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- 梅眉辣擠誘犢 2015-09-28 00:00:00
- 一、肝組織中 DNA 的分離與鑒定【 實驗目的】1 .掌握 DNA 分離純化的原理和方法。2 .熟悉臺式離心機 的使用。3. 掌握 DNA 定量技術(shù)?!?nbsp;實驗原理】細胞內(nèi)的核酸多以核蛋白的形式存在,其中脫氧核糖核蛋白主要存在于細胞核 中,核糖核蛋白主要存在于細胞質(zhì)中。這兩類核蛋白在 0.14mol / L 氯化鈉溶液中的溶解度相差很大,核糖核蛋白在此溶液中具有很高的溶解度,脫氧核糖核蛋白的溶解度卻相當?shù)?。制成肝勻漿后,用 0 . 14mol / L 氯化鈉溶液抽提,可將兩種核蛋白分離。分離過程中加入少量檸檬酸鈉,可YZ脫氧核糖核酸酶對 DNA 的水解作用。 SDS( 十二烷基硫酸鈉 ) 能使脫氧核糖核蛋白產(chǎn)生解聚作用,在含有脫氧核糖核蛋白的溶液中加入 SDS , DNA 即與蛋白質(zhì)分離開,用氯仿將蛋白質(zhì)沉淀除去,而 DNA 溶解于水相,Z后用冷乙醇將 DNA 析出,而獲得純化的 DNA 。在氯仿中加入少量異戊醇能減少操作過程泡沫的產(chǎn)生,并有助于分相,使離心后的上層水相,中層變性蛋白,下層有機溶劑相維持穩(wěn)定。 DNA 和 RNA 在波長 260nm 處有很高的吸收峰值,蛋白質(zhì)則在 280nm 處有很高的吸收峰值。利用這個原理,測定純化樣品在 260nm 和 280nm 處的吸光度,可以推算出樣品中 DNA 的濃度,并判斷其純度。在標準條件下,當 A260 = 1 時,樣品中雙鏈 DNA 濃度為 50 μg/ml ,單鏈 DNA 濃度為 40 μg/ml 。純凈的 DNA 樣品 A260/A280 的比值約為 1.8 ,樣品中含有蛋白質(zhì)或其它雜質(zhì),會使 A260/A280 的比值下降?!?nbsp;器材和試劑】1. 器材 玻璃勻漿器、離心機 、試管、刻度吸管、紫外可見分光光度計2. 試劑1. 0.9 %氯化鈉溶液2. 10 %氯化鈉溶液3. 0.14 mol/L 氯化鈉溶液 ( 含 0.01 mol/L 檸檬酸鈉 ) :稱取氯化鈉 8.182g 和檸檬酸鈉 2H2O 2.941g ,用蒸餾水溶解并稀釋至 1000m 14. 95 %乙醇溶液 ( 冷藏 )5. 5 %十二烷基磺酸鈉 (SDS) 溶液 : 稱取 25 克 SDS 溶于 500m 1 45 %乙醇6. 氯仿 - 異戊醇混合液:氯仿 : 異戊醇 =24:17. 0.1 mol/L NaOH【 操作步驟】1 .肝勻漿制備:新鮮豬肝,用 0.9 % NaCI 洗去血液,除去結(jié)締組織,剪碎,稱取 4g 肝組織,加 4ml 0.14mol / L NaCl 溶液,勻漿器中研磨,制成肝勻漿。2 .分離核蛋白:肝勻漿倒入試管中, 4000r/min 離心 5min ,上清棄去。沉淀加 2 m 1 0.14 mol/L NaCl 攪勻后再置勻漿器中研磨, 4000r/min 離心 5min ,上清棄去,沉淀重復上述操作,上清棄去,沉淀為 DNA- 蛋白質(zhì)復合物。3 .沉淀中加 0.14mol/L NaCl 2.0ml ,攪勻,滴加 5 % SDS 2.0m1 ,邊加邊攪, 60 ℃ 水浴 10 min( 不停攪拌 ) ,冷至室溫,均勻分成兩管為 Bl 、 B2 。4 . B1 、 B2 管中各滴加氯仿 - 異戊醇液 4.0m 1( 邊加邊攪 ) ,攪至溶液顏色均勻, 3000r/min 離心 15min 。