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  四個(gè)人高興*管 2017-07-10 00:00:00

  微生物幾乎是無(wú)所不在的，它們對(duì)生態(tài)環(huán)境和人體健康起到了不容忽視的作用。然而人們對(duì)微生物的了解還相當(dāng)匱乏，因?yàn)樵S多微生物是無(wú)法在實(shí)驗(yàn)室中培養(yǎng)的。宏基因組學(xué)是了解這些微生物的重要途徑，但宏基因組測(cè)序并不是一件容易的事兒，就像是把許多拼圖拆散混在一起，然后在毫無(wú)參考的情況下拼接。生物通 www.ebiotrade.com Z近Nature Methods雜志發(fā)布了一個(gè)名為T(mén)ruSPADES的強(qiáng)大工具，可以大大提升研究者們測(cè)序宏基因組的能力。這種算法能將Illumina測(cè)序儀生成的300bp短讀取，合并成大約1萬(wàn)bp的基因組片段（Synthetic Long Reads）。如果說(shuō)用短讀取相當(dāng)于語(yǔ)句，那么長(zhǎng)片段就是整章文字。顯而易見(jiàn)，把整章文字還原成一本書(shū)要容易得多。 TruSPADES主要是先給100-300bp的短讀取裝上條碼，然后通過(guò)de brujin 圖把這些片段組裝起來(lái)，生成Synthetic Long Reads。這種低成本的方法可以更好的確定相連片段，獲得更長(zhǎng)更準(zhǔn)確的長(zhǎng)測(cè)序片段。生物通 www.ebiotrade.com 研究人員正在將這一方法用于各種微生物群體，從人體微生物組到海洋微生物組?！斑@是新一代的測(cè)序技術(shù)，會(huì)對(duì)宏基因組測(cè)序產(chǎn)生很大的影響，”這項(xiàng)研究的ling導(dǎo)者，加州大學(xué)的Pavel Pevzner教授指出。 人類(lèi)消化道居住的大量微生物被統(tǒng)稱(chēng)為腸道微生物組。腸道微生物組在人類(lèi)代謝食物、抵御感染和應(yīng)答藥物等過(guò)程中起到了重要的作用，許多人類(lèi)疾病都與微生物組失衡有關(guān)。我們知道腸道菌群的菌種組成是因人而異的，宏基因組測(cè)序進(jìn)一步揭示了微生物組驚人的復(fù)雜性。華盛頓大學(xué)的科學(xué)家們發(fā)現(xiàn)，在人們共有的一些細(xì)菌中還存在著廣泛的菌株差異。這是首次在腸道菌群中大規(guī)模分析菌種內(nèi)部的基因變異。（更多詳細(xì)信息參見(jiàn)：Cell：大規(guī)模宏基因組研究的驚人發(fā)現(xiàn)）生物通 www.ebiotrade.com 嬰兒的微生物組需要在成長(zhǎng)過(guò)程中慢慢成熟。華大基因和瑞典哥德堡大學(xué)的研究人員對(duì)98名一歲以?xún)?nèi)的瑞典嬰兒進(jìn)行了腸道菌群分析。我們一直以為引入固體食物是改變嬰兒腸道菌群的關(guān)鍵因素，但這項(xiàng)研究表明推動(dòng)微生物組成熟的其實(shí)是斷奶。研究人員發(fā)現(xiàn)，即使引入了固體食物，非母乳嬰兒的微生物組仍舊比母乳嬰兒更接近成人。

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