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- lihui19891018 2016-10-21 00:00:00
- 使用聚合酶鏈式反應(yīng)-變性梯度凝膠電泳技術(shù)(PCR-DGGE)考查了天津某再生水處理廠膜生物反應(yīng)器(Membrane Bioreactor,簡稱MBR)培養(yǎng)馴化直至正常運行全過程中總細菌群落結(jié)構(gòu)的演替情況.結(jié)果表明,在MBR環(huán)境中,接種的傳統(tǒng)活性污泥中的微生物群落在幾天內(nèi)發(fā)生了較大的變化,在進污水馴化時,微生物群落也遭受了沖擊,Z后經(jīng)過培養(yǎng)馴化趨于穩(wěn)定,一些菌種逐漸成長為ding級優(yōu)勢微生物,在反應(yīng)器內(nèi)占據(jù)主導地位.Z終該反應(yīng)器逐漸形成了自己獨有的微生物群落生態(tài)系統(tǒng).另外,對該微生物群落的部分優(yōu)勢總細菌進行了克隆測序和系統(tǒng)發(fā)育樹分析,通過鑒定獲得的10條總細菌的16S rDNA序列,它們分別與氣單胞菌屬、假單胞菌、亞硝酸菌屬、叢毛單胞菌屬和桿菌的同源性在97%以上,這些優(yōu)勢微生物在MBR反應(yīng)器去除有機物的過程中起到了關(guān)鍵的作用.
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PCR(polymerase chain reaction,PCR)即聚合酶鏈反應(yīng),是利用一段DNA為模板,在DNA聚合酶和核苷酸底物共同參與下,將該段DNA擴增至足夠數(shù)量,以便進行結(jié)構(gòu)和功能分析。PCR應(yīng)用場景廣泛,不僅在基礎(chǔ)研究方面,還包括醫(yī)學診斷、法醫(yī)學和農(nóng)業(yè)科學等各大領(lǐng)域。
近期多篇醫(yī)學研究多篇文獻中均應(yīng)用到PCR技術(shù)及PCR儀產(chǎn)品,小編為大家做一下簡要分享。
近期南方醫(yī)科大學臨床醫(yī)學博士生導師、主任醫(yī)師王雅棣課題組在醫(yī)學期刊《Oncology Research and Treatment》上發(fā)表題為Preliminary Clinical Validation of a Filtration-Based CTC Assay for Tumor Burden and HER2 Status Monitoring in Metastatic Breast Cancer的文章,探索研究基于過濾的CTC測定轉(zhuǎn)移性乳腺癌腫瘤負荷和HER2狀態(tài)監(jiān)測的初步臨床驗證情況。
背景介紹:
循環(huán)腫瘤細胞(CTC,CirculatingTumorCell)是存在于外周血中的各類腫瘤細胞的統(tǒng)稱,因自發(fā)或診療操作從實體腫瘤病灶(原發(fā)灶、轉(zhuǎn)移灶)脫落,大部分CTC在進入外周血后發(fā)生凋亡或被吞噬,少數(shù)能夠逃逸并錨著發(fā)展成為轉(zhuǎn)移灶,增加惡性腫瘤患者死亡風險。CTC檢測通過捕捉檢測外周血中痕量存在的CTC,監(jiān)測CTC類型和數(shù)量變化的趨勢,以便實時監(jiān)測腫瘤動態(tài)、評估治療效果,實現(xiàn)實時個體治療。循環(huán)腫瘤細胞 (CTC) 承載著從基因組改變到蛋白質(zhì)組構(gòu)成的多維腫瘤相關(guān)信息,是一種很有前途的液體活檢材料。 CTC 的臨床有效性在轉(zhuǎn)移性乳腺癌 (MBC) 中得到了最廣泛的研究。 CELLSEARCH?檢測是目前使用最廣泛的方法,研究者們同時也在尋求替代策略。一種基于過濾的微流體裝置已被用于富集 CTC,但其臨床相關(guān)性仍然未知。
方法:在這項初步研究中,作者研究團隊招募了 47 名 MBC 患者,并評估了上述 CTC 檢測在腫瘤負荷監(jiān)測和人表皮生長因子受體 2 (HER2) 狀態(tài)測定方面的性能。結(jié)果:在基線時,51.1% 的患者 (24/47) 為 CTC 陽性。在伴隨著較差的放射學反應(yīng)評估的樣本中,CTC 計數(shù)和陽性率也顯著升高。連續(xù)抽血表明,與血清標志物癌胚抗原和癌抗原 15-3 相比,CTC 計數(shù)能夠更準確地監(jiān)測腫瘤負荷。此外,與之前的報告相比,CTC-HER2 狀態(tài)與腫瘤-HER2 狀態(tài)中度一致。選定樣本中的 HER2 拷貝數(shù)測量進一步支持了 CTC-HER2 狀態(tài)評估。
