上一期,我們?yōu)榇蠹医庾x了Protein L的親和原理、影響因素,用于雙抗副產(chǎn)物雜質(zhì)去除的機(jī)理研究及經(jīng)典案例。
相關(guān)閱讀:
MabSelect VL之于雙抗純化的機(jī)理淺析
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MabSelect VL用于非對(duì)稱型三抗純化
前述WuXi Biologics最新發(fā)表的文獻(xiàn)中(圖1),將MabSelect VL的應(yīng)用進(jìn)一步拓展至非對(duì)稱型三抗分子,樣品為某含VHH三抗,具有KiH設(shè)計(jì)以促進(jìn)重鏈異源二聚化,Knob一側(cè)為常規(guī)半抗結(jié)構(gòu),Hole一側(cè)含兩個(gè)串聯(lián)的VHH,如圖2【1】。
圖2:某含VHH三抗分子及四種主要副產(chǎn)物雜質(zhì)(knob半抗、hole-hole homodimer、knob-knob homodimer、二聚/多聚集)
樣品先使用經(jīng)典的Protein A親和填料(非Cytiva品牌)進(jìn)行捕獲,只有一個(gè)洗脫峰(如圖3中A),且SEC-HPLC單體純度僅92.2%。參考Protein A親和捕獲洗脫組分的SEC-HPLC結(jié)果以及非還原SDS-PAGE膠圖,產(chǎn)品相關(guān)雜質(zhì)主要有:knob半抗、hole-hole homodimer、knob-knob homodimer以及聚集體,從結(jié)構(gòu)上,目的三抗和雜質(zhì)分子在輕鏈可變區(qū)VL、輕鏈恒定區(qū)CL以及CH1的數(shù)量上存在差異。因此,作者篩選了結(jié)合kappa 1/3/4型輕鏈可變區(qū)的Cytiva MabSelect VL填料、結(jié)合kappa輕鏈恒定區(qū)的Cytiva KappaSelect填料以及某結(jié)合重鏈CH1親和填料,并以前述某Protein A親和填料作為對(duì)照。
三種片段親和填料,對(duì)目的三抗及雜質(zhì)分子具有相似的結(jié)合價(jià),如表1?;谇捌赪uXi Biologics等的研究發(fā)現(xiàn),MabSelect VL和CH1兩款片段親和填料對(duì)于不同單抗分子可以體現(xiàn)出不同的親和力,因此當(dāng)多抗來源的兩側(cè)親本抗體(相當(dāng)于homodimer)與填料的親和力存在明顯差異時(shí),更利于非對(duì)稱型雙抗中 homodimer和半抗的去除;而KappaSelect對(duì)于不同抗體序列則難以體現(xiàn)出親和力差異,Protein A(尤其僅結(jié)合Fc類型)通常也不具備該特性【5-6】。
參考Ingavat等【7】文獻(xiàn)中的方法,將三款填料的結(jié)合價(jià)以及測(cè)試結(jié)果進(jìn)行匯總分析,如表1。
表1:某含VHH三抗與3種不同片段親和填料的結(jié)合價(jià)分析以及測(cè)試結(jié)果
實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,三款片段親和填料去除副產(chǎn)物雜質(zhì)的能力均優(yōu)于Protein A,且以Cytiva新一代MabSelect VL填料效果最佳(most effective medium),出現(xiàn)多個(gè)洗脫峰(如圖3中D),有效去除半抗、homodimer,尤其在去除聚集體方面更勝一籌,如圖3和表1。
圖3:使用4種不同的親和填料平行純化某澄清后的含VHH三抗分子。圖A為某Protein A親和填料、圖B為某CH1親和填料、圖C為KappaSelect、圖D為MabSelect VL。柱體積2-5 mL,KappaSelect的上樣量為5 mg/mL填料,其余均為30 mg/mL填料,RT=5 min。經(jīng)平衡buffer以及高鹽、低pH淋洗后,Wash 3為30 mM NaAc-Hac(pH 5.5)。全部拉pH線性梯度洗脫,某Protein A親和填料及MabSelect VL填料的洗脫終點(diǎn)為30 mM NaAc-Hac(pH 3.2),某CH1親和填料及KappaSelect的洗脫終點(diǎn)為120 mM Hac(pH 2.9),全部拉20 CV。Inset: 非還原SDS-PAGE膠圖片,M:蛋白marker;L:起始樣品;FT:穿透;Lanes 1–3/4:分別為洗脫收集組分1–3/4。
