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  y8qe669 2013-07-27 00:00:00

  光從基因表達(dá)譜找有異常表達(dá)的基因也不全面。做出來(lái)的基因表達(dá)譜往往有很多基因存在差異，有的可能是一些下游的免疫生物學(xué)反應(yīng)，有的可能是誤差或個(gè)體差異（尤其是做的數(shù)量少時(shí)），剩下的可能才有加以考慮的價(jià)值。 另外，有時(shí)疾病易感基因本身表達(dá)并無(wú)改變，而是通過(guò)調(diào)控其它基因發(fā)揮作用。所以，致病基因的尋找應(yīng)從多種途徑著手。 一孔之見(jiàn)，如有謬誤之處，請(qǐng)大家指教。 多謝verygood 兄，我的diyi步可能只能做到表達(dá)譜的改變這一層次，如果有機(jī)會(huì)做下去的話(huà)，如你所言，應(yīng)該從各種途徑全面考慮。我現(xiàn)在的想法是以表達(dá)譜基因芯片技術(shù)為核心方法，做出患者和正常人小梁細(xì)胞基因表達(dá)譜的差異的總體信息，如maxon和你所說(shuō)，這樣可能找到新的致病相關(guān)基因，也可能不行，我想著起碼是一個(gè)方面吧（不知對(duì)不對(duì)）。 我目前所能考慮的是如何組織自己的思路，來(lái)吧這個(gè)工作做好。還有幾個(gè)問(wèn)題請(qǐng)教： 1.基因文庫(kù)的建立方法中，比如有一篇文章中選了1118個(gè)基因進(jìn)行研究，通過(guò)BLAST，分成了已知基因、已知序列、未知基因等幾類(lèi)，我不明白他們是如何從基因文庫(kù)（提取細(xì)胞全mRNA逆轉(zhuǎn)錄來(lái)的)中選定的?(還是從別的地方查到的?)，我理解好像是直接測(cè)序，請(qǐng)問(wèn)是如何從基因文庫(kù)中找出（分離）這些基因一一測(cè)序的？ 2.如何使用BLAST？比如同一文章中所說(shuō)的已經(jīng)測(cè)定出的1118個(gè)小梁細(xì)胞的表達(dá)譜基因序列我如何能查到？能給我講解一下嗎？太感謝了 有沒(méi)有注意到一個(gè)問(wèn)題，基因芯片只能檢測(cè)已知的基因或序列，對(duì)于那些未知的則無(wú)能為力，一孔之見(jiàn). Andrew說(shuō)得不錯(cuò)，不過(guò)芯片中的基因數(shù)也在隨對(duì)基因研究的深入而在不斷增加。對(duì)普通的研究來(lái)說(shuō)，主要的已知通路基本已能包括。 多謝指教。有能回答我上面幾個(gè)問(wèn)題的嗎？我還是有些不明白，看了一天資料也沒(méi)有明白。 請(qǐng)問(wèn)：如果我用一個(gè)正常群體的基因表達(dá)譜cDNA定做了一個(gè)芯片（含已知的1118個(gè)基因），在與患者cDNA樣品的雜交中發(fā)現(xiàn)有一個(gè)基因表達(dá)下調(diào)了或者不表達(dá)，其原因是什么呢？是真的沒(méi)有表達(dá)還是別的？ 多謝多謝 樣本是否一致？比如血細(xì)胞，其細(xì)胞亞群是否有可比性？ 有對(duì)照嗎？ 樣本是隨機(jī)樣本，小梁細(xì)胞是均一的內(nèi)皮細(xì)胞。至于對(duì)照，你指的是陰性對(duì)照、陽(yáng)性對(duì)照還是轉(zhuǎn)錄的內(nèi)對(duì)照？ 小弟所知甚少，低級(jí)錯(cuò)誤也可能犯，請(qǐng)多多指教。 除去實(shí)驗(yàn)和DNA芯片誤差外，在與患者cDNA樣品的雜交中發(fā)現(xiàn)有一個(gè)基因表達(dá)下調(diào)了或者不表達(dá)，需要用RT-PCR進(jìn)行驗(yàn)證。其表達(dá)的下調(diào)或不表達(dá)，可能是受到其上游基因的調(diào)控，也可能是基因本身結(jié)構(gòu)有改變，如無(wú)義突變可檢測(cè)到表達(dá)的下降。對(duì)這些經(jīng)RT-PCR證實(shí)后，應(yīng)該進(jìn)行測(cè)序，察看這些基因是否有結(jié)構(gòu)的異常。 