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干貨 | 揭秘翌圣DNase I在HPV E6/E7 mRNA檢測中的關(guān)鍵性作用

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 更新時間:2024-12-25 14:25:17 閱讀量:90

在診斷或研究由病原感染引起的疾病時,僅依靠檢測病原基因組核酸的檢測結(jié)果只能確認(rèn)病毒的存在,而不足以反映病毒是否有持續(xù)感染或整合入宿主基因組的風(fēng)險(xiǎn)。以人乳頭瘤病毒(HPV)為例,其DNA的檢出可能只是指示一次性感染,并不直接代表持續(xù)的病變或癌變風(fēng)險(xiǎn)。

 

相反,檢測HPV E6/E7 mRNA的水平能提供更精確的信息,評估HPV病毒在宿主體內(nèi)的基因組整合情況、轉(zhuǎn)錄活性以及持續(xù)感染和致癌的可能性。這種檢測方法更專注于“病變”而非僅僅是“感染”,在確保識別可能進(jìn)展為浸潤癌的癌前病變的同時,避免了對一次性HPV感染及其相應(yīng)良性病變的過度探查和不必要的治療。

 

圖1. HPV病毒感染宮頸細(xì)胞示意圖[2]

 

為確?;騧RNA表達(dá)量分析的準(zhǔn)確性,必須排除樣本中g(shù)DNA的干擾,因?yàn)槠浯嬖诳赡軐?dǎo)致mRNA定量結(jié)果的誤差。實(shí)現(xiàn)mRNA樣本中g(shù)DNA的有效消除一直是一個突出的技術(shù)挑戰(zhàn)。在這一背景下,脫氧核糖核酸酶I(Deoxyribonuclease I, DNase I)作為一種主要用于降解DNA的酶,被廣泛采用以解決這一問題。

 

DNase I簡介

DNase I是一種可以消化單鏈或雙鏈DNA的非特異性核酸內(nèi)切酶。它能夠水解磷酸二酯鍵,產(chǎn)生含有5'-磷酸基團(tuán)和3'-OH基團(tuán)的單脫氧核苷酸和寡脫氧核苷酸。DNase I最佳的工作pH范圍是7-8,其活性依賴于Ca2+,并可被二價金屬離子如Mn2+,Mg2+,Zn2+等激活。在Mg2+存在條件下,DNase I 隨機(jī)剪切雙鏈DNA的任意位點(diǎn);Mn2+存在條件下,DNase I可在同一位點(diǎn)剪切DNA雙鏈,形成平末端,或1-2個核苷酸突出的粘末端。

 

圖2. DNase I在Mg2+以及Mn2+存在下可切割dsDNA原理圖

 

翌圣DNase I

常見的DNase I主要從牛胰腺中純化或?yàn)橹亟M酶。翌圣DNase I由ZymeEditor™酶改造平臺重組表達(dá)而來,無RNase殘留,酶切效率高,作用底物類型廣,更適合對RNase敏感的應(yīng)用。

 

數(shù)據(jù)展示:翌圣DNase I可特異性去除DNA,對RNA無影響

分別使用翌圣及進(jìn)口品牌T*、N*的DNase I進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄中DNA模板去除,結(jié)果顯示翌圣DNase I的模板DNA去除效率與國際進(jìn)口品牌相當(dāng)。

 

圖3. 體外轉(zhuǎn)錄中模板DNA去除 C:不加DNase I對照;T*:進(jìn)口品牌T*;N*:進(jìn)口品牌N*;M:Marker

 

翌圣DNase I 選擇指南

為滿足不同的應(yīng)用需求,翌圣可提供牛胰腺提取來源及E. coli重組表達(dá)兩種來源的DNase I,并可提供GMP級別DNase I,以滿足mRNA體外轉(zhuǎn)錄等應(yīng)用。

產(chǎn)品來源

產(chǎn)品定位

應(yīng)用

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

牛胰腺提取

普通

主要用于從蛋白制備物中去除DNA

Deoxyribonuclease I (DNase I) from bovine pancreas

10607ES

10608ES

E. coli重組表達(dá)

RNase Free

適用于從RNA和蛋白制備物中去除DNA

Recombinant DNase I (RNase-free)

10325ES

GMP級, RNase Free

主要用于mRNA體外轉(zhuǎn)錄等

UCF.ME® Deoxyribonuclease I  (DNase I) GMP-grade

10611ES

 

參考文獻(xiàn):

1、Ndiaye C, Mena M, Alemany L, et al. HPV DNA, E6/E7 mRNA, and p16INK4a detection in head and neck cancers: a systematic review and meta-analysis[J]. The Lancet Oncology, 2014, 15(12): 1319-1331.

2、Broccolo F, Fusetti L, Rosini S, et al. Comparison of oncogenic HPV type‐specific viral DNA load and E6/E7 mRNA detection in cervical samples: results from a multicenter study[J]. Journal of medical virology, 2013, 85(3): 472-482.

3、Huang Z, Fasco M J, Kaminsky L S. Optimization of Dnase I removal of contaminating DNA from RNA for use in quantitative RNA-PCR[J]. Biotechniques, 1996, 20(6): 1012-1020.

4、Kang D D, Li H, Dong Y. Advancements of in vitro transcribed mRNA (IVT mRNA) to enable translation into the clinics[J]. Advanced Drug Delivery Reviews, 2023, 199: 114961.

5、Wiame I, Remy S, Swennen R, et al. Irreversible heat inactivation of DNase I without RNA degradation[J]. Biotechniques, 2000, 29(2): 252-256.

6、Adolph S, Hameister H. In situ nick translation of metaphase chromosomes with biotin-labeled d-UTP[J]. Human genetics, 1985, 69: 117-121.

7、Song C, Zhang S, Huang H. Choosing a suitable method for the identification of replication origins in microbial genomes. Front Microbiol, 2015, 6: 1049.

 

 

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