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bod實驗中加入硝化YZ劑的作用

萬能的life 2014-10-09 17:45:29 433  瀏覽
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全部評論(1條)

  • 心瞎年代 2014-10-10 00:00:00
    水中硝化菌的大量存在致使水樣在BOD5的測定中發(fā)生硝化作用,對常規(guī)的BOD5測定結(jié)果造成較大的影響,加入硝化YZ劑進(jìn)行控制硝化反應(yīng)。。。

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qPCR實驗的重要影響因素--YZ劑

在決定實時熒光定量PCR檢測靈敏度、準(zhǔn)確性和可靠性的眾多因素中,模板質(zhì)量是決定重復(fù)性和生物學(xué)相關(guān)性的重要因素之一。諸多報告中也描述了生物樣品中常見的YZ成分會導(dǎo)致qPCR分析靈敏度和動力學(xué)的顯著降低。

如何檢測YZ劑:

多種方法可用于評估生物樣品中是否存在YZ劑。常用方法是通過連續(xù)稀釋樣品來評估樣品的PCR效率,PCR效率的高低一定程度上反映出樣品質(zhì)量的好壞。一個GX的PCR反應(yīng)要求擴(kuò)增效率在90%-110%之間,當(dāng)擴(kuò)增效率>110%或<90%,無論是相對定量還是JD定量其ZZ結(jié)果都會不準(zhǔn)確。那么怎么來判斷是由于YZ劑引起的擴(kuò)增效率異常呢?如圖1所示,通過標(biāo)準(zhǔn)曲線的狀態(tài)判斷,當(dāng)原液的數(shù)據(jù)點位于標(biāo)曲上方(紅色箭頭),則極有可能是樣本YZ劑YZPCR反應(yīng)導(dǎo)致Cq值偏大。


內(nèi)部擴(kuò)增控制(IACs)是一種與目標(biāo)核酸共純化和共擴(kuò)增的方法,可用來檢測YZ劑和指示加工過程中的模板丟失。IACs可包裝在噬菌體外殼中,也可以是包含引物結(jié)合序列和探針檢測序列的單鏈寡核苷酸。在熒光信號采集過程中,探針結(jié)合位點的部分不匹配阻止了與IACs雜交,隨后可對熔解曲線進(jìn)行分析,用以區(qū)分IACs和目標(biāo)擴(kuò)增子。IACs將是檢測病原體的優(yōu)質(zhì)方案,但這種方法不適用于細(xì)胞mRNA定量,因為考慮為每個單一mRNA設(shè)計模擬物是不現(xiàn)實的。

另外,也可以通過使用外源性對照來測試YZ劑,也稱為Spikes。該方法無論是在其構(gòu)造技術(shù)的復(fù)雜性方面,還是在分析之后與它們的準(zhǔn)確檢測相關(guān)的額外工作方面,相對都是比較簡單的。Spikes可以是RNA也可以是DNA分子,這取決于靶標(biāo)類型。mRNA表達(dá)分析選RNA Spikes,DNA靶標(biāo)分析選DNA Spikes。Spikes通常是幾千個堿基/堿基對異型序列,所以不會與任何已知目標(biāo)交叉反應(yīng)。


YZ劑類型:

YZ劑可以是核酸提取過程中使用的試劑,也可以是從生物樣品中提取的成分。YZ劑的影響,較好的情況是YZ劑會產(chǎn)生不準(zhǔn)確的定量結(jié)果;最壞的情況是高度YZ會產(chǎn)生假陰性結(jié)果。常見的YZ劑類型如下:

1)樣品本身的成分:許多生物樣品本身就含有嚴(yán)重YZ逆轉(zhuǎn)錄和PCR反應(yīng)的成分,如血液中的血紅蛋白、免疫球蛋白G,肌肉中的肌紅蛋白、膽鹽、腐殖酸、尿素和膠原蛋白,植物中的多糖多酚等。

2)提取和純化試劑的成分:許多用于純化核酸的試劑,如苯酚、氯仿、硫氰酸胍、鹽酸胍、乙二胺四乙酸、二甲基亞砜、十二烷基硫酸鈉、噻唑、三唑和核糖核酸等。

如何降低YZ劑的影響:

當(dāng)樣本中存在YZ劑,高濃度模板中YZ劑濃度較高,對PCR反應(yīng)的影響較大。低濃度模板由于稀釋使得YZ劑濃度有所下降,YZ劑的YZ作用也相應(yīng)降低。如果是樣品本身的成分,可對模板進(jìn)行稀釋,或者進(jìn)一步純化,又或者改進(jìn)提取方法來降低YZ劑的干擾。如果提取和純化試劑的成分,其本身就是最有效的逆轉(zhuǎn)錄和聚合酶鏈反應(yīng)的YZ劑,因此需要在提取和純化過程中注意對試劑成分的去除,F(xiàn)Z污染模板。


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