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  一只小鳥5711 2016-07-13 00:00:00

  對(duì)于多個(gè)分子生物學(xué)和基因組學(xué)應(yīng)用，從克隆和PCR到基因組測(cè)序和芯片分析，DNA純化都是必經(jīng)之路。然而，選擇Z佳的純化試劑盒卻并非易事。例如，在您純化基因組DNA時(shí)，您需要一個(gè)試劑盒，能溫和地處理核酸，同時(shí)又不分離質(zhì)粒DNA。而且，新一代測(cè)序技術(shù)對(duì)樣品的要求頗高，我們也需要一些專門的產(chǎn)品來(lái)純化DNA。在此，我們介紹一些新選擇。 鹽沉淀方法 Epicentre（Illumina旗下公司）的MasterPure™ Complete DNA Purification Kit采用一種ZL的鹽沉淀方法。這一系列試劑盒覆蓋各種樣品類型，包括血液、固定組織、植物、酵母、昆蟲等，在短短30分鐘內(nèi)可帶來(lái)高產(chǎn)量的核酸，而損失極少。 據(jù)Epicentre的ZS產(chǎn)品經(jīng)理Cristine Kinross介紹，有了這些試劑盒，用戶在測(cè)序或其他分子生物學(xué)應(yīng)用的樣品制備之前無(wú)需再進(jìn)行額外的純化。它們可去除蛋白及其他細(xì)胞碎片，而不引入那些必須去除的毒性化合物，從而避免了多次洗滌，并改善核酸產(chǎn)量。 Kinross談道：“利用MasterPure回收核酸的出色純度讓樣品可直接進(jìn)入測(cè)序文庫(kù)的制備?！碑?dāng)然，對(duì)于其他應(yīng)用，包括芯片、qPCR和克隆，它也是適合的。此外，這個(gè)試劑盒也能用于RNA的純化。在獲得總的核酸后，經(jīng)過(guò)DNase處理，就能得到總RNA。 多種試劑盒 Promega提供廣泛的核酸純化試劑盒，采用幾種不同的策略。例如，Wizard® Genomic DNA Purification Kit是基于經(jīng)典的沉淀法，可從全血、組織培養(yǎng)細(xì)胞、動(dòng)物及植物組織、酵母和細(xì)菌中提取基因組DNA，靈活GX；而ReliaPrep™ 系列試劑盒采用柱提法，簡(jiǎn)單快速。此外，Promega還提供基于磁珠純化的試劑盒。 Promega公司基因組學(xué)的產(chǎn)品經(jīng)理Eric Vincent表示：“盡管溶液的確切組分會(huì)有不同，但裂解、結(jié)合、洗滌和洗脫的基本過(guò)程適用于不同的結(jié)合方法（如硅膠或纖維素），不同的純化形式（純化柱或磁珠），以及手動(dòng)和自動(dòng)純化操作。”對(duì)于一些非常重要的樣品類型（如FFPE樣品），還需要一些專門的操作或處理。 “我們開發(fā)了獨(dú)特的結(jié)合/洗滌緩沖液，它們能有效去除YZ下游反應(yīng)的物質(zhì)，而優(yōu)化的系統(tǒng)讓研究人員能夠捕獲少量的核酸并以小體積（不到30 μl ）洗脫，我們還開發(fā)出自動(dòng)化的解決方案，適合各種試劑和通量，”Vincent說(shuō)。 這些試劑盒提供了完整的解決方案，能夠以極小的體積洗脫核酸，同時(shí)又避免YZ劑殘留在洗脫液中。經(jīng)過(guò)這些試劑盒純化后，核酸可用于PCR、Sanger測(cè)序、新一代測(cè)序、芯片等下游分析。 經(jīng)典的硅膠膜 QIAGEN的核酸純化試劑盒依賴DNA與純化柱上的硅膠膜結(jié)合。YZ劑被洗掉，而完整的DNA隨后從柱上洗脫，產(chǎn)量高，純度高，帶來(lái)更高質(zhì)量的新一代測(cè)序文庫(kù)。 Marco Polidori - QIAGEN樣本制備的產(chǎn)品經(jīng)理 - 認(rèn)為，在處理極少量的樣品或困難的樣品如FFPE時(shí)，高產(chǎn)量就變得格外關(guān)鍵。FFPE樣品所產(chǎn)生的DNA可能會(huì)出現(xiàn)“隨機(jī)胞嘧啶脫氨”事件，這會(huì)導(dǎo)致人為的單核苷酸多態(tài)性（SNP）。不過(guò)，QIAGEN的GeneRead DNA FFPE Kit能夠去除脫氨的胞嘧啶，避免在NGS實(shí)驗(yàn)中產(chǎn)生錯(cuò)誤的結(jié)果。此產(chǎn)品尚未正式推出，若有興趣SY，可填寫資料。 “我們的大部分試劑盒都已在NGS應(yīng)用中得以證明，從循環(huán)腫瘤DNA的全基因組測(cè)序到微生物組，”Polidori談道。這些試劑盒能讓用戶從各種樣品中獲得高質(zhì)量的DNA，避免FFPE樣品出現(xiàn)C-T的假象，并在很短的時(shí)間內(nèi)帶來(lái)高分子量的DNA。MagAttract HMW DNA kit就能夠利用簡(jiǎn)單的磁珠操作，實(shí)現(xiàn)100-200 kb DNA的純化。整個(gè)純化過(guò)程溫和去除污染物及YZ劑，并具有極高的產(chǎn)量和純度。 離液鹽 Sigma-Aldrich公司提供GenElute™ Mammalian Genomic DNA Purification Kit，這是基于離液鹽試劑的產(chǎn)品。在含有離液鹽的溶液中，樣品被裂解，以確保大分子的徹底變性。添加乙醇，讓DNA與硅膠膜結(jié)合。污染物被洗掉，而DNA被洗脫在Tris緩沖液中。 通過(guò)專為分離基因組DNA而選擇的硅膠膜，此試劑盒讓用戶能夠從各種樣品中純化高質(zhì)量的DNA，包括培養(yǎng)的細(xì)胞、組織（包括鼠尾）、新鮮的全血或白細(xì)胞。 據(jù)介紹，此試劑盒綜合了硅膠膜結(jié)合和微量離心形式的好處，避免了昂貴的樹脂、乙醇沉淀以及有害的有機(jī)物，如苯酚、氯仿。更重要的是，它純化所得的DNA可應(yīng)用于限制性內(nèi)切酶消化、PCR、Southern blot、測(cè)序等。 （作者：James Netterwald/生物通編譯）

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