在分子生物學(xué)研究領(lǐng)域,核酸片段的精準(zhǔn)連接是基因克隆、文庫構(gòu)建、突變分析等核心實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。然而,實(shí)驗(yàn)人員在操作過程中常面臨連接效率低下、非特異性連接頻發(fā)、底物適應(yīng)性受限及反應(yīng)條件兼容性欠佳等難題,這些問題直接制約著實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性與整體效率。由于不同類型的連接酶在結(jié)構(gòu)與功能上具有獨(dú)特性,其在應(yīng)對上述問題時展現(xiàn)出不可替代的作用。本文將系統(tǒng)解析翌圣系列連接酶的獨(dú)特優(yōu)勢,并闡述其針對性的解決方案。
翌圣連接酶選購指南
連接酶的核心功能在于催化核酸5'-磷酸與3'-羥基形成磷酸二酯鍵。然而,不同來源的連接酶因進(jìn)化過程中形成的適應(yīng)性差異,在底物類型、輔因子需求、反應(yīng)條件、催化特異性及適用場景等方面呈現(xiàn)出顯著差異:
連接酶的選擇是否精準(zhǔn)直接決定了核酸連接效率與實(shí)驗(yàn)成敗。了解不同連接酶的核心差異是科學(xué)選型的基礎(chǔ),而真正讓實(shí)驗(yàn)從 “理論可行” 走向 “高效落地” 的,則是產(chǎn)品本身的性能表現(xiàn)決定。接下來,我們將聚焦翌圣部分核心連接酶產(chǎn)品,通過實(shí)測數(shù)據(jù)與應(yīng)用驗(yàn)證,展現(xiàn)連接酶在性能上的硬核實(shí)力。
翌圣部分連接酶性能展示
Hieff Quick T4 DNA Ligase (10301ES)
使用翌圣生物和競品的T4 DNA Ligase進(jìn)行cfDNA樣本的NGS文庫構(gòu)建測試(連接Y型建庫接頭),通過Agilent 2100檢測雙端均連接接頭的片段比例。結(jié)果表明,翌圣生物的T4 DNA Ligase具有極高的連接活性,完美適配cfDNA樣本。
圖1. 翌圣Hieff Quick T4 DNA Ligase接頭連接檢測結(jié)果
Hieff Taq DNA ligase (14957ES)
使用翌圣及競品A*的Taq DNA ligase進(jìn)行無縫克隆,結(jié)果如圖2所示,翌圣Hieff Taq DNA ligase具有更高的陽性克隆率。
圖2. 翌圣及A* Taq DNA ligase無縫克隆電泳檢測結(jié)果
E.coli DNA Ligase (14955ES)
圖3中左圖為分別使用翌圣兩個批次酶Yeasen-1(橙)、Yeasen-2(灰) 和競品T(藍(lán))進(jìn)行10 ng、100 ng 單鏈DNA起始量建庫純化后文庫產(chǎn)量。右圖為分別使用翌圣兩個批次酶Yeasen-1(橙)、Yeasen-2(灰) 和競品T(藍(lán))進(jìn)行10 ng、100 ng Bisulfite DNA起始量建庫純化后的文庫產(chǎn)量。結(jié)果顯示,翌圣兩批次E.coli DNA ligase在單鏈DNA建庫及Bisulfite DNA建庫文庫產(chǎn)量更高,表現(xiàn)更優(yōu)異。
圖3. 翌圣及A* Taq DNA ligase無縫克隆電泳檢測結(jié)果
Hieff 5' App T4 DNA ligase (14960ES)
以100ng 170bp和300bp的模式片段為底物,使用Hieff 5' App T4 DNA ligase對合成的預(yù)腺苷化(App)接頭進(jìn)行接頭連接,結(jié)果顯示連接效率達(dá)95%以上,且片段自連占比極低。
圖4. 以170 bp(左圖)和300 bp(右圖)模式片段為底物連接效率檢測
PBCV DNA ligase (14962ES)
在25℃條件下,分別添加0.5 U、10 U和25 U劑量的翌圣(Yeasen)與供應(yīng)商A*的PBCV DNA ligase(貨號#14962ES),反應(yīng)60分鐘以連接底物。瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果顯示,翌圣PBCV DNA ligase與供應(yīng)商A*的底物連接效果一致。