在天天站長(zhǎng)和各位戰(zhàn)友的幫助下，我對(duì)現(xiàn)在所申請(qǐng)的課題從無(wú)知到略懂，終于完成了自然科學(xué)基金申請(qǐng)書(shū)的寫(xiě)作，在明天，我們的這份凝結(jié)著大家的汗水和智慧的申請(qǐng)書(shū)就要送出去之前，對(duì)各位這幾天來(lái)的幫助表示誠(chéng)摯的感謝，盡管這是我diyi次寫(xiě)這樣的申請(qǐng)，盡管幾乎沒(méi)有中的可能，我還是覺(jué)得自己學(xué)到了很多東西，也結(jié)識(shí)了很多好朋友，真誠(chéng)的感謝給了我這個(gè)機(jī)會(huì)！ 我把這份申請(qǐng)的正文部分放在了附件里了，希望感興趣的朋友可以看一下，提一些寶貴意見(jiàn)，因?yàn)槲艺J(rèn)為這樣的一個(gè)課題還是很值得去做的，盡管我們可能沒(méi)有這個(gè)機(jī)會(huì)和能力去做。 再次感謝大家啦！ 88411-.doc</A> (76.5k) 恭祝申請(qǐng)成功！！ 謝謝天天站長(zhǎng)的指教，謝謝各位戰(zhàn)友。 近日科研基金開(kāi)始申報(bào)，老板急命申請(qǐng)課題。由于對(duì)基礎(chǔ)剛剛接觸，故請(qǐng)教站長(zhǎng)以及各位戰(zhàn)友。 1目前收集到一少見(jiàn)的單基因?。òd癇方面），在國(guó)內(nèi)未見(jiàn)臨床和基礎(chǔ)報(bào)道。臨床工作，包括留取血樣已經(jīng)完成。 2本病自從98年以來(lái)，致病基因得到了定位和克隆，但存在遺傳異質(zhì)性，相同的致病基因的突變位點(diǎn)也不相同。多篇文章發(fā)表在nature genetic等權(quán)威雜志上。Z新的研究顯示，仍有其他未知的致病基因。 3合作實(shí)驗(yàn)室，有曾經(jīng)成功的定位和克隆了一例致病基因的經(jīng)驗(yàn)。 我們申請(qǐng)的目的是致病基因的定位和克隆，并有望發(fā)現(xiàn)新的致病基因。 想請(qǐng)教各位： 1在目前僅僅掌握臨床資料的情況下，能否提出申請(qǐng)？ 2還需要做那一方面的工作？ 2如果可以，可能申請(qǐng)失敗的原因是什麼? 謝謝各位，急切盼望指教！謝謝 如果是單基因疾病，那要看你收集的家系怎么樣了。另一個(gè)問(wèn)題主要是你的臨床診斷正確與否。我不是臨床的，這個(gè)臨床診斷事關(guān)重大，如果有些是診斷錯(cuò)誤或分型有誤的，很有可能導(dǎo)致無(wú)法discover disease gene 單基因疾病這方面的技術(shù)策略已經(jīng)很成熟，有很多文獻(xiàn)可以參考。國(guó)內(nèi)也有多家研究機(jī)構(gòu)在做。 我想研究下某個(gè)基因SNP與一種疾病的關(guān)聯(lián)。國(guó)外已有報(bào)道在2個(gè)位點(diǎn)上有聯(lián)系。那么我是進(jìn)行RFLP分析，還是用SNP分析？ 各位大俠，我Z近在做一個(gè)X染色體連鎖遺傳家系的疾病相關(guān)基因的定位，現(xiàn)在已用兩個(gè)位點(diǎn)的MARKER(STR)做了基因組掃描，但是在連鎖分析時(shí)遇到了困難，我用的是LINKAGE(version 5.1). 我想請(qǐng)教各位在進(jìn)行連鎖分析時(shí)，性連鎖與常染色體連鎖遺傳參數(shù)設(shè)置有何不同？急盼各位予以賜教，不勝感激！ 答無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn) 我想研究下某個(gè)基因SNP與一種疾病的關(guān)聯(lián)。國(guó)外已有報(bào)道在2個(gè)位點(diǎn)上有聯(lián)系。那么我是進(jìn)行RFLP分析，還是用SNP分析？ RFLP是Z早期的遺傳標(biāo)記(diyi代)，隨著遺傳學(xué)的發(fā)展和測(cè)序片段的不斷增多，已出現(xiàn)了第二代、第三代遺傳標(biāo)記。RFLP通過(guò)酶切作用進(jìn)行分析，操作簡(jiǎn)單，花費(fèi)不多，但特異性差，有被淘汰的趨勢(shì)；SNP定位明確，相對(duì)花費(fèi)較大，對(duì)其分析可以通過(guò)測(cè)序、小測(cè)序(Snapshot)、熒光探針、SNP芯片等方法。 