經(jīng)典磁珠一文解讀:AMPure XP純化實用技巧
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基于SPRI技術(shù)的AMPure XP,采用超順磁磁珠幫助純化核酸片段,被廣泛應(yīng)用到NGS行業(yè),PCR體系、酶切、連接反應(yīng)體系的純化。作為行業(yè)的“金標準“試劑盒,AMPure XP有哪些高頻Q&A問題呢?
AMPure XP怎么純化長片段?
怎么提高我的樣本得率?
產(chǎn)物純度有什么優(yōu)化的方向嗎?
我可以選擇純化250 bp的那一條條帶嗎?
小貝總結(jié)了10條AMPure XP Q&A問題實用技巧:
1、乙醇比例
乙醇溶液必須至少70%。當將100%乙醇稀釋至70%時,請確保在配置溶液合并之前分別測量水和乙醇的體積。用水補齊乙醇的稀釋方式會導致濃度低于預(yù)期。請確保存儲的乙醇在不使用時保持瓶蓋擰緊。
2、充分的混合
在最 初磁珠與樣品結(jié)合和洗脫混合期間,徹底的混合至關(guān)重要??捎寐缘陀诳偪左w積的吸頭進行混合。洗脫時,需要注意最 小洗脫體積(96孔規(guī)格為40 μL,384孔規(guī)格為15 μL),以確保磁珠充分重懸。還應(yīng)保持足夠的孵育時間,以確保核酸有足夠的時間與磁珠結(jié)合或解離。由于樣品的粘度,結(jié)合過程中的渦旋可能效率不高。
3、大反應(yīng)體系
大體積反應(yīng)可以采用更長的樣品&磁珠結(jié)合和磁分離時間??蓪inding結(jié)合時間增加到10分鐘,并確保在棄上清液之前所有的磁珠均被充分磁分離。
4、避免實驗中磁珠損失
如果在棄清液的過程中磁珠被吸入槍頭,結(jié)合在這些磁珠上的核酸則會在這個步驟損失掉。首輪移除上清時,緩慢輕柔地操作,盡可能多地移除清液,同時確保不會干擾磁珠在磁環(huán)/磁力架上的吸附。如果意外吸出磁珠,請將所有磁珠重新打回孔中,讓磁珠重新磁吸。隨后,再度移除上清,嘗試緩慢吸液或使用更細的槍頭。小體積樣品更容易受到磁珠損耗的影響,因為磁珠可能達不到孔中磁鐵的水平位置。
5、大片段樣品的磁珠干燥
10 kb以上的片段與磁珠結(jié)合非常緊密,如果樣品變干則難以洗脫。盡可能完全地棄掉最 后一次乙醇清洗液,立即加入洗脫緩沖液并充分混合。保持蓋子打開狀態(tài),乙醇在洗脫孵育期間將繼續(xù)從孔中蒸發(fā)。
6、低洗脫體積
洗脫體積小會導致回收率降低。這是因為會有少量洗脫緩沖液始終包覆在磁珠上。該體積取決于孔的形狀和孔中的磁珠量,因此較小的洗脫體積將導致相對較高比例的洗脫液殘留。
7、當你用紫外吸收法檢測回收率
不只是PCR雙鏈產(chǎn)物,體系中過量的引物和核苷酸同樣產(chǎn)生吸收。因此測量未純化的PCR反應(yīng),可能獲得高于實際PCR產(chǎn)物濃度的吸光度值。對比純化前后的吸收值,則會導致回收率看起來比實際低。小貝建議:在瓊脂糖凝膠上運行等量的未純化PCR反應(yīng)產(chǎn)物與純化后的PCR反應(yīng)產(chǎn)物(例如1/4的未純化PCR產(chǎn)物和1/4的洗脫液)以便檢查回收情況,或使用基于特異性熒光染料的測定,例如PicoGreen。
8、引物的殘留
AMPure XP試劑與PCR反應(yīng)混合后的試劑最 終濃度決定了PCR產(chǎn)物與磁珠結(jié)合的片段大小。AMPure XP主要結(jié)合> 100 bp的PCR產(chǎn)物,并丟棄小于50個堿基的引物。較大的引物和引物二聚體可以與磁珠結(jié)合。請確保您的PCR產(chǎn)物在循環(huán)過程中沒有蒸發(fā)導致體積變小,并添加正確體積的試劑(見下表)。確保用乙醇沖洗在混合和結(jié)合過程中樣品有接觸到孔內(nèi)壁的任何地方。如果在純化體系中存在過量的引物,減少該PCR反應(yīng)的引物量也可以是一個優(yōu)化的方向。
