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- 普通PCR引物 VS qPCR 引物
導(dǎo)讀
說起引物,大家都再熟悉不過了。引物,在核苷酸聚合作用的起始時,可以刺激合成另一種大分子,并與反應(yīng)物以共價鍵形式連接的序列。在核酸化學(xué)中,引物是一段短的單鏈RNA或DNA片段,可結(jié)合在核酸鏈上與之互補的區(qū)域,其功能是作為核苷酸聚合作用的起始點,核酸聚合酶可由其3′端開始合成新的核酸鏈。無論是做普通PCR還是熒光定量PCR,設(shè)計合適的引物是非常關(guān)鍵的一步。
普通PCR和熒光定量PCR的檢測方式具有較大的差別。熒光定量PCR實時監(jiān)測與DNA結(jié)合的熒光染料激發(fā)的熒光,普通PCR通過檢測插入DNA中核酸染料的量來測定PCR產(chǎn)物量。熒光定量PCR可以通過擴(kuò)增曲線進(jìn)行精確定量,普通PCR則是通過電泳的方式進(jìn)行定性分析。那么在普通PCR和熒光定量PCR的引物設(shè)計方面,有什么相同點和不同點呢?今天小編就給大家匯總一下。
相同處:
? 序列的查找是一致的。
? 序列選取應(yīng)在基因的保守區(qū)段。
? 選取合適的擴(kuò)增片段大小。
? 避免引物自身或與引物之間形成4個或4個以上連續(xù)配對。
? 避免引物自身形成環(huán)狀發(fā)卡結(jié)構(gòu)。
? Tm值在55-65℃,GC含量在40%-60%。
? 引物之間的Tm相差避免超過2℃。
? 引物的3’端避免出現(xiàn)3個或3個以上連續(xù)相同的堿基。
不同處:
熒光定量PCR 引物
? PCR產(chǎn)物長度:要求在300bp以內(nèi),一般選80-150bp之間。
? 引物特異性:對引物要求高,盡量減少引物二聚體的產(chǎn)生,熔解曲線要求單一產(chǎn)物。
? 擴(kuò)增效率:熒光定量 PCR的目的是進(jìn)行定量或者相對定量,擴(kuò)增效率應(yīng)在90%—110%之間。
? 多對目的基因同時擴(kuò)增,文獻(xiàn)上查來的引物條件會不同,需要設(shè)計盡可能條件一致的引物。
? 目的基因含量比較低時,需要設(shè)計靈敏度比較高的引物。
普通PCR 引物
? 普通PCR的擴(kuò)增長度,根據(jù)實驗的要求不同,一般是從150bp到幾千bp不等。
? 相對于熒光定量PCR,普通PCR對二級結(jié)構(gòu)要求較低。
? 對擴(kuò)增效率要求不高。
? 可以選用梯度PCR儀,選擇不同退火溫度,對引物退火溫度要求不需要一致。
Cielo?實時熒光定量PCR系統(tǒng)
Harness of the power of qPCR
? 數(shù)據(jù)可靠性:連續(xù)1000次實驗后,結(jié)果高度一致。
? 應(yīng)用靈活性:提供多種qPCR應(yīng)用分析。
? 流程智能化:中英文用戶界面,觸控操作,可多機(jī)聯(lián)用。
? 在線便捷性:主機(jī)可獨立運行qPCR程序,數(shù)據(jù)可USB、Wi-Fi等網(wǎng)絡(luò)傳輸。
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PCR/qPCR耗材選擇的幾個主要因素!
