大多數(shù)Real-time qPCR儀器會(huì)自動(dòng)設(shè)置熒光閾值。通常，這個(gè)閾值是基線的標(biāo)準(zhǔn)偏差的10倍。

用戶可以手動(dòng)調(diào)整閾值線，通常將其放置在擴(kuò)增曲線的對(duì)數(shù)期，即熒光信號(hào)明顯增強(qiáng)的階段。手動(dòng)設(shè)置需要一定的經(jīng)驗(yàn)和技巧，通常在指數(shù)擴(kuò)增期的中期或后期。

閾值的設(shè)定應(yīng)高于基線，但足夠低，以便控制在擴(kuò)增曲線的對(duì)數(shù)期。這樣設(shè)置的目的是確保擴(kuò)增效率接近2倍，同時(shí)避免擴(kuò)增進(jìn)入平臺(tái)期或線性期，從而保證數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性。

閾值的設(shè)定直接影響?Ct值。如果閾值設(shè)置得太高，可能會(huì)導(dǎo)致數(shù)據(jù)不準(zhǔn)確，進(jìn)入平臺(tái)期或線性期后，擴(kuò)增效率和其它誤差帶來(lái)的數(shù)據(jù)偏差會(huì)增加。因此，合理的閾值設(shè)定對(duì)于保證實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性至關(guān)重要。

我們?cè)诓僮鬈浖r(shí)上下拉動(dòng)的橫線，是決定Ct值的因素之一。

閾值是熒光信號(hào)相對(duì)于基線有顯著增強(qiáng)的點(diǎn)，大多數(shù)儀器會(huì)根據(jù)基線平均信號(hào)，自動(dòng)計(jì)算熒光信號(hào)的閾值水平，并設(shè)置一個(gè)比平均值高10倍的閾值。

也就是說(shuō)，當(dāng)基線被正確的設(shè)置了，閾值也能手動(dòng)調(diào)整成正確值

典型的擴(kuò)增曲線可以分成四個(gè)時(shí)期：基線期，指數(shù)期，線性期，平臺(tái)期。???????  

閾值線(threshold)，相交于擴(kuò)增曲線的一條水平線，用于確定熒光信號(hào)的閾值（Cycle Threshold，Ct）。

此線可決定樣本的Ct值，所以十分重要?。?！

熒光閾值線的設(shè)定一般在 PCR 擴(kuò)增的指數(shù)期，為PCR反應(yīng)前3-15個(gè)循環(huán)的熒光信號(hào)標(biāo)準(zhǔn)差的10倍。

一、閾值線應(yīng)位于擴(kuò)增曲線的指數(shù)增長(zhǎng)期中或后部，因?yàn)檫@一區(qū)域是樣本重復(fù)性最好的部分，能夠準(zhǔn)確反映PCR擴(kuò)增的起始點(diǎn)；

二、閾值線要高于陰性對(duì)照和基線噪音；

三、最佳的閾值線位置應(yīng)該是在擴(kuò)增曲線接近線性和線與線之間相互平行的位置；

四、多重qPCR實(shí)驗(yàn)中，每個(gè)靶標(biāo)或通道都要單獨(dú)設(shè)置合適的閾值線（不同靶標(biāo)擴(kuò)增的信號(hào)大小和指數(shù)期的位置會(huì)有差異）；

五、閾值線設(shè)置過高，Ct值偏大，超過擴(kuò)增曲線的線性期或平臺(tái)期，那么得到的數(shù)據(jù)將不準(zhǔn)確；

六、閾值線設(shè)置過低，Ct值偏小，且有可能受到噪音信號(hào)的干擾。