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如何使用psipred蛋白質(zhì)序列分析工作臺(tái)

秋天的風(fēng)190 2017-06-06 04:35:34 538  瀏覽
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參與評(píng)論

全部評(píng)論(1條)

  • 刑淑英 2017-06-07 00:00:00
    蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究方法進(jìn)展 X-射線晶體學(xué)技術(shù) 核磁共振衍射技術(shù) 電子顯微技術(shù) 質(zhì)譜法 熒光共振能量轉(zhuǎn)移技術(shù)(FRET) 同源建模預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 酵母雙雜交,三雜交 CO-IP 雙向電泳 目前已經(jīng)有許多蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)通過因特網(wǎng)對(duì)公眾開放。由于結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)技術(shù)本身的局限性,每種預(yù)測(cè)服務(wù)都各有得失。 三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)(同源建模): ? 瑞士生物信息研究所 SWISS-MODEL ? 丹麥技術(shù)大學(xué)生物序列分析ZX CPHmodels ? 比利時(shí)拿摩大學(xué) ESyPred3D ? 英國(guó)癌癥研究ZX 3DJigsaw 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)(折疊識(shí)別): ? 美國(guó)哥倫比亞大學(xué) PredictProtein ? 英國(guó)瓦衛(wèi)克大學(xué) PSIpred ? 印度昌迪加爾的微生物技術(shù)研究所 APSSP ? 歐洲生物信息研究所(EBI)Jpred ? 美國(guó)加利福尼亞大學(xué) SSpro α-螺旋傾向性預(yù)測(cè)(從無到有): ? 歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室(EMBL) AGADIR 參考文獻(xiàn): [1] Masatsune Kainosho1, Takuya Torizawa1, Yuki Iwashita1, Tsutomu Terauchi1, Akira Mei Ono1 and Peter Güntert2 Optimal isotope labelling for NMR protein structure determinations Nature 440, 52-57 (2 March 2006) | doi:10.1038/nature04525 [2] Liu D, Lepore BW, Petsko GA, Thomas PW, Stone EM, Fast W, Ringe D. Three-dimensional structure of the quorum-quenching N-acyl homoserine lactone hydrolase from Bacillus thuringiensis.Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 Aug 16; 102(33):11882-7 [3]劉買利 張?jiān)S葉朝輝 提高生物大分子NMR分辨率和靈敏度的有效方法:TROSY和CRINEPT 波譜學(xué)雜志2004.9 371-381 [4]李慧林,施丹,任罡,等. 生物大分子的電子顯微學(xué)[M ]. 見:葉恒強(qiáng),王元明編. 電子顯微學(xué)進(jìn)展. 北京:科學(xué), 2003. [5]王大能,陳勇,隋森芳. 電子顯微學(xué)在結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究中的新進(jìn)展. 電子顯微學(xué)報(bào), 2003, 10. [6]Robinson A New Avenue for Mass Spectrometry 2006 February Vol .3 No 2 Nature publishing [7]Schleifenbaum, A.; Stier, G.; Gasch, A.; et al. J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 11786. [8]tockholm, D.; Bartoli, M.; Sillon, G.; et al. J. Mol. Biol., 2005, 346, 215.

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EGFP蛋白全稱、大小、序列分析

一、EGFP蛋白全稱

 

EGFP,全稱為增強(qiáng)型綠色熒光蛋白(Enhanced Green Fluorescent Protein),是一種在生物科學(xué)研究中廣泛應(yīng)用的熒光報(bào)告蛋白。它是由普通綠色熒光蛋白(GFP)進(jìn)行突變和優(yōu)化得到的,相較于原始的GFP,EGFP具有更高的熒光亮度和更穩(wěn)定的性質(zhì)。

 

二、EGFP蛋白大小

 

EGFP蛋白的大小為238個(gè)氨基酸,分子量約為27kDa。這個(gè)分子量相對(duì)較小,使其在融合蛋白、抗體標(biāo)記等生物分子標(biāo)記領(lǐng)域中具有廣泛的應(yīng)用價(jià)值。同時(shí),EGFP的相對(duì)分子量較小也意味著它對(duì)其他蛋白質(zhì)的負(fù)擔(dān)較小,這有助于保持標(biāo)記蛋白質(zhì)的天然狀態(tài)和功能。

 

三、EGFP蛋白序列

 

以下是EGFP蛋白的氨基酸序列:

 

MVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMVHHIQGGGPGMPMPGEEMMMAAN稚TSGSHMEEEEDVMKDVEEETPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDPIPELMLLDMAAQDP

 