1.塑料耗材組成:
材料
PCR/qPCR耗材通常由聚丙烯制成,因為它是惰性的并且能夠承受熱循環(huán)過程中溫度的快速變化。 聚丙烯的惰性性質(zhì)使其對于反應(yīng)物質(zhì)的吸收降低至最小,確保獲取最佳的PCR結(jié)果。為了進(jìn)一步保障在純度和生物兼容性方面的批次間一致性,應(yīng)當(dāng)在生產(chǎn)過程中使用全新未循環(huán)使用的醫(yī)學(xué)級或分子生物學(xué)級高品質(zhì)聚丙烯原料。請注意,某些PCR / qPCR板邊框用更強(qiáng)的聚碳酸酯制成,以與高通量機(jī)器人應(yīng)用兼容。
顏色
PCR管和板通??商峁┒喾N不同的顏色形式,以便于對于樣品的視覺區(qū)分和鑒別,特別是在高通量實驗中。盡管塑料的顏色對DNA擴(kuò)增沒有影響,但在設(shè)置實時PCR或qPCR的反應(yīng)時,與透明耗材相比,我們更推薦使用白色塑料或磨砂耗材,以實現(xiàn)靈敏和準(zhǔn)確的熒光檢測(圖43)。
白色耗材通過阻止熒光折射出管來提高qPCR數(shù)據(jù)的靈敏度和一致性。折射被最小化時,更多的信號被反射回檢測器,從而增加信噪比。此外,白色管壁可阻止熒光信號傳遞至PCR儀模塊,避免被吸收或不一致地反射熒光信號,從而使重復(fù)實驗中的差異降至。由于每個品牌儀器的設(shè)計不同,請遵循廠家建議以獲得最佳性能。比如,對于Bio-Rad和Roche品牌的定量儀器,推薦使用白色耗材用于qPCR。而對于Applied Biosystems熒光定量PCR儀,推薦使用磨砂孔耗材。
PCR/qPCR塑料耗材要點:
PCR/qPCR塑料耗材可提供多種規(guī)格和形式。了解他們相應(yīng)的特點和相關(guān)術(shù)語將會幫助您在使用這些塑料耗材時獲得最佳的PCR和qPCR結(jié)果。
一般屬性
反應(yīng)規(guī)?;蚣訕芋w積
PCR/qPCR塑料耗材的加樣體積決定了可成功進(jìn)行的PCR/qPCR反應(yīng)的規(guī)模(體積)。過量的加樣將會導(dǎo)致熱傳導(dǎo)的效率下降,溢出以及交叉污染。另一方面,加樣不足則會導(dǎo)致樣品因蒸發(fā)而損耗。加熱模塊也決定了可使用的塑料耗材尺寸以及它們對于完整而有效熱傳導(dǎo)的最佳適配性。PCR/qPCR耗材的最常見體積規(guī)格為:
管:0.5 mL, 0.2 mL, 0.1 mL
96 孔板:0.2 mL, 0.1 mL
384 孔板:0.02 mL
裙邊:
PCR / qPCR板的“裙"是板周圍的板。裙邊可為反應(yīng)體系構(gòu)建時的移液過程提供較好的穩(wěn)定性,以及在進(jìn)行自動機(jī)械處理時提供更好的機(jī)械強(qiáng)度。PCR / qPCR平板可分為無裙邊,半裙邊和全裙邊。
無裙邊板缺少周圍的面板。這種形式的反應(yīng)板可與絕大多數(shù)PCR儀和實時PCR儀的模塊適配,但不適用于自動化應(yīng)用。
半裙邊板在板的邊緣周圍具有短的邊緣,在移液過程中提供足夠的支撐并且為機(jī)器人處理提供機(jī)械強(qiáng)度。
全裙邊的 PCR / qPCR板具有覆蓋板高度的邊緣面板.這種板形式適用于具有突出模塊的PCR儀(可有利于自動化操作),可安全穩(wěn)固適配。
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本生生物 PCR耗材,進(jìn)口PCR板封膜超薄透明,可用于熒光定量qPCR
CG編號:BS-SR6590
包裝規(guī)格:100張/盒
PCR耗材,進(jìn)口PCR板封膜超薄透明,可用于熒光定量qPCR 本生生物供應(yīng):全系熒光定量PCR耗材,PCR八聯(lián)管進(jìn)口PCR板,移液器吸嘴,離心管,凍存管,培養(yǎng)皿,培養(yǎng)板,培養(yǎng)瓶,吸頭,儀器及手套,色譜耗材,針頭過濾器。美國進(jìn)口crystalgen八聯(lián)管蓋/PCR耗材
美國科晶Crystalgen15ml 離心管
干粉培養(yǎng)基 微生物檢測培 養(yǎng)基
100ul進(jìn)口加長吸嘴,無色,帶濾芯,盒裝滅菌
熒光定量耗材 PCR單管
進(jìn)口PCR板,200μl96孔半裙邊白色PCR板
PCR耗材,0.2ml 8聯(lián)排超薄清晰PCR管, 無DNA酶無RNA酶無熱源, 無色.
PCR耗材,0.2ml 8聯(lián)排管蓋, 拱頂蓋(凸蓋), 無DNA酶無RNA酶無熱源, 無色.
進(jìn)口PCR板,40μl384孔全裙邊白PCR板
PCR耗材,200μl 96孔半裙邊 PCR 板,白色
PCR耗材,100μl 96孔半裙邊 PCR 板,透明
PCR耗材,PCR板封膜超薄透明
PCR耗材,PCR板硅膠片,適用于96孔PCR板,“-”開口,白色,滅菌,化學(xué)耐受型
美國科晶PCR八排管0.2ml,熒光定量PCR
熒光定量PCR板,200μl96孔無裙邊透明PCR板
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