手工測(cè)序以及自動(dòng)測(cè)序均屬于DNA序列測(cè)定，手工測(cè)序可分為maxam-gilbert化學(xué)降解法與sanger雙脫氧鏈終止法，事實(shí)上，目前dna序列分析的主流是自動(dòng)測(cè)序。373型、377型、310型、3700和3100型等多種型號(hào)DNA測(cè)序儀均已經(jīng)被美國(guó)pe abi公司生產(chǎn)出來(lái)了，在這幾款DNA測(cè)序儀中，臨床檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室使用Z多的一種型號(hào)要屬310型。

非同位素銀染色法

SILVER SEQUENCETM DNA測(cè)序系統(tǒng)為一種無(wú)放射性的序列分析系統(tǒng)，，對(duì)于凝膠中的條帶的檢測(cè)利用靈敏的銀染方法來(lái)進(jìn)行，相對(duì)于放射性或熒光法而言，一種成本更低，速度更快的替代方法為銀染所提供，而且還能夠在同一天內(nèi)使測(cè)序結(jié)果得到。能夠做到常規(guī)的放射性測(cè)序法無(wú)法做到的在結(jié)束電泳90分鐘就能夠?qū)π蛄羞M(jìn)行讀取。除此以外，未修飾的5'OH寡聚核苷酸被SILVER SEQUENCETM系統(tǒng)作為引物，使得特殊修飾寡聚核苷酸的花費(fèi)減少了。該系統(tǒng)不但放射性方法中謹(jǐn)慎操作同位素不需要，而且熒光法或化學(xué)發(fā)光技術(shù)的昂貴試劑也不需要。除此以外序列條帶的檢測(cè)根據(jù)熒光法那樣對(duì)機(jī)器進(jìn)行使用也不需要。

引物延伸在每個(gè)循環(huán)的退火階段起始，當(dāng)溫度較低時(shí)，堅(jiān)固的二級(jí)結(jié)構(gòu)區(qū)域可能會(huì)被聚合酶遇到，從而能夠解離聚合酶。有同一相對(duì)位置的條帶在四個(gè)電泳道中，由于這些因素，應(yīng)當(dāng)對(duì)盡可能高的退火溫度進(jìn)行使用。建議將95℃變性、70℃退火/延伸的循環(huán)模式使用于有牢固二級(jí)結(jié)構(gòu)的模板中。通常而言，引物越長(zhǎng)，引物的GC含量越高，那么可以得到的信號(hào)就比較強(qiáng)，通過(guò)試驗(yàn)結(jié)果可知，50%的引物有>24mer的GC含量，那么能夠使Z佳結(jié)果得到。

因?yàn)闊嵫h(huán)裝置為本系統(tǒng)采用，相比于常規(guī)的測(cè)序方法，好處如下：

1、 高溫聚合酶反應(yīng)使得DNA模板的二級(jí)結(jié)構(gòu)減弱了，聚合酶穿過(guò)高度二級(jí)結(jié)構(gòu)化的區(qū)域被允許了。

2、在每一個(gè)變性循環(huán)中，雙鏈DNA（dsDNA）模板的堿變性及乙醇沉淀過(guò)能夠由高溫所替代，變性循環(huán)對(duì)因?yàn)榫€性dsDNA模板（如PCR反應(yīng)產(chǎn)物）快速重退火所引起的問(wèn)題的消除非常有幫助。

3、本方法對(duì)模板DNA進(jìn)行線性擴(kuò)增，使得足夠的產(chǎn)物產(chǎn)生，從而使得銀染技術(shù)可以對(duì)序列條帶進(jìn)行檢測(cè)，需要0.03～2pmol模板DNA來(lái)進(jìn)行測(cè)序反應(yīng)，取決于模板種類。

在95℃的時(shí)候，Taq DNA聚合酶的熱穩(wěn)定性非常的強(qiáng)。一種Taq DNA聚合酶的修飾產(chǎn)品為本系統(tǒng)利用的測(cè)序級(jí)Taq DNA聚合酶，有顯著效果于雙鏈DNA模板，準(zhǔn)確性分廠高，產(chǎn)生的條帶均一，并且有較低的背景。

被修飾的核苷酸混合物包含于SILVER SEQUENCETM系統(tǒng)中，由GC豐富區(qū)域所引起的條帶壓縮現(xiàn)象能夠使用替代dGTP的7-去氮dGTP（7-deaza dGTP，或dITP）清除掉。

熱循環(huán)測(cè)序中非常重要的因素就是退火溫度，高退火溫度能夠使得模板二級(jí)結(jié)構(gòu)減少，使得引物結(jié)合模板配對(duì)的嚴(yán)謹(jǐn)性提高。小片斷PCR產(chǎn)物（<500bp）得到清楚的序列數(shù)據(jù)的能力會(huì)由于鏈重退火和模板二級(jí)結(jié)構(gòu)而被限制。

21世紀(jì)di一個(gè)十年里，DNA測(cè)序與生物云計(jì)算、個(gè)性化分子診斷、基因芯片、人類基因組計(jì)劃等等吸引無(wú)數(shù)眼球的熱門詞匯息息相關(guān)。在創(chuàng)意新天地里，生物技術(shù)和信息技術(shù)相互融合，相互作用，相互影響。

在業(yè)外人士眼里，DNA測(cè)序足以成為“一項(xiàng)新技術(shù)衍生出一個(gè)新行業(yè)”的典范，非常的高科技，國(guó)內(nèi)外VC和PE視之為寵兒，其在相當(dāng)短旳時(shí)間內(nèi)得到了非常迅猛的發(fā)展。它十年后的發(fā)展藍(lán)圖還沒(méi)有人能準(zhǔn)確描繪出來(lái)，由此可見其的發(fā)展速度的快速。所有預(yù)測(cè)相對(duì)于日新月異的DNA測(cè)序技術(shù)來(lái)說(shuō)均會(huì)顯得保守。

DNA測(cè)序方法的飛速發(fā)展除了使人類的全基因組序列為我們所知曉，而且還使得我們充分掌握了小麥、水稻、家蠶以及很多細(xì)菌。此時(shí)，科學(xué)家們的新目標(biāo)也就變成了對(duì)一段序列所代表的生物學(xué)意義的探明。用于編碼基因僅僅只有1.5%存在于核苷酸組成的龐大序列中，除此以外，扮演調(diào)控基因表達(dá)的角色有少許，其中功能未知的“垃圾DNA”占絕大部分，這一發(fā)現(xiàn)是科學(xué)家通過(guò)分析人類基因組序列獲得的。由表面可知，人與人之間有著繽紛復(fù)雜的不同之處，然而，深入到DNA水平上，卻僅僅存在0.1%基因編碼序列上的不同。大多數(shù)時(shí)候，人與人之間在一條序列上的差異只有一個(gè)核苷酸，科學(xué)家將這種現(xiàn)象命名為單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphisms，簡(jiǎn)稱SNPs）。