基于SPRI技術(shù)的AMPure XP，采用超順磁磁珠幫助純化核酸片段，被廣泛應(yīng)用到NGS行業(yè)，PCR體系、酶切、連接反應(yīng)體系的純化。作為行業(yè)的“金標(biāo)準(zhǔn)“試劑盒，AMPure XP有哪些高頻Q&A問(wèn)題呢？

AMPure XP怎么純化長(zhǎng)片段？

怎么提高我的樣本得率？

產(chǎn)物純度有什么優(yōu)化的方向嗎？

我可以選擇純化250 bp的那一條條帶嗎？

小貝總結(jié)了10條AMPure XP Q&A問(wèn)題實(shí)用技巧：

1、乙醇比例

乙醇溶液必須至少70%。當(dāng)將100%乙醇稀釋至70%時(shí)，請(qǐng)確保在配置溶液合并之前分別測(cè)量水和乙醇的體積。用水補(bǔ)齊乙醇的稀釋方式會(huì)導(dǎo)致濃度低于預(yù)期。請(qǐng)確保存儲(chǔ)的乙醇在不使用時(shí)保持瓶蓋擰緊。

2、充分的混合

在最 初磁珠與樣品結(jié)合和洗脫混合期間，徹底的混合至關(guān)重要?？捎寐缘陀诳偪左w積的吸頭進(jìn)行混合。洗脫時(shí)，需要注意最 小洗脫體積（96孔規(guī)格為40 μL，384孔規(guī)格為15 μL），以確保磁珠充分重懸。還應(yīng)保持足夠的孵育時(shí)間，以確保核酸有足夠的時(shí)間與磁珠結(jié)合或解離。由于樣品的粘度，結(jié)合過(guò)程中的渦旋可能效率不高。

3、大反應(yīng)體系

大體積反應(yīng)可以采用更長(zhǎng)的樣品&磁珠結(jié)合和磁分離時(shí)間?？蓪inding結(jié)合時(shí)間增加到10分鐘，并確保在棄上清液之前所有的磁珠均被充分磁分離。

4、避免實(shí)驗(yàn)中磁珠損失

如果在棄清液的過(guò)程中磁珠被吸入槍頭，結(jié)合在這些磁珠上的核酸則會(huì)在這個(gè)步驟損失掉。首輪移除上清時(shí)，緩慢輕柔地操作，盡可能多地移除清液，同時(shí)確保不會(huì)干擾磁珠在磁環(huán)/磁力架上的吸附。如果意外吸出磁珠，請(qǐng)將所有磁珠重新打回孔中，讓磁珠重新磁吸。隨后，再度移除上清，嘗試緩慢吸液或使用更細(xì)的槍頭。小體積樣品更容易受到磁珠損耗的影響，因?yàn)榇胖榭赡苓_(dá)不到孔中磁鐵的水平位置。

5、大片段樣品的磁珠干燥

10 kb以上的片段與磁珠結(jié)合非常緊密，如果樣品變干則難以洗脫。盡可能完全地棄掉最 后一次乙醇清洗液，立即加入洗脫緩沖液并充分混合。保持蓋子打開狀態(tài)，乙醇在洗脫孵育期間將繼續(xù)從孔中蒸發(fā)。

6、低洗脫體積

洗脫體積小會(huì)導(dǎo)致回收率降低。這是因?yàn)闀?huì)有少量洗脫緩沖液始終包覆在磁珠上。該體積取決于孔的形狀和孔中的磁珠量，因此較小的洗脫體積將導(dǎo)致相對(duì)較高比例的洗脫液殘留。

7、當(dāng)你用紫外吸收法檢測(cè)回收率

不只是PCR雙鏈產(chǎn)物，體系中過(guò)量的引物和核苷酸同樣產(chǎn)生吸收。因此測(cè)量未純化的PCR反應(yīng)，可能獲得高于實(shí)際PCR產(chǎn)物濃度的吸光度值。對(duì)比純化前后的吸收值，則會(huì)導(dǎo)致回收率看起來(lái)比實(shí)際低。小貝建議：在瓊脂糖凝膠上運(yùn)行等量的未純化PCR反應(yīng)產(chǎn)物與純化后的PCR反應(yīng)產(chǎn)物（例如1/4的未純化PCR產(chǎn)物和1/4的洗脫液）以便檢查回收情況，或使用基于特異性熒光染料的測(cè)定，例如PicoGreen。

8、引物的殘留

AMPure XP試劑與PCR反應(yīng)混合后的試劑最 終濃度決定了PCR產(chǎn)物與磁珠結(jié)合的片段大小。AMPure XP主要結(jié)合> 100 bp的PCR產(chǎn)物，并丟棄小于50個(gè)堿基的引物。較大的引物和引物二聚體可以與磁珠結(jié)合。請(qǐng)確保您的PCR產(chǎn)物在循環(huán)過(guò)程中沒(méi)有蒸發(fā)導(dǎo)致體積變小，并添加正確體積的試劑（見下表）。確保用乙醇沖洗在混合和結(jié)合過(guò)程中樣品有接觸到孔內(nèi)壁的任何地方。如果在純化體系中存在過(guò)量的引物，減少該P(yáng)CR反應(yīng)的引物量也可以是一個(gè)優(yōu)化的方向。

9、下游酶反應(yīng)效果不佳

如果您的下游酶反應(yīng)對(duì)痕量乙醇極其敏感，請(qǐng)?zhí)砑觾煞昼姷谋Ｊ馗稍锊襟E。請(qǐng)注意，大片段會(huì)與磁珠緊密結(jié)合，在磁珠完全干燥后可能難以洗脫。