通過分析EGFP的氨基酸序列,我們可以發(fā)現(xiàn)其中包含一些重要的結(jié)構(gòu)域和功能位點(diǎn)。例如,在EGFP的氨基端,有一個(gè)由數(shù)個(gè)甘氨酸和絲氨酸組成的“環(huán)狀結(jié)構(gòu)”,這個(gè)結(jié)構(gòu)對(duì)于熒光發(fā)射起著關(guān)鍵作用。在羧基端,我們還可以看到一個(gè)“多肽區(qū)”,這個(gè)區(qū)域?qū)τ跓晒饬炼群头€(wěn)定性也有重要影響。此外,在EGFP的氨基酸序列中還包含多個(gè)突變位點(diǎn),這些位點(diǎn)使得EGFP相較于原始的GFP具有更高的熒光亮度和更穩(wěn)定的性質(zhì)。

 

四、總結(jié)

 

EGFP是一種重要的熒光報(bào)告蛋白,通過對(duì)其全稱、大小和序列的深入了解,我們可以更好地理解其性質(zhì)和應(yīng)用。在實(shí)際的生物科學(xué)研究中,EGFP已被廣泛應(yīng)用于細(xì)胞生物學(xué)、分子生物學(xué)、生物醫(yī)學(xué)等多個(gè)領(lǐng)域,為科研工作者提供了強(qiáng)有力的工具,有助于推動(dòng)生命科學(xué)研究的進(jìn)步。

 

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蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析
某一蛋白純品經(jīng)梯度凝膠電泳和HPLC和Sephadex200分子篩層析,與標(biāo)準(zhǔn)分子量蛋白質(zhì)相對(duì)照,計(jì)算其相對(duì)分子質(zhì)量為240000.在還原和非還原條件下進(jìn)行SDS-PAGE均顯示單一蛋白著色帶,與標(biāo)準(zhǔn)蛋白對(duì)照,計(jì)算其相對(duì)分子質(zhì)量為60000,根據(jù)以上結(jié)果分析器蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)有何特... 某一蛋白純品經(jīng)梯度凝膠電泳和HPLC和Sephadex200分子篩層析,與標(biāo)準(zhǔn)分子量蛋白質(zhì)相對(duì)照,計(jì)算其相對(duì)分子質(zhì)量為240000.在還原和非還原條件下進(jìn)行SDS-PAGE均顯示單一蛋白著色帶,與標(biāo)準(zhǔn)蛋白對(duì)照,計(jì)算其相對(duì)分子質(zhì)量為60000,根據(jù)以上結(jié)果分析器蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)有何特點(diǎn)? 展開
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潔凈工作臺(tái)是什么 潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)是多少

潔凈工作臺(tái)工作原理為:通過風(fēng)機(jī)將空氣吸入預(yù)過濾器,經(jīng)由靜壓箱進(jìn)入GX過濾器過濾,將過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態(tài)送出,使操作區(qū)域達(dá)到百級(jí)潔凈度,保證生產(chǎn)對(duì)環(huán)境潔凈度的要求。潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)是用來檢測(cè)潔凈工作臺(tái)是否干凈的標(biāo)準(zhǔn)。那么潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)是多少呢?

潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)1

      潔凈工作臺(tái)的風(fēng)是由內(nèi)向外吹的,在進(jìn)風(fēng)口有一個(gè)過濾網(wǎng)(要隔段時(shí)間清洗),因此吹進(jìn)來的風(fēng)是被過濾過的。這是凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)的外部標(biāo)準(zhǔn),所以潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)的diyi要素就是檢查過濾網(wǎng)是否干凈。

潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)2   

     潔凈工作臺(tái)一般都裝有紫外燈,紫外燈具有殺菌作用。每次使用前一般先用紫外燈開20分以上,以達(dá)到殺菌效果。這是凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)的外部標(biāo)準(zhǔn),所以潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)的第二要素就是檢查紫外燈是否損壞。

潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)3     

      大家都知道酒精有消毒的作用,我們?nèi)粘I钪幸玫骄凭敲礉崈艄ぷ髋_(tái)更加要用到酒精了。一般在使用前,都要用75%酒精消毒,進(jìn)一步清除細(xì)菌。這是潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)三。所以潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)的第三要素就是檢查是否用酒精擦拭潔凈工作臺(tái)。

潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)4  

      酒精是易燃物,由于酒精有消毒作用,燃燒出來的火焰也是無菌的,一般在使用時(shí)同時(shí)點(diǎn)上酒精燈,在火焰附近5厘米內(nèi),火焰上方10厘米內(nèi)處于無菌狀態(tài)。這是由于火焰附近的氣流由火焰向外流。所以潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)的第四要素就是檢查有沒有點(diǎn)燃酒精燈。

潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)5

      檢測(cè)潔凈工作臺(tái)的清潔度首先,塵埃粒子計(jì)算器檢查塵埃粒子,使用浮游菌測(cè)定儀測(cè)定浮游菌。第二,采樣做培養(yǎng),檢查沉降菌。可以參照國(guó)際檢測(cè)潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)JG/T 19-1999層流潔凈工作臺(tái)標(biāo)準(zhǔn)和SJ2131-82潔凈工作臺(tái)通用技術(shù)條件標(biāo)準(zhǔn)。

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