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- 我前天訂的 2018-01-29 00:00:00
- 測(cè)序深度是指測(cè)序數(shù)據(jù)對(duì)基因組覆蓋深度,如人類基因組有3G,我們測(cè)了過濾得到clean data 90G數(shù)據(jù)量,那么測(cè)序深度是90/3=30x,覆蓋度是,90G數(shù)據(jù)比對(duì)到人類參考基因組上,可以覆蓋基因組的比例,如覆蓋度80%
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有兩種體細(xì)胞突變?nèi)菀妆缓鲆昩ai,一種是局限在特定組織的突變。舉例來說,如果突變只存在于大腦,而我們檢測(cè)的是血液,那就找不到這些致病突變。另一種致病性體細(xì)胞突變雖然發(fā)生在所有組織中,但是只影響一部分細(xì)胞,因此不容易被檢測(cè)到。
普通的二代測(cè)序,全基因組或外顯子組測(cè)序是將DNA分成小片段,然后對(duì)各個(gè)片段多次讀?。ㄒ话闶侨危H欢?,如果突變只發(fā)生在15-20%的細(xì)胞中,三十次讀取還不足以可靠地捕捉到它們,尤其是當(dāng)突變只影響一個(gè)基因拷貝時(shí)。
Walsh和博士后Saumya Jamuar通過“定向高覆蓋度測(cè)序”技術(shù),為158名腦部疾病的患者鑒定致病突變,這些患者的癥狀包括癲癇、智力障礙、語言障礙等。
研究人員并沒有分析整個(gè)基因組或外顯子組(所有蛋白編碼基因),而是把注意力放在一系列已知或有嫌疑的基因上,并且大大提高了測(cè)序的深度。
在一些疾病如唐氏綜合征中,嵌合突變相較于影響全身細(xì)胞的突變,產(chǎn)生的癥狀要輕一些。但是很少量的變異細(xì)胞就足以引發(fā)損害人身心健康的癥狀,在以往的研究中,為了從普通基因組中檢測(cè)到這些突變,研究人員就不得不增加測(cè)定的序列數(shù)量。而對(duì)少數(shù)候選基因區(qū)域進(jìn)行的平均300次深度測(cè)序,就可以有效辨別被誤認(rèn)為測(cè)序錯(cuò)誤的突變。
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