10、如何選擇性保留200-500 bp核酸片段

AMPure XP是用于PCR產(chǎn)物純化的試劑盒。對(duì)于片段篩選的應(yīng)用，請(qǐng)考慮使用 SPRIselect試劑盒。

有關(guān) SPRIselect 片篩的更多信息，請(qǐng)?jiān)L問(wèn)經(jīng)典磁珠一文解讀:NGS片段篩選比例計(jì)算

磁圓二色光譜儀測(cè)試：精確分析材料光學(xué)性質(zhì)的關(guān)鍵工具

磁圓二色光譜儀（Magnetic Circular Dichroism Spectrometer，簡(jiǎn)稱MCD）是一種用于研究材料光學(xué)性質(zhì)的精密儀器，特別是在分子光學(xué)和磁性材料的研究中具有重要作用。通過(guò)磁圓二色效應(yīng)，該儀器能夠測(cè)量在外加磁場(chǎng)作用下物質(zhì)的吸光度差異，從而提供有關(guān)分子結(jié)構(gòu)、電子態(tài)和磁性信息的數(shù)據(jù)。本篇文章將詳細(xì)探討磁圓二色光譜儀的測(cè)試原理、應(yīng)用領(lǐng)域及其在現(xiàn)代科學(xué)研究中的重要性。

磁圓二色效應(yīng)原理

磁圓二色效應(yīng)（MCD）是指當(dāng)光通過(guò)帶有磁性的材料時(shí)，不同的光圓偏振狀態(tài)（右旋和左旋圓偏振光）會(huì)以不同的吸收率被材料吸收。該現(xiàn)象的本質(zhì)是由材料中的電子態(tài)和外加磁場(chǎng)相互作用產(chǎn)生的。磁圓二色光譜儀通過(guò)測(cè)量右旋和左旋圓偏振光的吸光度差異，能夠獲取材料在特定波長(zhǎng)下的磁光特性信息。

該效應(yīng)的強(qiáng)度與材料的磁性、電子結(jié)構(gòu)以及分子對(duì)稱性等因素密切相關(guān)，因此，MCD測(cè)試可以為研究人員提供分子內(nèi)部電子結(jié)構(gòu)的詳細(xì)信息。MCD光譜還能夠揭示磁性材料在外加磁場(chǎng)作用下的行為，對(duì)開發(fā)新型磁性材料具有重要意義。

磁圓二色光譜儀的應(yīng)用領(lǐng)域

磁圓二色光譜儀廣泛應(yīng)用于物理學(xué)、化學(xué)、材料科學(xué)等領(lǐng)域，尤其在磁性材料和生物分子的研究中有著舉足輕重的地位。在磁性材料領(lǐng)域，MCD測(cè)試可以用來(lái)分析材料的磁光特性，幫助研究人員了解材料的磁性、電子態(tài)以及與外界環(huán)境的相互作用。例如，在半導(dǎo)體材料、鐵磁性材料以及高溫超導(dǎo)材料的研究中，MCD光譜提供了對(duì)這些材料磁性機(jī)制和電子結(jié)構(gòu)的深入了解。

在生物化學(xué)領(lǐng)域，磁圓二色光譜儀也用于研究蛋白質(zhì)、核酸等生物分子的結(jié)構(gòu)與功能。通過(guò)MCD測(cè)試，研究人員可以獲得分子中不同部分的磁光響應(yīng)信息，進(jìn)而推測(cè)分子的立體結(jié)構(gòu)和動(dòng)力學(xué)行為。這種技術(shù)對(duì)于藥物設(shè)計(jì)、酶反應(yīng)機(jī)理的研究以及生物分子相互作用的探討具有重要意義。

磁圓二色光譜儀的測(cè)試方法

磁圓二色光譜儀的測(cè)試方法通常包括以下幾個(gè)步驟：將待測(cè)試樣品放置在光譜儀的樣品池中，并確保樣品能夠承受外加磁場(chǎng)的影響；然后，儀器通過(guò)發(fā)射圓偏振光照射樣品，測(cè)量不同圓偏振光的吸收差異；通過(guò)對(duì)吸光度數(shù)據(jù)的處理和分析，得到材料在不同波長(zhǎng)下的磁光特性曲線。這些曲線包含了樣品在不同磁場(chǎng)強(qiáng)度下的響應(yīng)，為后續(xù)的結(jié)構(gòu)分析提供了豐富的信息。

磁圓二色光譜儀的優(yōu)勢(shì)與挑戰(zhàn)

磁圓二色光譜儀與傳統(tǒng)的光譜儀相比，具有獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)。MCD能夠提供傳統(tǒng)吸光光譜無(wú)法揭示的磁性信息，這使得它成為研究磁性材料、電子材料等領(lǐng)域的重要工具。MCD測(cè)試能夠在極低濃度下進(jìn)行高靈敏度測(cè)量，這對(duì)于一些難以獲取的樣品尤其重要。磁圓二色光譜儀的測(cè)試也面臨著一定的挑戰(zhàn)，如設(shè)備價(jià)格較高、操作技術(shù)要求較高等，這些因素限制了它在一些實(shí)驗(yàn)室中的普及。

總結(jié)

磁圓二色光譜儀作為一項(xiàng)高端測(cè)試技術(shù)，其在材料科學(xué)、物理學(xué)以及生物分子研究中的應(yīng)用前景廣闊。通過(guò)MCD測(cè)試，研究人員能夠深入分析材料的磁光特性、電子結(jié)構(gòu)和分子行為，為新型材料的開發(fā)與應(yīng)用提供科學(xué)依據(jù)。隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步和應(yīng)用的不斷拓展，磁圓二色光譜儀無(wú)疑將成為未來(lái)研究中不可或缺的重要工具。