具體行RFLP分析，還是用SNP分析看你的研究目標(biāo)和經(jīng)濟(jì)實(shí)力。 請(qǐng)教verygood，能否介紹一下小測(cè)序（snapshot）？ 我Z近想檢測(cè)某基因與疾病的關(guān)系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點(diǎn)（9、11、13、17exon），但我要研究的病未見(jiàn)報(bào)道。請(qǐng)問(wèn)我應(yīng)對(duì)所有外顯子測(cè)序嗎？ coldant wrote: 請(qǐng)教verygood，能否介紹一下小測(cè)序（snapshot）？ 我Z近想檢測(cè)某基因與疾病的關(guān)系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點(diǎn)（9、11、13、17exon），但我要研究的病未見(jiàn)報(bào)道。請(qǐng)問(wèn)我應(yīng)對(duì)所有外顯子測(cè)序嗎？ Snapshot為小測(cè)序反應(yīng)，其原理簡(jiǎn)單地說(shuō)是首先擴(kuò)增包含SNP在內(nèi)的一段DNA模板，再對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行純化，加入帶有不同熒光的ddNTP和中間探針（所謂中間探針即SNP前20個(gè)bp左右寡核苷酸序列，探針與ddNTP按照模板序列結(jié)合，因?yàn)槭莇dNTP，其后不能再延伸，而結(jié)合的ddNTP反應(yīng)的就是SNP情況），再純化一下進(jìn)行電泳，根據(jù)不同的熒光可以判斷相應(yīng)SNP基因型。 該方法適用于對(duì)已知SNP等位基因型進(jìn)行確認(rèn)，對(duì)探針要求不高；但操作步驟多，大規(guī)模應(yīng)用較為困難（采用基于毛細(xì)管的測(cè)序方法，如ABI3100測(cè)序儀系列時(shí)，相對(duì)工作量小些）。 檢測(cè)某基因與疾病的關(guān)系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點(diǎn)（9、11、13、17exon），建議你先研究一下這些位點(diǎn)。當(dāng)然如果基因序列很短，也可以直接測(cè)序，因?yàn)槟壳鞍l(fā)現(xiàn)的SNP或mutation畢竟還只有預(yù)計(jì)值的2%左右。 Good luck 謝謝verygood：） Z近忙著論文答辯的事情。我對(duì)于這方面完全是菜鳥(niǎo)，但是老板說(shuō)要有新意，同學(xué)給出了個(gè)這樣的主意。 目前已經(jīng)提取DNA，進(jìn)行基因分型。但是我希望測(cè)序進(jìn)行確定。上面提到的SNAPSHOT是小型測(cè)序，我已經(jīng)確定了突變位點(diǎn)，片段在300bp左右，是否可以全部測(cè)序？ 另外是全部的樣本測(cè)序還是就挑選幾個(gè)雜合子和純合子測(cè)就可以證明？這方面的資料在哪里有介紹？我還是新手：（ 無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn) wrote: 謝謝verygood：） Z近忙著論文答辯的事情。我對(duì)于這方面完全是菜鳥(niǎo)，但是老板說(shuō)要有新意，同學(xué)給出了個(gè)這樣的主意。 目前已經(jīng)提取DNA，進(jìn)行基因分型。但是我希望測(cè)序進(jìn)行確定。上面提到的SNAPSHOT是小型測(cè)序，我已經(jīng)確定了突變位點(diǎn)，片段在300bp左右，是否可以全部測(cè)序？ 另外是全部的樣本測(cè)序還是就挑選幾個(gè)雜合子和純合子測(cè)就可以證明？這方面的資料在哪里有介紹？我還是新手：（ 如果只是300bp，且標(biāo)本不多的話(huà)，還是直接測(cè)序好，因?yàn)椴粌H可以明確已知的SNP基因型，還可能順帶發(fā)現(xiàn)一些文獻(xiàn)未報(bào)道過(guò)的，這也就是說(shuō)所有標(biāo)本都要測(cè)序。 