相信在PCR時大家遇到Z為關(guān)鍵的問題就是關(guān)于退火溫度的探索下面我們就來談?wù)勥@方面的內(nèi)容
1. 公式計算
退火溫度=Tm-(5~8);Tm=4×(G+C)+2×(A+T)首先用公式計算出引物Tm值,退火溫度粗略的比引物的Tm低5左右,此法所得結(jié)果較為粗略
2. 軟件計算
將設(shè)計的引物和PCR產(chǎn)物放到Oligo 6 或Primer5中去評價,軟件分析得出**的退火溫度和循環(huán)參數(shù)此法所得結(jié)果較為接近實際退火溫度
3. 用梯度PCR儀探索退火溫度
下面我們以12x8的96孔梯度PCR儀來為例說明首先設(shè)定溫度梯度,例如設(shè)定初始溫度為58,溫度梯度是12,那么每一排的溫度差就是12/12(可設(shè)12個溫度梯度的梯度PCR儀,每一排即每8個孔溫度相同)然后,PCR結(jié)束后點樣觀測哪個溫度的樣品條帶**,進而確定該引物的退火溫度
用梯度PCR儀尋找**PCR退火溫度方便簡單,能夠減少尋找**退火時所需PCR循環(huán)的次數(shù)和時間
4.關(guān)于引物產(chǎn)品說明書標明的退火溫度
一般情況下合理的退火溫度約是從55到70退火溫度的設(shè)定一般要比引物的Tm低5實驗過程中設(shè)置退火溫度時應(yīng)比引物產(chǎn)品說明書標明的退火溫度高出1~2**
以上就是常見關(guān)于退火溫度的探索,僅供參考實際操作中只要大家多多操作,認真探索,解決這個問題并不困難 梯度PCR基因擴增儀(科研及教學(xué)專用)
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