9、下游酶反應(yīng)效果不佳
如果您的下游酶反應(yīng)對痕量乙醇極其敏感,請?zhí)砑觾煞昼姷谋J馗稍锊襟E。請注意,大片段會與磁珠緊密結(jié)合,在磁珠完全干燥后可能難以洗脫。
10、如何選擇性保留200-500 bp核酸片段
AMPure XP是用于PCR產(chǎn)物純化的試劑盒。對于片段篩選的應(yīng)用,請考慮使用 SPRIselect試劑盒。
有關(guān) SPRIselect 片篩的更多信息,請訪問經(jīng)典磁珠一文解讀:NGS片段篩選比例計算
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- 經(jīng)典磁珠一文解讀:AMPure XP純化實用技巧
基于SPRI技術(shù)的AMPure XP,采用超順磁磁珠幫助純化核酸片段,被廣泛應(yīng)用到NGS行業(yè),PCR體系、酶切、連接反應(yīng)體系的純化。作為行業(yè)的“金標準“試劑盒,AMPure XP有哪些高頻Q&A問題呢?
AMPure XP怎么純化長片段?
怎么提高我的樣本得率?
產(chǎn)物純度有什么優(yōu)化的方向嗎?
我可以選擇純化250 bp的那一條條帶嗎?
小貝總結(jié)了10條AMPure XP Q&A問題實用技巧:
1、乙醇比例
乙醇溶液必須至少70%。當將100%乙醇稀釋至70%時,請確保在配置溶液合并之前分別測量水和乙醇的體積。用水補齊乙醇的稀釋方式會導致濃度低于預(yù)期。請確保存儲的乙醇在不使用時保持瓶蓋擰緊。
2、充分的混合
在最 初磁珠與樣品結(jié)合和洗脫混合期間,徹底的混合至關(guān)重要。可用略低于總孔體積的吸頭進行混合。洗脫時,需要注意最 小洗脫體積(96孔規(guī)格為40 μL,384孔規(guī)格為15 μL),以確保磁珠充分重懸。還應(yīng)保持足夠的孵育時間,以確保核酸有足夠的時間與磁珠結(jié)合或解離。由于樣品的粘度,結(jié)合過程中的渦旋可能效率不高。
3、大反應(yīng)體系
大體積反應(yīng)可以采用更長的樣品&磁珠結(jié)合和磁分離時間??蓪inding結(jié)合時間增加到10分鐘,并確保在棄上清液之前所有的磁珠均被充分磁分離。
4、避免實驗中磁珠損失
如果在棄清液的過程中磁珠被吸入槍頭,結(jié)合在這些磁珠上的核酸則會在這個步驟損失掉。首輪移除上清時,緩慢輕柔地操作,盡可能多地移除清液,同時確保不會干擾磁珠在磁環(huán)/磁力架上的吸附。如果意外吸出磁珠,請將所有磁珠重新打回孔中,讓磁珠重新磁吸。隨后,再度移除上清,嘗試緩慢吸液或使用更細的槍頭。小體積樣品更容易受到磁珠損耗的影響,因為磁珠可能達不到孔中磁鐵的水平位置。
5、大片段樣品的磁珠干燥
10 kb以上的片段與磁珠結(jié)合非常緊密,如果樣品變干則難以洗脫。盡可能完全地棄掉最 后一次乙醇清洗液,立即加入洗脫緩沖液并充分混合。保持蓋子打開狀態(tài),乙醇在洗脫孵育期間將繼續(xù)從孔中蒸發(fā)。
6、低洗脫體積
洗脫體積小會導致回收率降低。這是因為會有少量洗脫緩沖液始終包覆在磁珠上。該體積取決于孔的形狀和孔中的磁珠量,因此較小的洗脫體積將導致相對較高比例的洗脫液殘留。
7、當你用紫外吸收法檢測回收率
