第二期主題:脫鹽柱
① 緩沖液置換的原理和應(yīng)用
緩沖液置換的原理是凝膠過濾層析的組分分離 (Group Separation) :超過填料排阻極限的生物大分子,因?yàn)闊o(wú)法進(jìn)入填料孔隙中,而排阻在外,緊跟著外水體積(30%柱體積)Z先出峰;而小分子則依據(jù)其分子量大小,會(huì)不同程度的進(jìn)入填料孔隙中,晚出峰,從而將大分子和小分子雜質(zhì)分開。常用于樣品準(zhǔn)備、層析步驟之間的銜接、去除染料或小分子標(biāo)記物、終止反應(yīng)、去除核苷酸以及脂質(zhì)體包封率的檢測(cè)[1/2]等。脫鹽本身即是一種緩沖液置換,將樣品從高鹽緩沖液置換到低鹽或無(wú)鹽緩沖液。
② 填料介紹
Sephadex G系列填料,為葡聚糖交聯(lián)還原氯丙烷(即異表氯醇)。目前Sephadex系列產(chǎn)品主要用于組分分離,如緩沖液置換。Sephadex G系列填料的不同數(shù)字(G-10、G-15、G-25、G-50、G-75和G-100),代表其使用不同分子量范圍的葡聚糖,G后面數(shù)字越小,葡聚糖共聚物的交聯(lián)度越高,分離樣品的分子量范圍越小。另外,隨著交聯(lián)度的增加,填料的溶脹降低。
表1:G系列填料參數(shù)表
表2:Sephadex G系列填料對(duì)于球蛋白、多糖和DNA的分離范圍[3]
G系列填料對(duì)于球蛋白、多糖和DNA樣品的分離范圍請(qǐng)參考表1和表2。其中,G-25Z為常用,適合目的樣品分子量大于5 KD[4]。緩沖液置換要求目的樣品的分子量大于排阻極限(可以參考分離范圍的上限),也就是無(wú)法進(jìn)入填料孔隙中,同時(shí),雜質(zhì)小分子Z好低于分離范圍的下限,在接近1個(gè)柱體積位置出峰,對(duì)于G-10和G-15建議Z好小于100 Da。
③ 產(chǎn)品的選擇
根據(jù)樣品分子量、體積和操作方式,選擇合適的脫鹽柱產(chǎn)品。
1
根據(jù)目標(biāo)樣品的種類和分子量,選擇合適的填料,如上。
2
樣品體積:一般脫鹽實(shí)驗(yàn)的上樣體積不超過柱體積的30%(即外水體積)。對(duì)于裝填柱效良好的柱子,外水體積占柱體積的30%,這點(diǎn)可以近似用圓柱體和內(nèi)切圓的體積計(jì)算,圓柱體體積πr^2*2r,球體的體積4/3πr^3,二者之差2/3πr^3,所以外水占圓柱體總體積的1/3。在層析圖譜中亦有體現(xiàn)。為了避免樣品稀釋,建議選擇樣品體積和脫鹽柱的樣品容量接近。
3
根據(jù)操作方式的差異,包括重力、離心、抽真空、蠕動(dòng)泵、?KTA層析系統(tǒng)等。
表3:脫鹽柱產(chǎn)品選擇[5]
HiTrap系列 (5 mL) ,可以注射器、蠕動(dòng)泵或?KTA儀器操作,Z多5根串聯(lián)。更大體積連接?KTA儀器使用的HiPrep系列 (15 mL) ,Z多4根串聯(lián)。
圖1:HiTrap Desalting及HiPrep desalting串聯(lián)操作
例如HiTrap串聯(lián)后,上樣量隨著柱體積而增加,反壓增加需適當(dāng)降低流速,但是分辨率也稍好[6]:
圖2:HiTrap Desalting 1根和5根串聯(lián)操作層析結(jié)果圖
當(dāng)需要處理更大體積樣品時(shí),也可以購(gòu)買散裝填料自行裝填空柱。粗顆粒 (Coarse) 反壓低、流速較快,細(xì)顆粒 (Fine) 流速較慢但分辨率較高。一般,選擇裝填高度較矮 (10~30 cm) 且直徑大的柱子[4],以提高流速縮短運(yùn)行時(shí)間。
表4:Sephadex G系列散裝填料[5]
G系列填料裝填方法請(qǐng)參考產(chǎn)品操作說(shuō)明[12/13],溶脹后粒徑大小如下,可以用于評(píng)估柱效:
表5:Sephadex G系列填料溶脹后粒徑大小
不同形式的預(yù)裝脫鹽柱和填料的對(duì)應(yīng)關(guān)系如下:
表6:脫鹽柱和填料對(duì)照表
④ Z常用的PD-10脫鹽柱