溶液分三層,上層液為水相 ( 含 DNA) ,中層為蛋白質(zhì)沉淀,下層為有機相,吸取 B1 、 B2 上層液合倒于另一試管中。5 .上清液加 95 %冷乙醇 4.0m 1 ,混勻 ( 顛倒混勻法 ) , 3000r/min 離心 15min ,去上清液,沉淀為純化 DNA 。6 . DNA 的溶解:沉淀中加入 0.1 mol/L NaOH 4.0ml ,攪拌溶解, 2000r/min 離心 10min ,上清液則為 DNA 水解液。7 . DNA 的測定:用 0.1mol/L NaOH 將樣品稀釋到一定濃度,以 0.1mol/L NaOH 調(diào)零,測定樣品的 A260 和 A280 ,計算出每克肝組織中的 DNA 含量,并判斷純化 DNA 的純度。【 注意事項】1 .在制備肝勻漿時,應盡量在冰冷條件下進行,并盡快加入含 0.0l mol / L 檸檬酸鈉的 0.14mol/L 氯化鈉溶液,以YZ脫氧核糖核酸酶 ,防止 DNA 的分解,以提高核酸得量。2 .各步驟操作應力求準確,盡量減少中途核酸的丟失,保證定量測定的準確性。3 .稀釋后應該盡量使樣品 A260 和 A280 處于 0.1-0.7 的范圍內(nèi)。二、肝組織中 RNA 的分離與鑒定【 實驗目的】1 .掌握 RNA 分離純化的原理及操作方法2 .掌握 RNA 定量技術(shù)【 實驗原理】根據(jù)前面所述, DNA 和 RNA 這兩類核蛋白在 0.14mol / L 氯化鈉溶液中的溶解度不同,制成肝勻漿后,用 0.14mol / L 氯化鈉溶液抽提,可將兩種核蛋白分離 。在含有核糖核蛋白的 0.14mol / L 氯化鈉溶液中,調(diào)節(jié) pH 至 4.2 ,使其達到等點電,核糖核蛋白即從溶液中沉淀出;用熱的 10 %氯化鈉溶液抽提核糖核酸,Z后用冷乙醇將核糖核酸鈉析出,而獲得純化的 RNA 。分離過程中注意 RNase 的活性,防止 RNA 的降解。 RNase 無處不在,且耐高溫, RNA 的提取條件比 DNA 要嚴格得多,常采用 DEPC( 焦碳酸二乙酯 ) 來YZ RNase 的活性。樣品中 RNA 的濃度及純度測定,與前相同,在此不再贅述,純度較高的 RNA 樣品, A260/A280=1.8 ~ 2.0 ,如果 A260/A280 < 1.8, 說明樣品中含有蛋白質(zhì)等,可用苯酚 - 氯仿抽提除去?!?nbsp;器材和試劑】1. 器材 玻璃勻漿器、離心機、紫外可見分光光度計、試管、刻度吸管2. 試劑(1) 0.9 %氯化鈉溶液(2) 10 %氯化鈉溶液(3) 0.14mol / L 氯化鈉溶液 ( 含 0.01 mol / L 檸檬酸鈉 ) :稱取氯化鈉 8.182g 和檸檬酸鈉 ·2H2O 2.941g ,用蒸餾水溶解并稀釋至 1000m 1(4) 10 %乙酸溶液(5) 95 %乙醇溶液 ( 冷藏 )(6) 0.1mol/L NaOH【 操作步驟】1 .肝勻漿制備:新鮮豬肝,用 0.9 % NaCl 洗去血液,除去結(jié)締組織,剪碎,稱取 4g 肝組織,加 4m 1 0.14mol/L NaCl 溶液,勻漿器中研磨,制成肝勻漿。2 .分離核蛋白:肝勻漿倒入試管中, 4000r/min 離心 5min ,上清倒入另一試管中為 A 管。沉淀加 2m 1 0.14mol / L NaCI 攪勻后再置勻漿器中研磨, 4000r/min 離心 5min ,上清倒入 A 管,沉淀重復上述操作,上清并入 A 管,沉淀棄去。3 . A 管用 10 %乙酸調(diào) pH 至 4.2 ,混勻,靜置 5min , 4000r/min 離心 5min ,傾去上清,沉淀含核糖核蛋白。