AMPure XP的核心是SPRI(solid phase reversible immobilization,固相可逆固定化)技術(shù)。自1990年代由麻省理工學(xué)院懷特黑德研究所開(kāi)發(fā)以來(lái),這項(xiàng)技術(shù)就以其獨(dú)特的優(yōu)勢(shì)在核酸純化領(lǐng)域大放異彩,特別是在人類基因組計(jì)劃中發(fā)揮至關(guān)重要的作用,幫助純化Sanger測(cè)序的PCR產(chǎn)物。SPRI技術(shù)能夠根據(jù)核酸的類型和大小,選擇性且可逆地將核酸與順磁珠結(jié)合,為核酸的高效純化提供可行性。
接下來(lái)我們將解剖開(kāi)AMPure XP,剖析是什么支撐小小磁珠30年持續(xù)發(fā)光發(fā)熱。
從AMPURE XP的SPRI磁珠解剖結(jié)構(gòu)說(shuō)起
每個(gè)SPRI微球的尺寸達(dá)1μm±8%。微球內(nèi)核是一個(gè)具備浮力的聚苯乙烯芯,周圍環(huán)繞著磁鐵礦,使其具有順磁性,容易通過(guò)外加磁場(chǎng)進(jìn)行操縱。SPRI微珠表面被羧基分子包裹,為DNA結(jié)合提供用于相互作用的電荷基團(tuán)。
SPRI微珠作為SPRI試劑的重要組分,是核酸結(jié)合的堅(jiān)實(shí)固相支持基礎(chǔ)。試劑中其他兩項(xiàng)重要成分則助力SPRI微球發(fā)揮核酸結(jié)合的功能:
擁擠試劑將特定大小的核酸從溶液中擠出;
結(jié)合緩沖液提供鹽離子并調(diào)節(jié)pH值,以促進(jìn)核酸和磁珠的結(jié)合。
AMPURE XP SPRI磁珠性能為何獨(dú)特?
關(guān)鍵特性
優(yōu)勢(shì)
順磁性小球
可在液體處理設(shè)備(如Biomek i5,i7自動(dòng)化工作站)上輕松實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化操作,無(wú)需離心或過(guò)濾
磁珠大小均一
結(jié)果高度可重復(fù)
負(fù)電荷表面
可用水溶液洗脫,無(wú)需使用離液鹽
非苯乙烯聚合物表面
非特異性結(jié)合低
高比表面積
結(jié)合容量增加
快速磁響應(yīng)時(shí)間
純化速度快
優(yōu)化的尺寸
自動(dòng)化應(yīng)用中沉降率低
AMPure XP高頻問(wèn)題十問(wèn)十答
一
AMPure XP磁珠究竟是如何工作的?
實(shí)驗(yàn)步驟分為四步:
將磁珠與DNA結(jié)合;
將結(jié)合有核酸的磁珠與雜質(zhì)分離;
用70%乙醇洗滌磁珠以去除雜質(zhì);
從磁珠上洗脫DNA,轉(zhuǎn)移至新板。
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AMPure XP試劑采用SPRI超順磁珠,依靠多因素平衡化學(xué)技術(shù)完成核酸結(jié)合、洗滌和洗脫步驟。結(jié)合緩沖液組分有助于核酸固定在磁珠表面富含官能團(tuán)的結(jié)合位點(diǎn),洗滌步驟在溶解并去除污染物的同時(shí),保持微妙平衡。洗脫步驟則會(huì)破壞這種平衡并重新溶解核酸,使其從磁珠分離。
二
AMPure XP可以結(jié)合雙鏈核酸和單鏈核酸嗎?
是的,AMPure XP將結(jié)合單鏈和雙鏈核酸。注意:如果單鏈雙鏈同時(shí)存在的反應(yīng)體系,AMPure XP不會(huì)依據(jù)單鏈或雙鏈這一性質(zhì),選擇性結(jié)合其中一種或拆分兩者。
三
AMPure XP試劑可用于RNA純化嗎?
AMPure XP試劑可結(jié)合DNA和RNA片段。RNAClean XP試劑是在無(wú)RNase條件下生產(chǎn),且經(jīng)QC測(cè)試不含RNase。我們推薦使用RNAClean XP試劑盒處理RNA樣本。
四
AMPure XP結(jié)合的片段有大小上限嗎?
沒(méi)有。AMPure XP將結(jié)合100 bp及以上的片段,并排除50 bp及以下的引物。50到100個(gè)堿基之間可能會(huì)存在少量回收。
五
磁珠的結(jié)合能力怎樣?
磁珠的結(jié)合能力很強(qiáng),1 μL AMPure XP試劑可結(jié)合至少7 μg核酸,但樣品會(huì)變得過(guò)于粘稠,影響后續(xù)樣品移液步驟。
六
如何處理大片段樣品的磁珠干燥?
10 kb以上的片段與磁珠結(jié)合非常緊密,如果樣品變干則難以洗脫。處理該類大片段時(shí),應(yīng)盡可能完全地棄掉最后一次乙醇清洗液,立即加入洗脫緩沖液并充分混合。保持蓋子打開(kāi)狀態(tài),乙醇在洗脫孵育期間將繼續(xù)從孔中蒸發(fā)。
七
AMPure XP試劑的少量磁珠殘留會(huì)影響下游PCR嗎?
不會(huì)。轉(zhuǎn)移到最終目標(biāo)板的磁珠在下游酶促反應(yīng)中表現(xiàn)為惰性。
八
AMPure XP試劑的回收率怎樣?
回收率取決于片段大小、樣品體積、樣品濃度、洗脫體積等因素。在理想條件下,200 bp產(chǎn)物回收率高達(dá)90%,但在次優(yōu)條件下,回收率也可能低至60%。
九
AMPure XP試劑在室溫下放置一段時(shí)間(或不經(jīng)意冷凍),還能繼續(xù)使用嗎?
AMPure XP試劑均基于產(chǎn)品說(shuō)明書(shū)上標(biāo)注的儲(chǔ)存溫度進(jìn)行制造和測(cè)試,我們僅能確保該溫度下的試劑性能。
十
如何選擇性保留300-500 bp核酸片段?
AMPure XP試劑盒用于PCR產(chǎn)物純化的試劑盒。我們推薦您使用專為片段大小篩選而開(kāi)發(fā)的SPRIselect試劑盒。有關(guān)SPRIselect片篩的更多信息,請(qǐng)?jiān)L問(wèn):
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