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2025-05-17 20:12:10甲基化修飾多肽
甲基化修飾多肽是指多肽分子中某些氨基酸的側(cè)鏈基團(tuán)被甲基基團(tuán)取代后的產(chǎn)物。這種修飾可以改變多肽的生物活性、穩(wěn)定性和代謝特性。甲基化修飾多肽在生物醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)科學(xué)等領(lǐng)域具有廣泛應(yīng)用,如作為藥物候選分子、植物生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑等。它們具有特異性高、活性強(qiáng)等特點(diǎn),為相關(guān)領(lǐng)域的研究和應(yīng)用提供了新的工具和方法。

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2022-12-30 09:07:28科學(xué)家揭示DNA主動(dòng)去甲基化相關(guān)機(jī)制
    在今日《科學(xué)》的論文中,André Nussenzweig研究團(tuán)隊(duì)以有絲***后的神經(jīng)元和巨噬細(xì)胞為研究體系,發(fā)現(xiàn)DNA主動(dòng)去甲基化對(duì)于增強(qiáng)子激活是必要的,并且解釋了神經(jīng)元和巨噬細(xì)胞增強(qiáng)子上DNA單鏈損傷的來源以及闡述其中的機(jī)制。    據(jù)研究者介紹,在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中,5-甲基胞嘧啶(5mC)是***主要的DNA修飾,它對(duì)于發(fā)育和細(xì)胞分化有重要作用。5mC可被TET酶氧化為5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)、5-甲?;奏ぃ?fC)和5-羧基胞嘧啶(5caC),引起DNA去甲基化。    在DNA主動(dòng)去甲基化過程中,5fC和5caC被胸腺嘧啶DNA糖基化酶(TDG)切除產(chǎn)生無(wú)堿基位點(diǎn),并后續(xù)產(chǎn)生DNA單鏈損傷。其能通過堿基切除修復(fù)(BER)途徑***終修復(fù)轉(zhuǎn)化為C堿基。    根據(jù)過往研究數(shù)據(jù),研究者推測(cè)單鏈DNA損傷可能與TET-TDG介導(dǎo)的5fC/5caC切除有關(guān)。利用細(xì)胞工程獲得的興奮性神經(jīng)元(iNeuron),研究者降低了細(xì)胞TDG水平,結(jié)果發(fā)現(xiàn)此行為可讓神經(jīng)元中可以積累大量的5fC/caC。    隨后,研究者利用課題組開發(fā)的DNA單鏈損傷檢測(cè)技術(shù)發(fā)現(xiàn),降低TDG水平幾乎消除了DNA單鏈損傷。這也說明,神經(jīng)元中DNA單鏈損傷來源于TDG依賴的DNA主動(dòng)去甲基化。▲研究示意圖(圖片來源:Active DNA demethylation damages DNA,DOI:     除了在神經(jīng)細(xì)胞增強(qiáng)子上觀察到重復(fù)出現(xiàn)的DNA損傷修復(fù)事件,研究者還使用了由前體B細(xì)胞轉(zhuǎn)分化來源的巨噬細(xì)胞作為測(cè)試對(duì)象。通過CRISPR/Cas9敲除TET2和TDG蛋白,研究者也在巨噬細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了主動(dòng)去甲基化引起的DNA單鏈損傷和修復(fù)過程。    不過兩者也有著略微的區(qū)別,巨噬細(xì)胞偏好使用短補(bǔ)丁堿基切除修復(fù)(short-patch BER)以填補(bǔ)單核苷酸斷裂缺口,而神經(jīng)元會(huì)同時(shí)使用長(zhǎng)補(bǔ)丁堿基切除修復(fù) (long-patch BER)和短補(bǔ)丁堿基切除修復(fù)。    