PD-10脫鹽柱(貨號(hào)17085101)預(yù)先裝填了8.3 mL的Sephadex G-25 M填料,頂端和底端各有一片燒熔的聚乙烯多孔濾板(孔徑20-85 μm),確保填料在重力流的作用下不至于流干。PD-10空柱體積為13.5 mL,可以購(gòu)買LabMate PD-10 Buffer Reservoir儲(chǔ)液槽將空柱的體積增加25 mL,使得平衡、wash等在一步內(nèi)完成(無(wú)需反復(fù)多次補(bǔ)充緩沖液)。
表7:PD-10重力柱配套
圖3:PD-10 Desalting柱配件展示,右側(cè)分別為離心和重力操作
PD-10重力和離心操作之間的差異:
重力操作簡(jiǎn)單方便,可以獲得高的回收率和更佳的脫鹽效果,但和普通分子篩一樣存在稀釋效應(yīng)。無(wú)需儀器,可以多根柱子同時(shí)操作。每次重力操作后,外水體積仍然保留。
離心操作不會(huì)造成樣品稀釋、操作速度快,但脫鹽效率稍差。注意:離心操作時(shí),如果使用固定角轉(zhuǎn)子的離心機(jī),需要用鑷子等提前去除頂端的濾板,樣品加到頂端填料中間位置,離心后填料頂端將形成一個(gè)斜面(且高度下降一部分),請(qǐng)確保脫鹽柱每次放入的方向一致。如果使用水平轉(zhuǎn)子離心機(jī),頂端濾板也可以不去。每次離心操作后,填料外水體積被去除,但內(nèi)水體積基本仍然保留。
表8:PD-10 Desalting Column兩種方式的操作數(shù)據(jù)[8]
手動(dòng)脫鹽的效果:通常,PD系列手動(dòng)脫鹽柱的脫鹽效率在85~90%以上,樣品回收率在70%~95%以上(依據(jù)樣品性質(zhì)而定)[6]。
⑤ 關(guān)于上樣體積
作為一種分子篩,脫鹽應(yīng)用中的Z關(guān)鍵的影響因素是樣品體積(而非樣品量)。例如,PD-10柱床體積是8.3 mL,推薦Z大上樣體積8.3 mL*30%(外水體積)≈2.5 mL,重力操作的典型出峰情況如圖4[8]。平衡柱子后,上2.5 mL樣品(注意這個(gè)時(shí)候流出的是之前的平衡緩沖液,無(wú)需收集),之后加3.5 mL buffer趕出目的樣品,即在2.5~6 mL進(jìn)行收集,洗脫體積一共為3.5 mL。
圖4:PD-10 Desalting柱重力操作結(jié)果圖
HiTrap Desalting 5 mL,推薦上樣體積1.5 mL。超過該范圍繼續(xù)增加上樣體積,峰展寬和面積增加,蛋白峰和鹽峰之間的交叉變多,分辨率降低[4]。根據(jù)收集樣品體積的不同,將損失樣品回收率或純度。
圖5:HiTrap Desalting不同上樣體積層析結(jié)果圖
為了確保脫鹽效率,可以降低上樣體積至15-20%柱體積[4],但手動(dòng)操作時(shí)可能需要補(bǔ)足體積而造成樣品被進(jìn)一步稀釋,此時(shí)也可以考慮多次重復(fù)過柱脫鹽。
⑥ 關(guān)于樣品濃度
一般,樣品濃度對(duì)于脫鹽無(wú)顯著影響。樣品濃度和流動(dòng)相之間的粘度系數(shù) (Viscosity) 在1.5倍以內(nèi)即可,對(duì)于常規(guī)的水溶性緩沖液,基本對(duì)應(yīng)于蛋白濃度在70 mg/mL[4]以下,但通常建議蛋白濃度低于30 mg/mL;高分子量聚合物如多糖建議濃度在5 mg/mL以內(nèi)[4];DNA樣品在1 mg/mL以內(nèi)[9]。另外,注意樣品充分溶解且穩(wěn)定、無(wú)聚集沉淀、不過于粘稠而造成峰形拖尾。上樣前注意用0.45 μm或0.22 μm濾膜過濾或離心(15,000×g, 15 min)去除顆粒[4]。
表9:部分溶質(zhì)在水中的粘度系數(shù)(和溫度相關(guān))[10]
脫鹽柱對(duì)于部分復(fù)雜樣品同樣適用,如HiPrep 26/10 Desalting用于10 mL小鼠血漿(10,000 g離心10 min后)樣品[4]以及畢赤酵母表達(dá)重組蛋白的發(fā)酵上清(0.45 um濾膜過濾)[6]。
⑦ 緩沖液的選擇