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三步變兩步:
基于MebSelect VL的兩步法雙抗純化工藝
在親和捕獲之后,完整的雙抗/三抗純化工藝還需要精純步驟進(jìn)一步去除剩余產(chǎn)品相關(guān)雜質(zhì)及工藝相關(guān)雜質(zhì),典型工藝為抗體純化三步法。MabSelect VL在捕獲階段即表現(xiàn)出強(qiáng)大的副產(chǎn)物雜質(zhì)去除能力,減輕了精純步驟壓力,使得兩步法工藝的開發(fā)更加易行。
2020年,Chen等就在摸索三種添加劑(NaCl、CaCl2和精氨酸)效應(yīng)的同時(shí),開發(fā)了Protein L和Cytiva Capto adhere兩步法純化Blinatumomab (一種雙特異性T細(xì)胞連接器BiTE,為scFv串聯(lián)雙抗)的工藝策略【8】。2024年底,WuXi Biologics的Dong等發(fā)表文章,基于新上市的MabSelect VL強(qiáng)大特性,分別針對(duì)對(duì)稱型(bsAb A,主要雜質(zhì)為聚集體)及非對(duì)稱型雙抗(bsAb B,雜質(zhì)含半抗、homodimer、3/4抗體以及聚集體)開發(fā)兩步法純化工藝,結(jié)果和基于Protein A的經(jīng)典三步法工藝質(zhì)量屬性相當(dāng),從而節(jié)省了工藝時(shí)間和成本,且步驟少收率更高【9】。
對(duì)稱型雙抗分子兩步法純化工藝開發(fā)
某對(duì)稱型雙抗分子bsAb A,主要雜質(zhì)為聚集體(含量23.3%,SEC-HPLC)。基于Protein L的片段親和捕獲法,在之前的諸多報(bào)道中均被證明可以有效去除雙抗聚集體,且加鹽添加劑效果更佳【8,10】。類似地,作者在MabSelect VL親和捕獲過程中,通過向step梯度洗脫液中加入少量硫酸銨(篩選4/5/6 mM濃度),進(jìn)一步提高了聚集體的去除效果,得到的單體純度范圍在89.8–91.9%之間(SEC-HPLC),與Protein A親和洗脫的單體純度(79.8%)相比有顯著提高,如表2。這可能是由于硫酸銨對(duì)于多結(jié)合價(jià)態(tài)的聚集體的結(jié)合促進(jìn)作用比單體更強(qiáng),放大了二者的親和力差異。但是,更高濃度的硫酸銨提高純度的同時(shí)也會(huì)損失部分收率,最終作者選擇了折中的5 mM硫酸銨并最終成功放大到106 mL,單體純度92%。
表2:針對(duì)MabSelect VL Wash 2及elution buffer中硫酸銨濃度進(jìn)行優(yōu)化,分別添加4/5/6 mM 硫酸銨,即對(duì)應(yīng)洗脫buffer為20 mM NaOAc?HOAc,4/5/6 mM (NH4)2SO4,pH 3.4。上樣量30 mg/mL填料。
剩余8%的聚集體以及其它工藝相關(guān)雜質(zhì)還需要精純進(jìn)一步去除。Cytiva復(fù)合模式填料Capto adhere(ImpRes)可以通過流穿模式有效去除聚集體,因兼具離子、疏水和氫鍵作用,比普通陰離子效果更勝一籌,且耐受鹽濃度也更高,因此常用于開發(fā)雙抗精純工藝【11-15】。
文中WuXi Biologics以高通量的自制96孔板搭配自動(dòng)化移液工作站篩選不同的load pH(5/6/7/8)及l(fā)oad 電導(dǎo)(0/125/250 mM NaCl)對(duì)收率(確保目的樣品充分穿透)及純度的影響。類似的96孔篩選板,可以通過購買Cytiva用于蛋白質(zhì)純化的AcroPrep Advance 96孔濾板(推薦低蛋白吸附PES材質(zhì)Supor濾膜)以及散裝填料DIY自制【16-17】,或直接購買預(yù)先填充填料的PreDictor 96孔板;可以離心操作、使用真空抽濾裝置或搭配自動(dòng)化移液工作站。
圖4:Cytiva AcroPrep Advance 96 孔濾板【16】
結(jié)果如表3所示,對(duì)于Capto Adhere ImpRes,高pH和高電導(dǎo)的上樣條件更利于去除聚集體,但同時(shí)收率也隨之降低。最終選擇折中的50 mM NaOAc-HOAc, 250 mM NaCl(pH 6.0)進(jìn)行平衡和Wash。使用5.4 mL小柱再次驗(yàn)證,同時(shí)測(cè)試兩種上樣量50 mg/mL以及100 mg/mL填料(RT=5 min),SEC-HPLC結(jié)果顯示單體純度分別高達(dá)99.1% (收率73.8%)和98.6%(收率82.7%),有效去除了聚集體。成功開發(fā)兩步法工藝。