根據(jù)論文,TDG缺失不會(huì)影響巨噬細(xì)胞和神經(jīng)細(xì)胞的分化,卻會(huì)在分化過程中讓數(shù)千種基因的表達(dá)發(fā)生變化。這對(duì)細(xì)胞的行為是有影響的,例如TDG缺失削弱了巨噬細(xì)胞吞噬細(xì)菌的能力。而TDG被敲除,會(huì)部分影響神經(jīng)元分化成熟相關(guān)基因的表達(dá)上調(diào),包括神經(jīng)突觸前信號(hào)通路調(diào)控的相關(guān)基因。    研究者指出,新研究發(fā)現(xiàn)的機(jī)制對(duì)于腫瘤治有一定啟示意義。在DNA 主動(dòng)去甲基化過程中,若使用抗腫瘤胞嘧啶類似物(Ara-C)中斷DNA修復(fù)會(huì)觸發(fā) TDG 依賴性DNA損傷應(yīng)答和神經(jīng)元死亡,這表明神經(jīng)元在正常分化和分化成熟后內(nèi)在的生理活動(dòng)可能會(huì)導(dǎo)致化療造成的神經(jīng)損傷。    André Nussenzweig課題組博士后王東鵬,吳薇(兼共同通訊作者,現(xiàn)為中科院分子細(xì)胞科學(xué)***創(chuàng)新中心研究員)和研究科學(xué)家Elsa Callen為該論文的共同***作者。    現(xiàn)階段核酸檢測(cè)是分析疾病的重要手段,洛陽(yáng)吉恩特生物giant-bio自主研發(fā)生產(chǎn)的納米核酸提取磁珠(DNA/RNA提取磁珠) 磁響應(yīng)時(shí)間迅速,提取效率高,可明顯縮短實(shí)驗(yàn)時(shí)間,提高實(shí)驗(yàn)效率,并在提取結(jié)果上保持穩(wěn)定,另外羧基磁珠和氨基磁珠也是制作免疫磁珠的重要原料。
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2022-05-06 09:04:16多肽芯片能用在哪里?
多肽芯片能用在哪里?多肽芯片是一種新型的生物芯片,是研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)或其他物質(zhì)(如核酸、多糖、化合物)之間相互作用最直觀的研究技術(shù)。多肽芯片在諸多領(lǐng)域中具有廣泛的應(yīng)用前景,如疫苗開發(fā)、藥物研發(fā)和篩選、臨床檢測(cè)以及蛋白質(zhì)的基礎(chǔ)功能研究。 多肽芯片可用在抗原表位篩選、藥物開發(fā)及篩選、臨床檢測(cè)等。l  多肽芯片在抗原表位篩選方面體現(xiàn)出巨大的優(yōu)勢(shì),可大量縮短開發(fā)時(shí)間,為前期的抗體篩選提供準(zhǔn)確的指標(biāo)和快速的反饋;l  多肽芯片為藥物開發(fā)及篩選提供有效的解決平臺(tái),可有效提高新藥研發(fā)的成功功率,降低研發(fā)失敗的可能性,加快藥物研發(fā)進(jìn)程;l  現(xiàn)代醫(yī)療技術(shù)顯示,大多數(shù)疾病與蛋白質(zhì)表達(dá)異常有關(guān),通過檢測(cè)患者樣本中的蛋白活性即可找到其發(fā)病機(jī)理,多肽芯片技為該難題提供了快捷的方法,使得對(duì)癥下藥成為可能。 Aurora提供多肽芯片的制備用到的微陣列點(diǎn)樣設(shè)備——多肽芯片點(diǎn)樣儀Aurora多肽芯片點(diǎn)樣儀采用化學(xué)固相合成法,可按需制備穩(wěn)定的多肽微陣列芯片,如新冠病毒原始毒株及其突變體奧密克戎S蛋白、N蛋白的微陣列芯片,更多產(chǎn)品詳情可進(jìn)一步了解產(chǎn)品價(jià)格或技術(shù)參數(shù)等信息,直接聯(lián)系A(chǔ)urora員?!緝?nèi)容源自Aurorabiomed公眾號(hào)《多肽芯片為什么那么火?》,轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明】Aurora集團(tuán)30年來致力于制造生物醫(yī)藥領(lǐng)域自動(dòng)化高通量設(shè)備。
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2022-04-29 09:33:56什么是多肽芯片技術(shù)?
