面及物品都應(yīng)進(jìn)行常規(guī)去污,以防止交叉污染。
逆轉(zhuǎn)錄和實(shí)時(shí)熒光定量PCR
RT-qPCR是一種分析DNA或RNA的高靈敏性工具。當(dāng)PCR擴(kuò)增靶標(biāo)時(shí),錯(cuò)誤同時(shí)被放大??梢酝ㄟ^(guò)標(biāo)準(zhǔn)化和盡量減少移液步驟來(lái)減少PCR反應(yīng)中的技術(shù)錯(cuò)誤;在無(wú)灰塵的干凈環(huán)境中建立反應(yīng);通過(guò)對(duì)無(wú)模板(水)對(duì)照進(jìn)行PCR反應(yīng),常規(guī)檢查引物和試劑庫(kù)存的DNA污染等。
在進(jìn)行qPCR時(shí)可能會(huì)出現(xiàn)以下故障:沒(méi)有擴(kuò)增、qPCR效率多大或過(guò)小、Cq值過(guò)大、重復(fù)性差、擴(kuò)增曲線異常、非特異性擴(kuò)增等等。
運(yùn)行后的數(shù)據(jù)分析-基線和閾值的設(shè)置
基線校正是去除背景熒光的必要條件。可能的原因是qPCR設(shè)備的檢測(cè)器噪音,或是不同的樣品量或染料(探針或插入染料)的殘留熒光。所有樣本的基線起點(diǎn)一般從0~3個(gè)循環(huán)開(kāi)始進(jìn)行量化,基線終點(diǎn)是在各個(gè)擴(kuò)增曲線起峰位置前的1~2個(gè)循環(huán)。為了使實(shí)時(shí)RT-qPCR數(shù)據(jù)有意義,應(yīng)在擴(kuò)增曲線的指數(shù)擴(kuò)增階段設(shè)置閾值,閾值自動(dòng)設(shè)置一般是基線期熒光信號(hào)標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。
Cielo?實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng)
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