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細菌測序深度與樣品序列數(shù)有什么區(qū)別

123789456氣 2017-08-19 10:43:51 529  瀏覽
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細菌測序深度與樣品序列數(shù)有什么區(qū)別
 
2017-08-19 10:43:51 529 1
數(shù)顯深度計與深度卡尺有什么區(qū)別
 
2015-01-18 13:37:31 294 1
深度測序和普通的二代測序有什么區(qū)別?有什么應用

有兩種體細胞突變?nèi)菀妆缓鲆昩ai,一種是局限在特定組織的突變。舉例來說,如果突變只存在于大腦,而我們檢測的是血液,那就找不到這些致病突變。另一種致病性體細胞突變雖然發(fā)生在所有組織中,但是只影響一部分細胞,因此不容易被檢測到。

  普通的二代測序,全基因組或外顯子組測序是將DNA分成小片段,然后對各個片段多次讀?。ㄒ话闶侨危?。然而,如果突變只發(fā)生在15-20%的細胞中,三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們,尤其是當突變只影響一個基因拷貝時。

  Walsh和博士后Saumya Jamuar通過“定向高覆蓋度測序”技術,為158名腦部疾病的患者鑒定致病突變,這些患者的癥狀包括癲癇、智力障礙、語言障礙等。

  研究人員并沒有分析整個基因組或外顯子組(所有蛋白編碼基因),而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上,并且大大提高了測序的深度。

  在一些疾病如唐氏綜合征中,嵌合突變相較于影響全身細胞的突變,產(chǎn)生的癥狀要輕一些。但是很少量的變異細胞就足以引發(fā)損害人身心健康的癥狀,在以往的研究中,為了從普通基因組中檢測到這些突變,研究人員就不得不增加測定的序列數(shù)量。而對少數(shù)候選基因區(qū)域進行的平均300次深度測序,就可以有效辨別被誤認為測序錯誤的突變。


2020-10-23 15:49:28 615 0
測序深度
百度百科的解釋是“測序深度(Sequencing Depth):測序得到的堿基總量(bp)與基因組大?。℅enome)的比值,它是評價測序量的指標之一?!?我的問題是:所說的“測序得到的堿基總量(bp)”,是得到的Z原始的堿基總量?還是filter、去雜之后的堿基總量?
2017-11-26 05:57:47 933 1
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2018-12-07 03:28:24 434 0
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2018-11-17 00:05:04 463 0
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2017-04-21 01:00:38 429 2
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2016-03-14 10:30:21 410 1
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2015-06-09 18:13:40 774 1
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2017-08-04 23:16:33 711 1

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