什么是多肽芯片?多肽芯片是一種新型的生物芯片,是研究蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)或其他物質(zhì)(如核酸、多糖、化合物)之間相互作用最直觀的研究技術(shù)。多肽芯片在諸多領(lǐng)域中具有廣泛的應(yīng)用前景,如疫苗開發(fā)、藥物研發(fā)和篩選、臨床檢測(cè)以及蛋白質(zhì)的基礎(chǔ)功能研究。 多肽芯片如何制備多肽芯片是將已知的蛋白序列或任意設(shè)計(jì)的氨基酸序列分解成包含重疊氨基酸的多肽片段,將這些多肽片段按一定次序固定在經(jīng)特殊處理過的載體基質(zhì)上,每張芯片包含成千上萬(wàn)甚至更多的肽鏈。將待測(cè)物與芯片反應(yīng),經(jīng)過免疫檢測(cè)技術(shù)發(fā)現(xiàn)與待測(cè)物有結(jié)合反應(yīng)的位點(diǎn)/域,經(jīng)過圖像數(shù)據(jù)處理與分析,尋找蛋白質(zhì)/氨基酸與待測(cè)物的結(jié)合部位。 多肽芯片技術(shù)及儀器l  多肽芯片技術(shù)可高通量點(diǎn)樣,多肽芯片上承載大量的多肽片段,可快速高效的找到相應(yīng)結(jié)合位點(diǎn)/域;l  點(diǎn)樣技術(shù)穩(wěn)定可靠,多肽芯片上固載的多肽片段包含蛋白全序列,相對(duì)于原大分子蛋白質(zhì)而言更穩(wěn)定,不易分解失活,采集的數(shù)據(jù)更為準(zhǔn)確;l  點(diǎn)樣靈活多樣,多肽片段可不局限于已知的蛋白結(jié)構(gòu),構(gòu)成多肽分子的氨基酸可以是進(jìn)行過化學(xué)修飾的非天然氨基酸,在藥物研發(fā)和篩選方面具有很強(qiáng)的靈活性;l  Aurora多肽芯片點(diǎn)樣儀:Aurora集團(tuán)30年來致力于制造生物醫(yī)藥領(lǐng)域自動(dòng)化高通量設(shè)備。Aurora多肽芯片點(diǎn)樣儀采用化學(xué)固相合成法,可按需制備穩(wěn)定的多肽微陣列芯片,如新冠病毒原始毒株及其突變體奧密克戎S蛋白、N蛋白的微陣列芯片,更多產(chǎn)品詳情可進(jìn)一步了解產(chǎn)品價(jià)格或技術(shù)參數(shù)等信息【內(nèi)容源自Aurorabiomed公眾號(hào)《多肽芯片為什么那么火?》,轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明】
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2022-05-11 09:13:15如何讓多肽芯片制備更高效?
如何讓多肽芯片制備更高效?多肽芯片的制備原理?多肽芯片是將已知的蛋白序列或任意設(shè)計(jì)的氨基酸序列分解成包含重疊氨基酸的多肽片段,將這些多肽片段按一定次序固定在經(jīng)特殊處理過的載體基質(zhì)上,每張芯片包含成千上萬(wàn)甚至更多的肽鏈。將待測(cè)物與芯片反應(yīng),經(jīng)過免疫檢測(cè)技術(shù)發(fā)現(xiàn)與待測(cè)物有結(jié)合反應(yīng)的位點(diǎn)/域,經(jīng)過圖像數(shù)據(jù)處理與分析,尋找蛋白質(zhì)/氨基酸與待測(cè)物的結(jié)合部位。 多肽芯片技術(shù)具備高通量,穩(wěn)定可靠,靈活多樣的特點(diǎn)。多肽芯片上承載大量的多肽片段,可快速、有效的找到相應(yīng)結(jié)合位點(diǎn)/域;多肽芯片上固載的多肽片段包含蛋白全序列,相對(duì)于原大分子蛋白質(zhì)而言更穩(wěn)定,不易分解失活,采集的數(shù)據(jù)更為準(zhǔn)確;多肽片段可不局限于已知的蛋白結(jié)構(gòu),構(gòu)成多肽分子的氨基酸可以是進(jìn)行過化學(xué)修飾的非天然氨基酸,在藥物研發(fā)和篩選方面具有很強(qiáng)的靈活性; Aurora多肽芯片點(diǎn)樣儀讓多肽芯片制備更高效!Aurora集團(tuán)30年來致力于制造生物醫(yī)藥領(lǐng)域自動(dòng)化高通量設(shè)備。Aurora多肽芯片點(diǎn)樣儀采用化學(xué)固相合成法,可按需制備穩(wěn)定的多肽微陣列芯片,如新冠病毒原始毒株及其突變體奧密克戎S蛋白、N蛋白的微陣列芯片,更多產(chǎn)品詳情可進(jìn)一步了解產(chǎn)品價(jià)格或技術(shù)參數(shù)等信息,請(qǐng)發(fā)郵件至market@aurorabiomed.com.cn或直接聯(lián)系A(chǔ)urora銷售人員?!緝?nèi)容源自Aurorabiomed公眾號(hào)《多肽芯片為什么那么火?》,轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明