如果只想對(duì)已知的那些SNP進(jìn)行基因分型，你可以采用SNAPSHOT方法，當(dāng)然亦可以用RFLP，只是特異性差些，所得的條帶不一定與目標(biāo)SNP不同等位基因有關(guān)，可能切到染色體其他區(qū)域。 這方面到?jīng)]有一定的資料，我們也是做過(guò)以后才逐漸理解的，具體采用何種技術(shù)還是因地制宜吧。 verygood wrote 檢測(cè)某基因與疾病的關(guān)系，外顯子較多（20），在其他疾病中已有突變熱點(diǎn)（9、11、13、17exon），建議你先研究一下這些位點(diǎn)。當(dāng)然如果基因序列很短，也可以直接測(cè)序，因?yàn)槟壳鞍l(fā)現(xiàn)的SNP或mutation畢竟還只有預(yù)計(jì)值的2%左右。 謝謝verygood老師。我研究的基因編碼區(qū)2930bp，mRNA5084bp，基因全長(zhǎng)80kb。本打算直接測(cè)序，但病人組18例（石蠟），對(duì)照組20例（外周血DNA行嗎？），費(fèi)用可能要6萬(wàn)?。?！，所以現(xiàn)在想改成PCR-SSCP加異常條帶測(cè)序，您看行嗎？ verygood wrote: 如果只是300bp，且標(biāo)本不多的話(huà)，還是直接測(cè)序好，因?yàn)椴粌H可以明確已知的SNP基因型，還可能順帶發(fā)現(xiàn)一些文獻(xiàn)未報(bào)道過(guò)的，這也就是說(shuō)所有標(biāo)本都要測(cè)序。 如果只想對(duì)已知的那些SNP進(jìn)行基因分型，你可以采用SNAPSHOT方法，當(dāng)然亦可以用RFLP，只是特異性差些，所得的條帶不一定與目標(biāo)SNP不同等位基因有關(guān)，可能切到染色體其他區(qū)域。 這方面到?jīng)]有一定的資料，我們也是做過(guò)以后才逐漸理解的，具體采用何種技術(shù)還是因地制宜吧。 測(cè)序以后的結(jié)果要分析突變有什么軟件檢測(cè)呢？另外的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析是不是有專(zhuān)門(mén)的生物統(tǒng)計(jì)學(xué)書(shū)有相關(guān)的介紹？還是就是普通的統(tǒng)計(jì)就可以了？ To coldant ： 對(duì)于初步研究，您的方法應(yīng)該可行。 To 無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)： 測(cè)序以后的結(jié)果分析突變主要通過(guò)序列比對(duì)初篩，可以利用Blast進(jìn)行。不過(guò)確定是否確實(shí)為突變需要謹(jǐn)慎，應(yīng)擴(kuò)大樣本再進(jìn)行分型研究。 　　作疾病相關(guān)研究，你的case 和control太少了。一般國(guó)內(nèi)期刊好像也要200對(duì)200，國(guó)外一般性期刊需要400-500對(duì)500左右。yi流的雜志一般都是至少1000對(duì)1000的。由于你經(jīng)費(fèi)不足，你不可能作測(cè)序，你還是直接選用已知的位點(diǎn)做。因?yàn)檫@個(gè)基因跟多種疾病相關(guān)，說(shuō)明這個(gè)基因很保守，很有可能跟你所研究的疾病相關(guān)，就算沒(méi)有相關(guān)，通過(guò)與年齡、性別、該疾病的危險(xiǎn)因素綜合分析（就是玩數(shù)字游戲），一般總能發(fā)文章的。 　 　　尋找疾病相關(guān)基因的SNP，目前主要是直接測(cè)序（外周血抽提的DNA，而不是組織），通過(guò)對(duì)比病人和正常人（無(wú)該疾病的人）該基因序列，搜尋SNP。verygood所說(shuō)的blast，實(shí)際上并不適用。 　　你可對(duì)目標(biāo)SNP所在區(qū)域設(shè)計(jì)一對(duì)prime1，使得該SNP位于其中，PCR長(zhǎng)度500bp左右。同時(shí)在PRIMER1覆蓋的區(qū)域內(nèi)，再設(shè)計(jì)一對(duì)PRIMER2。PRIMER2其中一個(gè)引物的3‘Z后一個(gè)堿基必需是與目標(biāo)SNP所在位點(diǎn)的正常堿基互補(bǔ)，如此，若病人在此位點(diǎn)突變，將導(dǎo)致PRIMER2一對(duì)引物不能擴(kuò)增。