如果要將樣品從buffer A中置換到buffer B中,則全程需要用buffer B來(lái)平衡柱子以及洗脫樣品。上樣后,走外水的樣品其實(shí)是跟著平衡時(shí)的緩沖液B出峰并溶解在其中的(而非Z后趕出樣品用的洗脫緩沖液)。
緩沖液的選擇,需依據(jù)實(shí)驗(yàn)要求和填料本身耐受性,并確保樣品在該緩沖液中穩(wěn)定存在。通常對(duì)于含有帶電基團(tuán)的樣品,推薦至少含有25 mM 鹽如NaCl用于避免樣品和填料之間發(fā)生離子型非特異性吸附;避免鹽濃度高于1 M而促進(jìn)疏水吸附;更高的鹽濃度如1.5 M硫酸銨,則會(huì)造成填料可逆性皺縮。建議使用10-50 mM緩沖體系(如磷酸緩沖液),中性pH 7.0~7.4,或揮發(fā)性緩沖液如100 mM乙酸銨或碳酸氫銨以便于后續(xù)凍干[4]。
⑧ 填料的化學(xué)耐受性
Sephadex填料的強(qiáng)度和pH穩(wěn)定性,根據(jù)其交聯(lián)程度而有差異。以Sephadex G-25為例[6],在常用的緩沖液中穩(wěn)定,如8 M尿素、6 M鹽酸胍以及離子和非離子型去污劑。低濃度的醇類(如甲醇、乙醇、異丙醇)可以用于緩沖液或樣品中,推薦濃度低于25 v/v%。避免超過推薦pH范圍或使用氧化劑。操作條件下pH穩(wěn)定區(qū)間在2~13。測(cè)試中,暴露于0.1 M HCl中1~2小時(shí)或0.02 M HCl中6個(gè)月,不影響填料性能。甚至可以儲(chǔ)存于0.01 M NaOH中(功能改變需自行測(cè)試)[11]。案例中,PD-10脫鹽柱可以去除蛋白樣品中的DTT或碘乙酰胺。對(duì)于尿素的去除,建議逐步降低緩沖液中尿素的濃度并設(shè)置梯度進(jìn)行多次換液,避免蛋白變性沉淀。
⑨ 脫鹽柱是否可以重復(fù)使用?
PD-10脫鹽柱等手動(dòng)脫鹽產(chǎn)品,均設(shè)計(jì)為一次性使用,理論上不建議重復(fù)操作。但是,當(dāng)多次操作之間的交叉污染不是關(guān)注點(diǎn)時(shí),可以少次重復(fù)使用。仍然建議用于同一種樣品,并檢測(cè)實(shí)驗(yàn)重復(fù)性。可以參考HiPrep 26/10 Desalting的清潔操作[4]如下:
圖6:HiPrep 26/10 Desalting的清潔操作
優(yōu)先推薦堿洗,注意交聯(lián)度更低的G-50~G-100在進(jìn)行堿洗時(shí),請(qǐng)將填料移出柱管,避免填料體積膨脹。Sephadex G-25使用0.2 M NaOH進(jìn)行60~90 min的清潔和消毒,之后使用水或緩沖液沖洗,可以耐受上百次循環(huán)處理[6]。另外,Sephadex可以在120度 (pH 7.0) 高壓濕熱滅菌[12/6]。
⑩ 填料儲(chǔ)存
Sephadex G-25干粉填料,建議儲(chǔ)存在4~30度。裝柱前參考表1量取填料(建議按照Z(yǔ)小溶脹體積計(jì)算,量取盡可能多的填料)并溶脹后使用,或者直接購(gòu)買預(yù)裝柱,保存前水洗,儲(chǔ)存在20%乙醇或10 mM NaOH[11]中,4~30度,不要冷凍。
? 核酸樣品的脫鹽
DNA樣品的脫鹽推薦illustra系列產(chǎn)品,如NAP-5/10/25。NAP柱子中的填料是Sephadex G-25 Superfine, DNA grade(即DNase free),經(jīng)過測(cè)試,保證重復(fù)性和DNA樣品的高回收率,基本無(wú)非特異性吸附??梢耘抛鑯10 bp以上的DNA片段。更小體積 (25–100 μl) 的核酸脫鹽,可以嘗試illustra MicroSpin S-200, S-300 and S-400 HR產(chǎn)品。
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B站視頻:如何使用離心法對(duì)PD系列脫鹽柱進(jìn)行操作
參考文獻(xiàn)
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