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2022-11-29 12:00:18【Application Note】受阻、非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸的微波輔助多肽固相合成
摘要?微波增強(qiáng)的多肽固相合成(SPPS)能夠快速有效地進(jìn)行大體積氨基酸(如Aib和N-Me-A)的常規(guī)困難偶聯(lián)? 酰基載體蛋白衍生物VQAibAibIDYINGOH和VQ(N-Me-A)(N-Me-A)IDYING-OH的合成在2小時(shí)內(nèi)完成,純度分別為95%和86%? GEQKLGAibAibAibASEESLG-NH2的合成在3小時(shí)內(nèi)完成,純度為 89%介紹在許多生物學(xué)相關(guān)的化合物中都可以找到受阻的非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸,例如α-氨基異丁酸(Aib)和N-甲基丙氨酸((N-Me)-A)(圖1)1-3。然而,包括Aib或N-甲基化氨基酸的肽合成已被證明具有挑戰(zhàn)性;第二個(gè)甲基引入的空間位阻,無(wú)論是在α-碳還是酰胺氮上,都使這些氨基酸衍生物在傳統(tǒng)SPPS中難以偶聯(lián)。圖1 位阻、非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸然而,通過使用微波增強(qiáng)的SPPS,與受阻非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸相關(guān)的困難已被最小化。在SPPS中使用微波能量可以快速有效地完成大體積氨基酸(如Aib和N-甲基丙氨酸)的常規(guī)困難偶聯(lián)4,5。材料和方法試劑N-α-Fmoc-α-氨基異丁酸獲自AnaSpec(Freemont,CA)。Fmoc-N-Me-Ala-OH獲自Peptides International(Louisville,KY)。所有其他氨基酸均獲自CEM Corporation(Matthews,NC),并含有以下側(cè)鏈保護(hù)基團(tuán):Asn(Trt)、Asp(OMpe)、Gln(Trt)、Glu(OtBu)、Lys(Boc)、Ser(OtBu) 和Tyr(tBu) 。Oxyma Pure和Rink Amide ProTideTM LL樹脂購(gòu)自CEM Corporation(Matthews,NC)。N,N-二異丙基碳二亞胺(DIC)獲自CreoSalus(Louisville,KY)。Fmoc-Gly-Wang Resin LL購(gòu)自NovaBiochem(St.Louis,MO)。哌啶獲自Alfa Aesar(Ward Hill,MA)。三氟乙酸(TFA)、3,6-dioxa-1,8-octanedithiol(DODT)、三異丙基硅烷(TIS)和乙酸購(gòu)自Sigma-Aldrich(St.Louis,MO)。二氯甲烷(DCM)、N,N-二甲基甲酰胺(DMF)和無(wú)水乙 醚(Et2O)購(gòu)自VWR (West Chester,PA)。HPLC級(jí)水(H2O)和HPLC級(jí) 乙 腈(MeCN) 購(gòu) 自 Fisher Scientific (Waltham, MA) 。多肽合成:GEQKLGAibAibAibASEESLG-NH2使用CEM Liberty Blue?自動(dòng)微波肽合成儀在Rink Amide ProTide LL樹脂(離子交換容量:0.18meq/g)上以0.1mmol規(guī)模制備多肽。用哌啶和Oxyma Pure在DMF中進(jìn)行脫保護(hù)。使用DMF中的DIC、DMF中的Oxyma Pure和5倍過量的Fmoc-AA-OH進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使用具有TFA/H2O/TIS/DODT的CEM Razor高通量肽切割系統(tǒng)進(jìn)行切割。裂解后,肽在無(wú)水乙 醚中沉淀并凍干過夜。多肽合成:VQAibAibIDYING-OH使用CEM Liberty Blue自動(dòng)微波肽合成儀在FmocGly-Wang LL 樹脂(離子交換容量:0.33meq/g)上以0.1mmol規(guī)模制備。用哌啶和Oxyma Pure在DMF中進(jìn)行脫保護(hù)。