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儀器網(wǎng)/ 應(yīng)用方案/ STAR Protocols | RTCA技術(shù):SARS-CoV-2中和抗體高通量篩選和病毒逃逸鑒定的解決方案

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在COVID-19大肆流行的當(dāng)下,截至目前為止,全 球已超過5.6億人次感染,并導(dǎo)致超過637萬人死亡。因此針對SARS-CoV-2中和抗體的快速開發(fā)尤為重要。在抗體開發(fā)過程中,中和抗體篩選實驗常用的細(xì)胞病變實驗(Cytopathic effect,CPE),指由病毒感染引起的宿主細(xì)胞的活率和形態(tài)變化,主要觀察的CPE包括細(xì)胞的腫脹皺縮,變圓,裂解,脫落,形成蝕斑和聚團(tuán)等。傳統(tǒng)的CPE檢測通常依靠顯微鏡下的肉眼觀察,數(shù)據(jù)記錄困難。同時傳統(tǒng)CPE數(shù)據(jù)分析需要經(jīng)驗豐富的研究人員進(jìn)行人工鑒定,耗費(fèi)時間精力,而且很難避免人為導(dǎo)致的主觀判斷差異。


安捷倫xCELLigence 實時細(xì)胞分析儀(Real-time cell analysis,RTCA)可靈敏的捕獲到細(xì)胞活率和形態(tài)的變化,可在數(shù)天內(nèi)持續(xù)跟蹤病毒致CPE,體外單克隆抗體中和測定使用RTCA能夠?qū)Σ《靖腥炯?xì)胞中的CPE 進(jìn)行高通量、定量動力學(xué)測量。


2022年6月17日,美國范德堡大學(xué)醫(yī)學(xué)中心在CELL旗下的STAR PROTOCOLS雜志發(fā)表了題為“Real-time cell analysis: A high-throughput approach for testing SARS-CoV-2 antibody neutralization and escape”的研究方案論文。該文章為我們詳細(xì)介紹了一種用于評估抗體中和的RTCA 方法,描述了如何評估單克隆抗體(mAb) 的中和效力,并鑒定對中和抗體逃逸的病毒突變體。在此之前,該團(tuán)隊已經(jīng)應(yīng)用RTCA作為高通量中和抗體篩選手段在多個頂 級期刊發(fā)表多個高水平文章。


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該研究詳細(xì)描述了基于 RTCA 的工作流程體外單克隆抗體對病毒的中和測定和鑒定表達(dá)SARS-CoV-2 刺突蛋白的可復(fù)制的重組水泡性口炎病毒(rVSV-SARS-CoV-2) 的逃逸突變體[1,2](圖1)。基于RTCA的中和作用檢測是通過測量由病毒感染細(xì)胞單層引起的細(xì)胞阻抗變化,Z 終結(jié)果顯示為細(xì)胞指數(shù)的變化(Cell index, CI)。


不局限于SARS-CoV-2病毒中和抗體的研究,該團(tuán)隊?wèi)?yīng)用RTCA已經(jīng)在埃博拉病毒、寨卡病毒、流感病毒和尼帕病毒中和抗體的識別和表征方面取得了很多優(yōu)異的結(jié)果[3-7]。


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在這一實驗方案中,首先利用RTCA進(jìn)行病毒滴定,梯度稀釋rVSV-SARS-CoV-2病毒并在RTCA上進(jìn)行Vero CCL81細(xì)胞的CPE實驗,Z 終選擇加入病毒后40h內(nèi)達(dá)到完全CPE的1:160的稀釋比例進(jìn)行后續(xù)中和抗體實驗(圖2)。然后RTCA抗體的中和實驗將需要測試的抗體以及對照抗體進(jìn)行梯度稀釋(圖3.A),與病毒混合后加入到單層Vero CCL81細(xì)胞中在RTCA上進(jìn)行實時監(jiān)測,Z 終結(jié)果使用非線性擬合和可變斜率分析計算抗體的RTCA IC50值以呈現(xiàn)mAb的中和曲線(圖4)。


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該研究也同時描述了病毒變體篩選實驗方案,與抗體中和實驗不同,該實驗使用10倍過量病毒,且單一濃度的抗體,同樣應(yīng)用RTCA進(jìn)行長期的觀察來區(qū)分病毒直接引起的CPE和中和抗體引起的延遲CPE以識別逃逸的突變病毒(圖5.A)。為了驗證逃逸的病毒,收集逃逸孔中的病毒,在隨后的RTCA 實驗中,不同mAb在高濃度(比飽和中和濃度高兩倍)情況下重新評估分離的病毒,參見圖5B。將逃逸的病毒分離并在六孔板中進(jìn)行繁殖,后續(xù)進(jìn)行病毒RNA提取以及建庫進(jìn)行測序,從而鑒定出病毒的突變位點。


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總結(jié):通過該方案,可以高效的鑒定出SARS-CoV-2的中和抗體,并快速的鑒定和分離出抗體逃逸的突變毒株。其中,RTCA作為一種高通量的技術(shù)不僅可以在48-72長時間實時監(jiān)測抗體的中和,其結(jié)果與傳統(tǒng)方法也高度一致[5]。


目前傳統(tǒng)的病毒中和抗體的篩選方法多基于觀察法,但是該方法費(fèi)時費(fèi)力,數(shù)據(jù)記錄困難,特別不適用于高通量的篩選工作。安捷倫xCELLigence RTCA無需對細(xì)胞做任何標(biāo)記就可以實時分析細(xì)胞的生長,全程自動檢測病毒感染細(xì)胞的動力學(xué)變化,Z 大程度減少了手動樣品處理,提升實驗效率,準(zhǔn)確性和重復(fù)性。其中xCELLigence RTCA HT 與xCELLigence RTCA MP 分別配備384 well和6*96 well的通量,滿足高通量需求,簡化篩選工作,同時保證數(shù)據(jù)的穩(wěn)定輸出。


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