不只是PCR雙鏈產(chǎn)物,體系中過量的引物和核苷酸同樣產(chǎn)生吸收。因此測量未純化的PCR反應(yīng),可能獲得高于實際PCR產(chǎn)物濃度的吸光度值。對比純化前后的吸收值,則會導致回收率看起來比實際低。小貝建議:在瓊脂糖凝膠上運行等量的未純化PCR反應(yīng)產(chǎn)物與純化后的PCR反應(yīng)產(chǎn)物(例如1/4的未純化PCR產(chǎn)物和1/4的洗脫液)以便檢查回收情況,或使用基于特異性熒光染料的測定,例如PicoGreen。
8、引物的殘留
AMPure XP試劑與PCR反應(yīng)混合后的試劑最 終濃度決定了PCR產(chǎn)物與磁珠結(jié)合的片段大小。AMPure XP主要結(jié)合> 100 bp的PCR產(chǎn)物,并丟棄小于50個堿基的引物。較大的引物和引物二聚體可以與磁珠結(jié)合。請確保您的PCR產(chǎn)物在循環(huán)過程中沒有蒸發(fā)導致體積變小,并添加正確體積的試劑(見下表)。確保用乙醇沖洗在混合和結(jié)合過程中樣品有接觸到孔內(nèi)壁的任何地方。如果在純化體系中存在過量的引物,減少該PCR反應(yīng)的引物量也可以是一個優(yōu)化的方向。
9、下游酶反應(yīng)效果不佳
如果您的下游酶反應(yīng)對痕量乙醇極其敏感,請?zhí)砑觾煞昼姷谋J馗稍锊襟E。請注意,大片段會與磁珠緊密結(jié)合,在磁珠完全干燥后可能難以洗脫。
10、如何選擇性保留200-500 bp核酸片段
AMPure XP是用于PCR產(chǎn)物純化的試劑盒。對于片段篩選的應(yīng)用,請考慮使用 SPRIselect試劑盒。
有關(guān) SPRIselect 片篩的更多信息,請訪問經(jīng)典磁珠一文解讀:NGS片段篩選比例計算
- 磁珠化學發(fā)光 磁珠影響發(fā)光嗎
- 一文解讀什么是陽光模擬系統(tǒng)?
陽光輻射在我們的生活中扮演著很重要的角色。
陽光的光譜范圍為 100 nm — 4,000 nm。其中包括有 UVC、UVB、UVA、可見光和紅外光波。
這種照射,特別是短波照射對絕大多數(shù)的現(xiàn)代材料都會產(chǎn)生影響。這就意味著在批準材料上市前必須將材料暴露在陽光輻射下做材料測試。這一操作需要在名為露天風化設(shè)備或集成有陽光模擬的特殊環(huán)境試驗艙內(nèi)進行。幾乎所有的環(huán)境條件(冷、熱、雨、海拔高度和陽光照射)都能在這些室內(nèi)進行模擬。
陽光模擬系統(tǒng)可以應(yīng)用的范圍也很多,如:汽車元件老化、汽車面板陽光輻射測試、基本環(huán)境測試、軍事領(lǐng)域環(huán)境測試、甲醛/VOC揮發(fā)性氣體檢測、除霜除霧試驗、太陽能電池的陽光模擬、引擎 / 發(fā)動機冷卻等等。
Honle的陽光模擬系統(tǒng)根據(jù) CIE 20 – 80 標準定義的自然光光譜范圍 270 – 3000 nm 來模擬自然光照。還設(shè)立了幾個類似的標準,例如 DIN 75220(汽車元件老化)、MIL-STD 810(軍事領(lǐng)域環(huán)境測試)、 IEC 68(基本環(huán)境測試程序)、SC03-Test(EPA 機動車輛排放測試)等等。而且符合所有標準并可滿足客戶的不同要求,因此具有極大的便利性。
Dr. H?nle AG 是領(lǐng)先的工業(yè) UV 技術(shù)供應(yīng)商。能夠根據(jù)客戶需求為客戶定制符合特殊要求的產(chǎn)品。
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//什么是氣管插管?為什么要進行氣管插管?
