手工測序以及自動測序均屬于DNA序列測定，手工測序可分為maxam-gilbert化學降解法與sanger雙脫氧鏈終止法，事實上，目前dna序列分析的主流是自動測序。373型、377型、310型、3700和3100型等多種型號DNA測序儀均已經(jīng)被美國pe abi公司生產(chǎn)出來了，在這幾款DNA測序儀中，臨床檢測實驗室使用Z多的一種型號要屬310型。

SOLiD測序技術

由哈佛大學 Church 研究小組成員Shendure等Z初發(fā)明SOLiD測序技術。

1、首先對DNA文庫進行制備，片段文庫以及配對末端文庫這兩種測序文庫SOLiD技術都支持。打斷待測的DNA分子，并且將接頭加在兩端，那么就會使片段文庫能夠組成。而對末端文庫進行配對就是首先打斷DNA分子，將internal接頭和EcoP15 酶切位點加到中間以后進行環(huán)化，之后使用EcoP15進行酶切，使得各有27bp的堿基位于接頭的兩端。Z后將接頭加在兩端，使得文庫構成，在拷貝數(shù)的分析、結構重排、SNP分析、全基因組測序等相關領域非常適合應用。

2、第二個階段相同于54焦磷酸測序法，將磁珠等反應元件加入，進行emPCR 平行擴增，磁珠只有1μm是不同點。在連接測序中，8個堿基的八聚體單鏈熒光探針為底物，四種不同顏色的熒光染料分別標記于5′末端。

3、有五輪連接反應包含于一次測序中，每輪連接反應首先在引物上由3個堿基“n”介導連接八聚體，測序儀對熒光染料信號進行記錄，之后將堿基“z”斷裂掉，準備對下一個八聚體進行連接，一次循環(huán)后，重置引物，進行第二輪連接反應，和前一輪反應相比較，位置錯開一位，如此，第1、2位有兩次連接引物上的每個堿基，使得測序誤差得到顯著的減小。

DNA測序方法的飛速發(fā)展除了使人類的全基因組序列為我們所知曉，而且還使得我們充分掌握了小麥、水稻、家蠶以及很多細菌。此時，科學家們的新目標也就變成了對一段序列所代表的生物學意義的探明。用于編碼基因僅僅只有1.5%存在于核苷酸組成的龐大序列中，除此以外，扮演調控基因表達的角色有少許，其中功能未知的“垃圾DNA”占絕大部分，這一發(fā)現(xiàn)是科學家通過分析人類基因組序列獲得的。由表面可知，人與人之間有著繽紛復雜的不同之處，然而，深入到DNA水平上，卻僅僅存在0.1%基因編碼序列上的不同。大多數(shù)時候，人與人之間在一條序列上的差異只有一個核苷酸，科學家將這種現(xiàn)象命名為單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphisms，簡稱SNPs）。

在DNA測序商業(yè)化的浪潮下，完成5個以上有重大經(jīng)濟價值的基因或蛋白的轉化應用、約500個新的功能基因的發(fā)現(xiàn)，10000種微生物、100種動植物基因組測序等目標在我國《生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展“十二五”規(guī)劃》中被提出。根據(jù)30-50萬元為微生物進行“基因組完成圖”測序的大致費用而言，千億元級別為DNA測序帶來的市場容量，其還只是DNA測序商業(yè)應用市場的冰山一角。