另外PRIMER2與PRIMER1至少相距100多bp，PRIMER2產(chǎn)物為200多BP。這樣，在一個(gè)PCR反應(yīng)中同時(shí)放入這2對(duì)引物，就可以得到4個(gè)片段（在設(shè)計(jì)引物時(shí)，必須使得這4個(gè)片段的長(zhǎng)度不同，以便電泳時(shí)區(qū)別），而含有目標(biāo)SNP的個(gè)體，則只有3個(gè)片段，通過(guò)電泳，就可以確定是否該個(gè)體有突變。 這個(gè)方法具體的名稱(chēng)我忘了。希望能對(duì)你有所幫組。 maxon wrote: 　　尋找疾病相關(guān)基因的SNP，目前主要是直接測(cè)序（外周血抽提的DNA，而不是組織），通過(guò)對(duì)比病人和正常人（無(wú)該疾病的人）該基因序列，搜尋SNP。verygood所說(shuō)的blast，實(shí)際上并不適用。 　　你可對(duì)目標(biāo)SNP所在區(qū)域設(shè)計(jì)一對(duì)prime1，使得該SNP位于其中，PCR長(zhǎng)度500bp左右。同時(shí)在PRIMER1覆蓋的區(qū)域內(nèi)，再設(shè)計(jì)一對(duì)PRIMER2。PRIMER2其中一個(gè)引物的3‘Z后一個(gè)堿基必需是與目標(biāo)SNP所在位點(diǎn)的正常堿基互補(bǔ)，如此，若病人在此位點(diǎn)突變，將導(dǎo)致PRIMER2一對(duì)引物不能擴(kuò)增。另外PRIMER2與PRIMER1至少相距100多bp，PRIMER2產(chǎn)物為200多BP。這樣，在一個(gè)PCR反應(yīng)中同時(shí)放入這2對(duì)引物，就可以得到4個(gè)片段（在設(shè)計(jì)引物時(shí)，必須使得這4個(gè)片段的長(zhǎng)度不同，以便電泳時(shí)區(qū)別），而含有目標(biāo)SNP的個(gè)體，則只有3個(gè)片段，通過(guò)電泳，就可以確定是否該個(gè)體有突變。 這個(gè)方法具體的名稱(chēng)我忘了。希望能對(duì)你有所幫組。 呵呵，我指的是借用blast來(lái)方便序列的比對(duì)，當(dāng)然applied biosystems有更好的軟件，不過(guò)您如未購(gòu)買(mǎi)相應(yīng)儀器則很難獲得。 至于標(biāo)本量的多少，確實(shí)是越多越好。對(duì)于相對(duì)危險(xiǎn)度為2的致病位點(diǎn)來(lái)說(shuō)，case-control各1000例檢測(cè)效能才能達(dá)到，病例數(shù)減少則檢測(cè)效能也隨之降低。但對(duì)于初步研究，還不清楚該位點(diǎn)是否有研究疾病有關(guān)就大規(guī)模投入，有可能顆粒無(wú)收。 供參考。 今天基康公司建議我直接測(cè)序，把樣本4個(gè)一組形成一個(gè)“pool？”來(lái)測(cè)，節(jié)省經(jīng)費(fèi)。他們本來(lái)的建議是正常和病人各用4例分別形成1個(gè)“pool”來(lái)找SNP，然后用公司的TAG MAN（一種新技術(shù)）大規(guī)模檢測(cè)SNP，但我沒(méi)有這么多病人標(biāo)本。所以只好只是測(cè)序。 請(qǐng)大俠看看這樣好嗎？如果我總共25例病人分成6個(gè)“pool”測(cè)序再分析可以嗎？ 先謝謝了。 maxon wrote: 　　尋找疾病相關(guān)基因的SNP，目前主要是直接測(cè)序（外周血抽提的DNA，而不是組織），通過(guò)對(duì)比病人和正常人（無(wú)該疾病的人）該基因序列，搜尋SNP。verygood所說(shuō)的blast，實(shí)際上并不適用。 　　你可對(duì)目標(biāo)SNP所在區(qū)域設(shè)計(jì)一對(duì)prime1，使得該SNP位于其中，PCR長(zhǎng)度500bp左右。同時(shí)在PRIMER1覆蓋的區(qū)域內(nèi)，再設(shè)計(jì)一對(duì)PRIMER2。