結(jié)論:這項研究的初步結(jié)果表明,CDC 檢測在幾個方面都有希望,包括敏感的 CTC 檢測、準確的疾病狀態(tài)反映和 HER2 狀態(tài)確定。目前需要更多的研究來驗證這些發(fā)現(xiàn),并進一步表征CTC測定的價值。
在實驗驗證中,柏恒科技RePure-A 梯度PCR儀發(fā)揮了一定作用,助力作者實驗研究進行。
而在另一篇發(fā)表在《Frontiers in Molecular Biosciences》期刊上的論文,柏恒科技PCR儀也發(fā)揮了不小作用。哈爾濱醫(yī)科大學附屬二院腎內(nèi)科主任醫(yī)師、博士生及碩士生導師李冰課題組發(fā)表的題為Bioinformatic Analysis Combined With Experimental Validation Reveals Novel Hub Genes and Pathways Associated With Focal Segmental Glomerulosclerosis的文章,作者研究團隊利用生物信息學分析與實驗驗證相結(jié)合,揭示了與局灶性節(jié)段性腎小球硬化相關(guān)的新型Hub基因和通路。
背景介紹:局灶節(jié)段性腎小球硬化癥 (focal segmental glomerulosclerosis, FSGS)是一種臨床病理綜合征,臨床表現(xiàn)為大量蛋白尿或腎病綜合征,病理以局灶節(jié)段分布的腎小球硬化病變及足細胞變性所致足突融合或消失為特征,多數(shù)表現(xiàn)為激素治療抵抗,并進行性發(fā)展至終末期腎病 (ESRD)。本研究旨在探索與FSGS相關(guān)的樞紐基因和通路,以確定潛在的診斷和治療靶點。
方法:作者團隊從 Gene Expression Omnibus (GEO) 數(shù)據(jù)庫下載了微陣列數(shù)據(jù)集 GSE121233 和 GSE129973。數(shù)據(jù)集包括 25 個 FSGS 樣本和 25 個正常樣本。使用R包“l(fā)imma”識別差異表達基因(DEG)。Gene Ontology (GO)功能和(KEGG)通路富集分析使用數(shù)據(jù)庫進行注釋,可視化和集成發(fā)現(xiàn) (DAVID),用于識別 DEG 的通路和功能注釋。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)是基于檢索相互作用基因(STRING)數(shù)據(jù)庫的搜索工具構(gòu)建的,并使用 Cytoscape 軟件進行可視化。然后使用 Cytoscape 的 cytoHubba 插件評估 DEG 的中心基因。使用 FSGS 大鼠模型通過定量實時聚合酶鏈反應(yīng) (qRT-PCR) 驗證中shu基因的表達,并進行接受者操作特征 (ROC) 曲線分析以驗證這些中(shu)樞基因的準確性。
結(jié)果:在兩個 GSE 數(shù)據(jù)集(GSE121233 和 GSE129973)中共識別出 45 個 DEG,包括 18 個上調(diào)和 27 個下調(diào)的 DEG。其中,選擇了5個具有高度連通性的樞紐基因。在 PPI 網(wǎng)絡(luò)中,前 5 個中(shu)樞基因中,F(xiàn)N1 上調(diào),而 ALB、EGF、TTR 和 KNG1 下調(diào)。 FSGS大鼠的qRT-PCR分析證實FN1的表達上調(diào),EGF和TTR的表達下調(diào)。 ROC 分析表明 FN1、EGF 和 TTR 對 FSGS 顯示出相當大的診斷效率。
結(jié)論:通過生物信息學分析結(jié)合實驗驗證,鑒定出三個新的 FSGS 特異性基因,這可能會促進對 FSGS 的分子基礎(chǔ)的理解,并為臨床管理提供潛在的治療靶點。
實驗驗證中,實驗團隊應(yīng)用了柏恒科技熒光定量PCR儀進行樣品測定并分析。
除了以上列出的幾篇文獻,柏恒科技PCR儀在生物科研、動物疫病等方面均有廣泛應(yīng)用,下期我們再繼續(xù)分享。
文獻中PCR儀產(chǎn)品簡介
RePure系列智能二維梯度PCR儀
本系列PCR儀具有二維梯度摸索功能,多種梯度摸索模式;
自適應(yīng)壓桿式熱蓋,合蓋緊蓋一步到位;
前進后出式風道,機器可并排放置,節(jié)約實驗空間;
Q3200系列熒光定量PCR儀
本系列熒光PCR儀采用四通道雙16孔模塊設(shè)計,可實現(xiàn)一機多用;
最大升降溫速率8℃/s,大大節(jié)約實驗時間;
體積小,重量輕,方便攜帶;
更多PCR儀技術(shù)應(yīng)用,歡迎關(guān)注柏恒科技,我們提供各類梯度PCR儀、熒光PCR儀等,并為客戶提供生物學相關(guān)檢測解決方案。
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