使用DMF中的DIC、DMF中的Oxyma Pure和5倍過量的Fmoc-AA-OH進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使用具有 TFA/H2O/TIS/DODT的CEM Razor高通量肽切割系統(tǒng)進(jìn)行切割。裂解后,肽在無(wú)水乙 醚中沉淀并凍干過夜。多肽合成:VQ(N-Me-A)(N-Me-A)IDYING-OH使用CEM Liberty Blue自動(dòng)微波肽合成儀在FmocGly-Wang LL 樹脂(離子交換容量:0.19meq/g)上以0.1mmol規(guī)模制備肽。用哌啶和Oxyma Pure在DMF中進(jìn)行脫保護(hù)。使用DMF中的DIC、DMF中的Oxyma Pure和5倍過量的Fmoc-AA-OH進(jìn)行偶聯(lián)反應(yīng)。使用具有 TFA/H2O/TIS/DODT的CEM Razor高通量肽切割系統(tǒng)進(jìn)行切割。裂解后,肽在無(wú)水乙 醚中沉淀并凍干過夜。多肽分析在配備有PDA檢測(cè)器的Waters Acquity UPLC系統(tǒng)上分析肽,該檢測(cè)器配備Acquity UPLC BEH C8柱(1.7mm和2.1x100mm)。UPLC系統(tǒng)連接到Waters 3100 Single Quad MS用于結(jié)構(gòu)測(cè)定。在Waters MassLynx軟件上進(jìn)行峰分析。使用(i)H2O和(ii)MeCN中的0.1%TFA梯度洗脫進(jìn)行分離。結(jié)果在Liberty Blue自動(dòng)微波肽合成儀上GEQKLGAibAibAibAibASEEDLG-NH2的微波增強(qiáng)SPPS產(chǎn)生了89%純度的目標(biāo)肽(圖2)。圖2.GEQKLGAibAibAibASEEDLG-NH2的HPLC色譜圖在Liberty Blue自動(dòng)微波肽合成儀上的VQAibAibIDYING-OH的微波增強(qiáng)SPPS產(chǎn)生了純度為95% 的目標(biāo)肽(圖3)。圖 3:VQAibAibIDYING-OH的HPLC色譜圖在Liberty Blue自動(dòng)微波肽合成儀上的VQ(N-Me-A)(N-Me-A)IDYING-OH的微波增強(qiáng)SPPS產(chǎn)生了純度為86%的目標(biāo)肽(圖4)。圖 4:VQ(N-Me-A)(N-Me-A)IDYING-OH的HPLC色譜圖結(jié)論微波增強(qiáng)的SPPS能夠快速有效的進(jìn)行大體積氨基酸(如Aib和N-Me-A)的常規(guī)困難偶聯(lián)。常規(guī)合成GEQKLGAibAibAibASEEDLG-NH2需要40小時(shí)且純度< 10%,但微波增強(qiáng)SPPS在3小時(shí)內(nèi)產(chǎn)生目標(biāo)肽且純度為89%。此外,?;d體蛋白衍生物VQAibAibIDYING-OH和VQ(N-Me-A)(N-Me-A)IDYING-OH的合成在2小時(shí)內(nèi)完成,純度分別為95% 和86%。微波增強(qiáng)的SPPS已被證明是一種有效的工具,可以最 大限度地減少SPPS中受阻的非標(biāo)準(zhǔn)氨基酸相關(guān)的困難。參考文獻(xiàn)Mueller, P.; Rudin, D. O. Nature. 1968, 217, 713–719.Rebuffat, S.; Goulard, C.; Hlimi, S.; Bodo, B. J. Pept. Sci. 2000, 6, 519–533.Ahmed, G.; Elger, W.; Meece, F.; Nair, H. B.; Schneider, B.; Wyrwa, R.; Nickisch, K. Bioorg. Med. Chem. 2017, 25, 5569–5575. Collins, J. M. Microwave-Enhanced Synthesis of Peptides, Proteins, and Peptidomimetics. In Microwaves in Organic Synthesis, Third Edition; de la Hoz, A.; Loupy, A.; Wiley-VCH: Weinheim, 2012; 897–959.Ben Haj Salah, K.; Inguimbert, N. Org. Lett. 2014, 16 (6), 1783–1785.
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