PRIMER2其中一個(gè)引物的3‘Z后一個(gè)堿基必需是與目標(biāo)SNP所在位點(diǎn)的正常堿基互補(bǔ)，如此，若病人在此位點(diǎn)突變，將導(dǎo)致PRIMER2一對(duì)引物不能擴(kuò)增。另外PRIMER2與PRIMER1至少相距100多bp，PRIMER2產(chǎn)物為200多BP。這樣，在一個(gè)PCR反應(yīng)中同時(shí)放入這2對(duì)引物，就可以得到4個(gè)片段（在設(shè)計(jì)引物時(shí)，必須使得這4個(gè)片段的長(zhǎng)度不同，以便電泳時(shí)區(qū)別），而含有目標(biāo)SNP的個(gè)體，則只有3個(gè)片段，通過(guò)電泳，就可以確定是否該個(gè)體有突變。 這個(gè)方法具體的名稱(chēng)我忘了。希望能對(duì)你有所幫組。 呵呵，謝謝了。我在相關(guān)文獻(xiàn)上看到的是設(shè)計(jì)2個(gè)引物（突變和未突變的），另外反義引物相同。正常對(duì)照組設(shè)計(jì)的引物很象你所談到的PROMER2。我就納悶為什么這樣做？ verygood wrote: To 無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)： 測(cè)序以后的結(jié)果分析突變主要通過(guò)序列比對(duì)初篩，可以利用Blast進(jìn)行。不過(guò)確定是否確實(shí)為突變需要謹(jǐn)慎，應(yīng)擴(kuò)大樣本再進(jìn)行分型研究。 確定是不可能做出結(jié)論，只是提出個(gè)展望。測(cè)序以后可以用SEQUENCEMAN軟件分析，但是后面我想加個(gè)RFLP，按照相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道來(lái)進(jìn)行。這樣分析起來(lái)好象就有更多的數(shù)據(jù)支持。 coldant wrote: 今天基康公司建議我直接測(cè)序，把樣本4個(gè)一組形成一個(gè)“pool？”來(lái)測(cè)，節(jié)省經(jīng)費(fèi)。他們本來(lái)的建議是正常和病人各用4例分別形成1個(gè)“pool”來(lái)找SNP，然后用公司的TAG MAN（一種新技術(shù)）大規(guī)模檢測(cè)SNP，但我沒(méi)有這么多病人標(biāo)本。所以只好只是測(cè)序。 請(qǐng)大俠看看這樣好嗎？如果我總共25例病人分成6個(gè)“pool”測(cè)序再分析可以嗎？ 先謝謝了。 呵呵，你也是在基康做嗎？他們好象是用探針來(lái)檢測(cè)SNP啊。我聽(tīng)說(shuō)探針的準(zhǔn)確性不如直接測(cè)序。不知道他們和你提出的是什么樣的建議？：） maxon wrote: 　　作疾病相關(guān)研究，你的case 和control太少了。一般國(guó)內(nèi)期刊好像也要200對(duì)200，國(guó)外一般性期刊需要400-500對(duì)500左右。yi流的雜志一般都是至少1000對(duì)1000的。由于你經(jīng)費(fèi)不足，你不可能作測(cè)序，你還是直接選用已知的位點(diǎn)做。因?yàn)檫@個(gè)基因跟多種疾病相關(guān)，說(shuō)明這個(gè)基因很保守，很有可能跟你所研究的疾病相關(guān)，就算沒(méi)有相關(guān)，通過(guò)與年齡、性別、該疾病的危險(xiǎn)因素綜合分析（就是玩數(shù)字游戲），一般總能發(fā)文章的。 　 5555555，可是我收集不到這么多的病例呀，經(jīng)費(fèi)也有限。 您說(shuō)的直接做已知位點(diǎn)是什么方法?。苛硗饽锌催^(guò)《生物學(xué)統(tǒng)計(jì)》這樣的書(shū)嗎？聽(tīng)說(shuō)參照它就可以進(jìn)行相關(guān)的分析了。上海哪個(gè)圖書(shū)館或是書(shū)店有呀？ 具體什么方法我忘了。統(tǒng)計(jì)學(xué)主要就是T檢驗(yàn)和X2 多態(tài)性分析方法有兩大類(lèi)： 其一，基于家系分析，主要采用連鎖不平衡方法。 其二，基于case-control，如maxon所言，主要就是T檢驗(yàn)和X2 。