氣管插管(以下簡稱插管)是指將一特制的氣管內(nèi)導管經(jīng)聲門置入氣管,進而打開病患呼吸道,為氣道通暢、通氣供氧、呼吸道吸引和防止誤吸等提供ZJ條件。插管是實施危重病患搶救過程中的一項重要技術(shù),也是實施吸入麻醉的基礎(chǔ)操作。
氣管插管的主要作用:
◆ 保持氣道通暢:防止口腔分泌物和胃內(nèi)容物被誤吸。
◆ 通氣供氧:良好的氧氣供應(yīng)和輔助通氣有助于機體的組織氧供,可以有效預(yù)防并發(fā)癥出現(xiàn),并在術(shù)中出現(xiàn)緊急情況時及時進行急救。
◆ 控制麻醉深度:相比于注射麻醉和面罩吸入麻醉,經(jīng)氣管插管可以有效地控制通氣從而控制麻醉深度;同時插管可以防止麻醉氣體向周圍環(huán)境的逸散,保護手術(shù)人員不會較多地吸入麻醉藥。減少麻醉氣體的浪費,更經(jīng)濟。
//最常用的犬貓氣管導管-Murphy型
①接頭-連接麻醉機供氣系統(tǒng);②導管;③套囊-密閉氣道、避免誤吸、固定導管、保護氣管(保持導管位于氣道ZY,避免JD損傷氣道);④測試球囊-給套囊充氣,可判斷充氣是否合適;⑤充氣連接管;⑥Murphy孔-可以防止導管JD意外貼于氣管壁時發(fā)生通氣堵塞;⑦JD。導管外壁標識,ID為導管內(nèi)徑(mm);OD示值為導管外徑(mm);刻度(cm)10、12、14、16、18…表示導管JD到刻度的距離,提示導管插入深度。
//如何選擇合適的氣管插管?◆ 根據(jù)動物的體重選擇對應(yīng)規(guī)格的氣管導管:
▲Tip:體重非常小的動物,管徑選擇1.5, 2.0, 2.5mmID;特定品種不適用,短頭品種一般氣管較細,需要的型號較?。婚L吻犬的氣管較粗,需要的型號大。所以臨床應(yīng)用還要結(jié)合體型、品種等因素綜合評估。
◆ 對比動物的鼻中隔:將氣管導管JD抵于動物鼻中隔處,選擇外徑和鼻中隔寬度相當氣管導管,同時另取前后兩個ID(一大一?。┑臍夤軐Ч軅溆谩?/p>
▲Tip:獸醫(yī)還是要在具體操作的過程中根據(jù)實際情況做調(diào)整。
//氣管插管前需要做哪些準備?◆ 潤滑劑或局麻劑:利多卡因凝膠
◆ 3種型號的氣管插管
◆ 紗布若干
◆ 無針頭注射器&套囊壓力計
◆ 喉鏡,確認光源沒問題
//如何進行氣管插管?
劃ZD:氣管插管操作
◆ 選擇合適的氣管導管(見前文)
◆ 檢查氣管插管套囊有無漏氣:用注射器針管通過測試球囊向套囊注射空氣使套囊充盈,按壓套囊,套囊漏氣則廢棄,不漏氣的可準備實施氣管插管。
◆ 修剪插管為合適長度:比對犬齒到肩胛骨中前緣(第2-3肋骨處)的距離,拔掉接口,修剪插管為合適長度,重新連接接口即可。
◆ 導管壁涂利多卡因凝膠(必要時可將利多卡因氣霧劑噴于喉頭),以減少喉痙攣
◆ 保持下頜與頸成一條直線,開口,拽出舌頭
◆ 配合喉鏡,將插管經(jīng)聲門裂插入氣管
◆ 套囊適度充氣,用套囊壓力計量取壓力在20 cmH2O;如無套囊壓力計,則使用注射器充盈到合適壓力,如下圖:
◆ 確認插管正確插入:①導管插入氣管內(nèi) ②導管插入深度合適 ③氣道密閉
直視法:看到插管位于氣管內(nèi);
呼吸袋、氣道壓力表、呼吸活瓣伴隨動物呼吸或人為按壓胸廓有同步變化
透明管上可以看到呼出的霧氣;
觸診頸部只能摸到一個剛性管狀結(jié)構(gòu);
正壓通氣時可聽診肺音,可看到胸壁膨脹;
通過呼氣末CO2數(shù)值及波形圖進行判斷
◆ 固定插管,連接麻醉機
//拔氣管插管的時機
以上是氣管插管基本的介紹,get 更多常用氣管插管產(chǎn)品信息,歡迎識別下方二維碼咨詢。
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