表3:使用 96孔板篩選Capto adhere ImpRes精純步驟的上樣條件。樣品為MabSelect VL洗脫對(duì)稱型雙抗分子A(單體純度92%),分別篩選loading pH和電導(dǎo)條件。
非對(duì)稱型雙抗分子兩步法純化工藝開發(fā)
對(duì)于非對(duì)稱型的雙抗分子bsAb B,則具有更復(fù)雜的副產(chǎn)物雜質(zhì)譜,包括典型的半抗、homodimer、3/4抗體以及聚集體。 經(jīng)過Protein A親和后,單體純度僅88.2%(SEC-HPLC)~85%(非還原Caliper毛細(xì)管電泳)。而前期研究中,Protein L對(duì)于這幾類副產(chǎn)物雜質(zhì)均有分離效果【2】。
圖5. 非對(duì)稱型IgG樣雙抗及典型產(chǎn)品相關(guān)雜質(zhì)示意圖【2】
結(jié)果如圖6所示,在拉pH 5-3線性梯度洗脫的過程中,結(jié)合更弱的半抗、knob-knob homodimer(親本結(jié)合更弱)以及3/4抗體出現(xiàn)在低pH淋洗(W)組分中,hole-hole homodimer(親本結(jié)合更強(qiáng))以及聚集體則在洗脫峰尾段(收集組分3)出現(xiàn)。并據(jù)此優(yōu)化為step梯度洗脫(pH 3.9),同時(shí)在wash buffer(pH 4.8)中加入0.2 M辛酸鈉進(jìn)一步促進(jìn)HCP去除,成功放大到106 mL。樣品純度提高至95.2%(SEC-HPLC)~ 98.1%(Caliper)。
圖6. MabSelect VL用于捕獲非對(duì)稱型雙抗bsAb B。柱體積2.9 mL,上樣量40 mg/mL填料,RT=5 min。中間低pH淋洗(W)條件:50 mM NaOAc?HOAc,5 mM NaCl,pH 5.0。洗脫buffer A:50 mM NaOAc?HOAc,5 mM NaCl(pH 5.0),洗脫buffer B:50 mM NaOAc?HOAc,25 mM NaCl(pH 3.0)拉20 CV。Inset: 非還原SDS-PAGE膠圖,M:蛋白marker;L:起始樣品;W:wash;1、2、3為洗脫收集組分,HH和KK分別為hole-hole及knob-knob homodimer標(biāo)準(zhǔn)品。
在精純步驟選擇陽離子交換層析,因其對(duì)該樣品的HCP去除效果優(yōu)于陰離子交換。拉NaCl線性梯度洗脫,將單體純度繼續(xù)提升至~99%。但作者也提示在缺少陰離子步驟的情況下,需要進(jìn)一步驗(yàn)證整體工藝的病毒等雜質(zhì)去除效果是否達(dá)到法規(guī)要求,并進(jìn)行優(yōu)化【18】。
圖7. 針對(duì)對(duì)稱型以及非對(duì)稱型雙抗分子,使用MabSelect VL開發(fā)兩步法工藝及優(yōu)化策略【9】。針對(duì)非對(duì)稱型雙抗也有文獻(xiàn)報(bào)道使用Capto Adhere 等復(fù)合模式填料【8】。
3
MabSelect VL工藝優(yōu)化參考
此外,還可以通過多種策略進(jìn)一步優(yōu)化MabSelect VL對(duì)復(fù)雜抗體的純化效果:
上下游聯(lián)動(dòng):通過分子改造【19-22】、調(diào)整 DNA轉(zhuǎn)染比例【2,23】以及優(yōu)化培養(yǎng)條件【24】,盡可能放大樣品和雜質(zhì)的差異或使表達(dá)向雜質(zhì)差異最大化的方向推進(jìn)。同時(shí)注意提高分子穩(wěn)定性,減少產(chǎn)品/工藝相關(guān)雜質(zhì)【25】。
層析工藝參數(shù)優(yōu)化:優(yōu)化淋洗和洗脫條件,篩選合適的緩沖液類型及濃度【26】、電導(dǎo)(或轉(zhuǎn)換為低pH條件下,僅拉電導(dǎo)梯度洗脫)、pH。優(yōu)化添加劑方案包括類型及濃度,如NaCl、CaCl2、精氨酸、硫酸銨等(注意添加劑效果和Protein A有差異且對(duì)濃度更加敏感)【7,9,27】,同時(shí)考慮對(duì)HCP等雜質(zhì)的去除效果【3,8】 。注意不同工藝參數(shù)(因子)之間是否存在交互效應(yīng)。