圖5. PBCV DNA ligase連接效果驗(yàn)證
T4 RNA Ligase 1 (14651ES)
將Yeasen和進(jìn)口Supplier A*的T4 RNA Ligase 1按照不同投入量加入體系中對21 nt的ssDNA (終濃度1 μM)和26 nt ssRNA(終濃度0.5 μM)底物進(jìn)行連接,結(jié)果顯示其能有效連接ssRNA與ssDNA底物,連接效果優(yōu)于進(jìn)口Supplier A*。
圖6. T4 RNA Ligase 1連接效果驗(yàn)證
T4 RNA Ligase 2 (14652ES)
將Yeasen和進(jìn)口Supplier N*的T4 RNA Ligase 2按照不同投入量加入體系中對dsRNA底物進(jìn)行連接,結(jié)果顯示其能有效連接dsRNA底物,連接效果與進(jìn)口Supplier N*相當(dāng)。
圖7. T4 RNA Ligase 2連接效果驗(yàn)證
注:20 μL反應(yīng)體系中包含終濃度為20 μM的dsRNA連接底物。
T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ (14653ES)
使用翌圣和來自進(jìn)口Supplier A*的T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ分別按照不同投入量加入體系中對31 nt的ssRNA底物(Substrate 1)和17 nt預(yù)腺苷化的ssRNA底物(Substrate 2)進(jìn)行連接實(shí)驗(yàn)。結(jié)果表明,翌圣產(chǎn)品能高效連接ssRNA底物,連接效果與進(jìn)口產(chǎn)品不相上下。
圖8. T4 RNA Ligase 2, Truncated KQ連接效果驗(yàn)證
核酸連接效率與特異性是決定實(shí)驗(yàn)成敗的關(guān)鍵因素,而連接酶的性能差異直接影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。我們精心打造的連接酶產(chǎn)品矩陣全面覆蓋DNA/RNA連接應(yīng)用場景:無論是常規(guī)分子克隆還是特殊結(jié)構(gòu)連接,從常溫反應(yīng)體系到高溫嚴(yán)苛條件,都能提供精準(zhǔn)匹配的解決方案。選擇性能優(yōu)化的連接酶,可顯著提升實(shí)驗(yàn)效率,減少非特異性干擾,為您的分子生物學(xué)研究提供強(qiáng)有力的技術(shù)保障。
參考文獻(xiàn)
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[4] Clark D P, Pazdernik N J, Mcgehee M R. Cloning Genes for Synthetic Biology - ScienceDirect [J]. Molecular Biology (Third Edition), 2019:199-239.
翌圣生物
翌圣生物科技(上海)股份有限公司成立于2014年,是一家聚焦生命科學(xué)產(chǎn)業(yè)鏈上游核心原料,從事核苷酸、蛋白、細(xì)胞和類器官四大品類生物試劑的研發(fā)、生產(chǎn)與銷售的高新技術(shù)企業(yè)。公司兼?zhèn)浜诵募夹g(shù)自主研發(fā)和規(guī)模化生產(chǎn)能力,核心產(chǎn)品數(shù)量達(dá)數(shù)千種,覆蓋分子克隆、qPCR、NGS、體外轉(zhuǎn)錄、抗體、蛋白純化及分析、細(xì)胞培養(yǎng)、轉(zhuǎn)染、報告基因檢測和類器官等多種系列,廣泛應(yīng)用于生命科學(xué)研究、診斷檢測和生物醫(yī)藥等領(lǐng)域。
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