土壤體系兼具高度復(fù)雜的微生物多樣性與成分繁雜的微顆粒(含微塑料、礦物、有機(jī)碎屑等)背景??蒲腥藛T既需要在真實(shí)土壤中識(shí)別、分選、培養(yǎng)并解析關(guān)鍵功能菌,也需要具備對(duì)土壤微顆粒的快速成分鑒別與風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估能力。
長(zhǎng)光辰英圍繞PRECI SCS 可視化單細(xì)胞分選儀與P300 共聚焦拉曼光譜儀,構(gòu)建了面向土壤應(yīng)用的整體方案:
· 功能微生物篩選:實(shí)現(xiàn)從“精準(zhǔn)識(shí)別→ 單細(xì)胞分選 → 培養(yǎng)/測(cè)序”的閉環(huán)
· 土壤微顆粒鑒定:實(shí)現(xiàn)從“自動(dòng)掃描 → 成分鑒別 → 形態(tài)/粒徑統(tǒng)計(jì)”的標(biāo)準(zhǔn)流程
覆蓋土壤中“有生命的(微生物)”與“無(wú)生命的(顆粒物)”兩大研究對(duì)象。
目標(biāo):在高顆粒背景下實(shí)現(xiàn)“只分離真正的微生物”。
做法:樣品去雜→ 顯微識(shí)別 → PRECI SCS 單細(xì)胞分選 → MDA/測(cè)序或分選培養(yǎng)。
價(jià)值:建立通用的土壤微生物單細(xì)胞研究框架,減少誤選、提高成功率。
圖1. 土壤樣品前處理流程[1]
圖2.土壤微生物單細(xì)胞分選與MDA擴(kuò)增產(chǎn)物及培養(yǎng)展示
目標(biāo):直接從土壤中找出“真正活躍的耐藥菌”。
做法:D2O + 抗生素共孵育 → 單細(xì)胞拉曼識(shí)別高 C–D 比 → PRECI SCS 精準(zhǔn)分選 → 擴(kuò)增 + 靶向宏基因組。
結(jié)果:定量呈現(xiàn)活性耐藥負(fù)擔(dān),并鎖定攜帶耐藥基因的關(guān)鍵種群。
價(jià)值:為AMR 風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估提供單細(xì)胞級(jí)實(shí)證。
圖3. 重水標(biāo)記抗生素耐藥菌分選測(cè)序流程圖[2]
目標(biāo):驗(yàn)證是否存在能夠獨(dú)立完成“甲烷依賴全程反硝化”的單一菌株。
做法:長(zhǎng)期富集→ 形態(tài)篩選 → PRECI SCS分選 → 純培養(yǎng) →13C–CH?/1?N–NO??同位素驗(yàn)證。
結(jié)果:成功分離到可單獨(dú)完成“硝酸鹽→氮?dú)狻比^(guò)程的菌株。
價(jià)值:對(duì)碳氮循環(huán)研究與減排工藝具有重要意義。
圖4. 目標(biāo)功能菌單細(xì)胞分選[3]
圖ac為分選前圖像,圖bd為分選后圖像
圖5. 長(zhǎng)光辰英-厭氧單細(xì)胞前處理和分選平臺(tái)
目標(biāo):在不同管理土壤中識(shí)別“真正高活性的溶磷菌”。
做法:去除溶磷干擾→ D2O 標(biāo)記 → 單細(xì)胞拉曼定量 C–D 比 → PRECI SCS 分選 → 16S/宏基因組注釋。
結(jié)果:揭示關(guān)鍵溶磷相關(guān)酶、碳代謝通路與功能菌定位。
價(jià)值:助力農(nóng)業(yè)微生物肥料開發(fā)與精準(zhǔn)施肥。
圖6. 基于拉曼分選的活性溶磷菌篩選與功能解析平臺(tái)[4]
目標(biāo):在復(fù)雜土壤背景中快速區(qū)分各類微顆粒(含微塑料、礦物、有機(jī)碎屑等)。
做法:篩分/浮選/氧化 → 濾膜收集 → P300 自動(dòng)掃描定位 → 單顆粒譜庫(kù)匹配種類(如 PS、PVC、PET、礦物等)。
結(jié)果:實(shí)現(xiàn)粒徑—形態(tài)—顏色—成分四類指標(biāo)的統(tǒng)一檢測(cè),形成標(biāo)準(zhǔn)化微顆粒分析流程。
價(jià)值:同時(shí)適用于微塑料污染研究、生態(tài)影響評(píng)估、土壤質(zhì)量監(jiān)測(cè)。
圖7 纖維濾膜上微塑料的檢測(cè)結(jié)果
(A)PS微塑料的顯微圖像;(B)PS微塑料與譜圖庫(kù)的匹配結(jié)果;
(C)PVC微塑料的顯微圖像;(D)PVC微塑料與譜圖庫(kù)的匹配結(jié)果
基于PRECI SCS-R300的“功能菌識(shí)別—精準(zhǔn)分選—培養(yǎng)/測(cè)序”路徑,與P300的“微顆粒快速掃描—成分鑒別—定量統(tǒng)計(jì)”路徑并行,共同組成長(zhǎng)光辰英面向土壤生態(tài)與環(huán)境科學(xué)的整體解決方案:
對(duì)土壤微生物:能“看得清、分得準(zhǔn)、養(yǎng)得活”
對(duì)土壤微顆粒:能“識(shí)得準(zhǔn)、測(cè)得快、溯得清”
讓科研人員在同一體系內(nèi)完成“活菌分選更精準(zhǔn),顆粒識(shí)別更清晰”,為農(nóng)業(yè)土壤改良、生態(tài)過(guò)程解析、污染監(jiān)測(cè)與環(huán)境風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估提供堅(jiān)實(shí)支撐。
參考文獻(xiàn):
[1] Berry, Andrew E., et al. "Isolation of high molecular weight DNA from soil for cloning into BAC vectors." FEMS microbiology letters 223.1 (2003): 15-20.
[2] Li, Hong-Zhe, et al. "Active antibiotic resistome in soils unraveled by single-cell isotope probing and targeted metagenomics." Proceedings of the National Academy of Sciences 119.40 (2022): e2201473119.
[3] Yao, Xiangwu, et al. "Methane-dependent complete denitrification by a single Methylomirabilis bacterium." Nature Microbiology 9.2 (2024): 464-476.
[4] Li, Hong-Zhe, et al. "Single-cell exploration of active phosphate-solubilizing bacteria across diverse soil matrices for sustainable phosphorus management." Nature Food 5.8 (2024): 673-683.
2025-11-14
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