填料篩選:雙抗/三抗等復(fù)雜抗體分子產(chǎn)生的片段雜質(zhì)、以及因錯(cuò)配或不完全組裝產(chǎn)生的其它雜質(zhì)分子,在某些亞結(jié)構(gòu)域(如VH/VL)數(shù)量上往往和目標(biāo)分子有差別,優(yōu)先選擇結(jié)合對(duì)應(yīng)區(qū)域的親和填料,而未必是Protein A,依據(jù)結(jié)合價(jià)(Valency)或/及親和力、分子量等的差異,在捕獲階段即有效地去除副產(chǎn)物雜質(zhì),減輕精純壓力,提高整體工藝的穩(wěn)健性。
除了MabSelect VL之外,Cytiva還提供多款不同結(jié)合特性的抗體/片段親和填料,以覆蓋各種分子類型和設(shè)計(jì),如圖8,包括:
基于Protein A改造而來的:PrismA/PrismA X(PrismA配基,結(jié)合Fc區(qū)以及增強(qiáng)結(jié)合VH3)【28,29】、MabSelect VH3(僅結(jié)合VH3,F(xiàn)c區(qū)互作被敲除)【32-33】、MabSelect SuRe(LX)/SuRe 70(SuRe配基,結(jié)合Fc區(qū),如用于FcFc*雙抗)【28,30,31】,對(duì)于低pH敏感樣品還可以選擇溫和洗脫的MabSelect mild elution(僅結(jié)合Fc區(qū))。
基于片段親和的MabSelect VL(結(jié)合kappa輕鏈可變區(qū))、KappaSelect(結(jié)合kappa輕鏈恒定區(qū))【34】和LambdaFabSelect(結(jié)合lambda輕鏈恒定區(qū))。
其中,MabSelect VL以及MabSelect VH3在去除聚集體方面也比經(jīng)典Protein A略勝一籌,可為優(yōu)選【1,9,10,32,35】;且因只結(jié)合Fab區(qū)可能體現(xiàn)出更佳分辨率【1,5,33】;甚至用于homodimer等雜質(zhì)的監(jiān)測(cè)【4,36】。
圖8:Cytiva抗體親和捕獲填料匯總
相對(duì)于在早期文獻(xiàn)中頻繁出現(xiàn)的Capto L,新一代MabSelect VL進(jìn)行了諸多優(yōu)化【37】:
耐堿性:MabSelect VL通常耐受0.1 M NaOH CIP清洗,相對(duì)于Capto L(耐受15 mM NaOH)有顯著提升。針對(duì)實(shí)際料液,還需要考慮樣品的初始結(jié)合強(qiáng)度、蛋白酶以及fouling對(duì)載量的影響,可以根據(jù)料液性質(zhì)優(yōu)化CIP策略【37,38】。
載量:針對(duì)mab、Fab、dAb測(cè)試標(biāo)準(zhǔn)品,MabSelect VL的載量比Capto L有近2倍的提升。對(duì)人IgG標(biāo)準(zhǔn)品的載量高達(dá) 70 mg/mL(RT=6 min),多抗工藝開發(fā)階段通常上樣30-40 mg/mL【1,9,27】。
洗脫pH:可以通過篩選不同的緩沖液體系以及濃度、鹽添加劑等來優(yōu)化并提高M(jìn)abSelect VL的洗脫pH和分辨率。【10,26,39】。
骨架:相對(duì)于Capto骨架,MabSelect骨架更適合抗體大分子,流速壓力性能同樣卓越。
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結(jié)語
綜上,面對(duì)雙抗/三抗等復(fù)雜抗體分子的純化挑戰(zhàn),以MabSelect VL為代表的Protein L親和填料,以強(qiáng)大的抗體副產(chǎn)物雜質(zhì)及聚體去除能力,讓片段親和捕獲再次站在聚光燈下,使得雙抗/三抗等復(fù)雜分子的產(chǎn)品相關(guān)雜質(zhì)去除以及兩步法工藝更加易行,整體工藝更加穩(wěn)健,值得推廣測(cè)試。
聲明:本文為作者原創(chuàng)首發(fā),嚴(yán)禁私自轉(zhuǎn)發(fā)或抄襲,如需轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系并注明轉(zhuǎn)載來源,否則將追究法律責(zé)任
參考文獻(xiàn)
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