但是應(yīng)注意control是否能代表所抽樣的群體。因抽樣錯(cuò)誤而導(dǎo)致的假陽(yáng)性結(jié)果在早期文獻(xiàn)中比比皆是，這已逐漸引起大家的關(guān)注。 無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)wrote： 呵呵，你也是在基康做嗎？他們好象是用探針來(lái)檢測(cè)SNP啊。我聽(tīng)說(shuō)探針的準(zhǔn)確性不如直接測(cè)序。不知道他們和你提出的是什么樣的建議？：） 看樣子無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)做的工作與我的很相似，可以多多交流！ 基康公司建議：病人與對(duì)照各25例（病人只收集到25例），4例一組形成一個(gè)“pool”，PCR擴(kuò)增所以外顯子，直接測(cè)序。（節(jié)省費(fèi)用） 申能公司建議：對(duì)每個(gè)病人進(jìn)行擴(kuò)增，直接測(cè)序，與genbank比較（不設(shè)對(duì)照組，費(fèi)用18000元/10例） 北京鼎國(guó)公司：PCR-SSCP，（正常，病人各25例） 請(qǐng)verygood，maxon，無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)等戰(zhàn)友們參謀參謀，哪個(gè)可行？ 申請(qǐng)斑竹們幫助。 coldant wrote: 看樣子無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)做的工作與我的很相似，可以多多交流！ 基康公司建議：病人與對(duì)照各25例（病人只收集到25例），4例一組形成一個(gè)“pool”，PCR擴(kuò)增所以外顯子，直接測(cè)序。（節(jié)省費(fèi)用） 申能公司建議：對(duì)每個(gè)病人進(jìn)行擴(kuò)增，直接測(cè)序，與genbank比較（不設(shè)對(duì)照組，費(fèi)用18000元/10例） 北京鼎國(guó)公司：PCR-SSCP，（正常，病人各25例） 請(qǐng)verygood，maxon，無(wú)事轉(zhuǎn)轉(zhuǎn)等戰(zhàn)友們參謀參謀，哪個(gè)可行？ 申請(qǐng)斑竹們幫助。 我病例30，對(duì)照12。人家的建議是直接測(cè)序。我想測(cè)序以后再做個(gè)RFLP，因?yàn)槭且獙?xiě)論文，所以?xún)?nèi)容不可以少。

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  lfv的春天 2013-07-27 00:00:00

  樓主的問(wèn)題問(wèn)的太寬泛了。請(qǐng)問(wèn)你是具體問(wèn)題出在哪里呢？你可以利用Biomart這個(gè)工具（www.biomart.org），找到種間的orthlogue關(guān)系以及各種類(lèi)型的注釋ID直接的對(duì)應(yīng)關(guān)系。你也可以用ncbi里面的homologene數(shù)據(jù)庫(kù)去找種間的同源序列.multiple alignment可以用clust W或者mega做。系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)可以用mega做。PHYLIP好像也可以?；蚪Y(jié)構(gòu)上可以做做gc含量，外顯子大小，splicing，調(diào)控序列什么的蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)軟件很多，不過(guò)我沒(méi)做過(guò)。ncbi有一個(gè)conserved domain 的數(shù)據(jù)庫(kù)，你可以和他比較下，分析下結(jié)構(gòu)域。表達(dá)情況。。。。你可以找找相關(guān)的EST（ncbi）或者array（。。這個(gè)不記得了，在ncbi上應(yīng)該有別人的數(shù)據(jù)）的表達(dá)數(shù)據(jù)。

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