4 . A 管沉淀中加 3m 1 10 % NaCI ,攪勻, 100 ℃ 水浴 10min( 不斷攪拌,防沸溢出 ) ,冷卻, 4000r/min 離心 5min ,留上清液。5 . A 管上清液加 95 %冷乙醇 5m 1 ,見乳白色核糖核酸鈉沉淀,混勻放置 10min , 4000r/min 離心 15min ,沉淀為純化 RNA 。6 . RNA 的溶解:沉淀中加入 0.1 mol/L NaOH 4.0ml ,攪拌溶解, 2000r/min 離心 10min ,上清液則為 RNA 水解液。7 . RNA 的測定:用 0.1mol/L NaOH 將樣品稀釋到一定濃度,以 0.1mol/L NaOH 調(diào)零,測定樣品的 A260 和 A280 ,計算出每克肝組織中的 RNA 含量,并判斷純化 RNA 的純度?!?nbsp;注意事項】1 .在制備肝勻漿時 , 在進行。在冰浴中進行,全部操做過程注意YZ RNase 活性。2 .各步驟操作應力求準確,盡量減少中途核酸的丟失,保證定量測定的準確性。3 .稀釋后應該盡量使樣品 A260 和 A280 處于 0.1-0.7 的范圍內(nèi)。
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前言
MIQE是描述評估qPCR實驗所需的最小信息,該指南是稿件投稿時需要同時提交的一個清單。通過作者提供相關的實驗條件和實驗特點,審稿人可以評價實驗所用方法的可靠性。另外提供詳細的實驗所用試劑、序列和分析方法,其他研究人員可以利用這些信息進行重復實驗。
對于核酸提取MIQE有明確要求兩點——實驗組與對照組的定義及每一組的樣本數(shù)量。
無論采用手工法還是試劑盒,只要符合MIQE的要求并實現(xiàn)良好的可操作性和重現(xiàn)性,就是合理客觀的技術(shù)方法。MIQE在該部分操作中的要求又分為兩大塊——樣本描述和核酸提取方法。
樣本描述
? 樣本采集和處理的方法描述
? 樣本的來源描述(宏觀解剖還是激光顯微切割)
? 樣本是如何即時處理(保存條件及時間)
? 冷凍樣本的冷凍方法和時間
核酸提取
采取的提取方法:
1)手工法:小批量經(jīng)濟型
2)自動化儀器:大批量高效型
按獲取的物質(zhì)可分為DNA和RNA:
◆ DNA:適合拷貝數(shù)變異、SNP分析等實驗
◆ RNA:適合基因表達、長非編碼RNA等實驗
圖源:網(wǎng)絡,侵刪
按提取方法分為化學法和機械破碎法:
◆ 化學法:適合采用堿裂解法的樣本,質(zhì)粒提取、菌類的提取
◆ 機械破碎法:比較堅硬有一定韌性的物質(zhì),動植物組織
更推薦使用合適的商品化的核酸提取試劑盒,流程標準化程度更高,質(zhì)量更容易得到保證,這樣在方法描述時可以更簡單一些,直接引用試劑盒的生產(chǎn)廠家、貨號和名稱即可。
DNA酶或RNA酶的處理細節(jié):
基因表達實驗中,RNA模板如果存在DNA污染,會嚴重干擾最后的結(jié)果。因此提取RNA時要加入DNA酶將DNA消化掉,工作濃度、處理溫度和時間要加以說明,同時也要加入RNase抑制劑提供保護。使用柱純化試劑盒提取RNA時也可以在柱上進行DNA消化。同樣的,提取DNA時也要將RNA消化掉,盡管殘留RNA對DNA為模板的qPCR實驗影響小得多。
Cielo?實時熒光定量PCR系統(tǒng)
? 數(shù)據(jù)可靠性:連續(xù)1000次實驗后,結(jié)果高度一致。
? 應用靈活性:提供多種qPCR應用分析。
? 流程智能化:中英文用戶界面,觸控操作,可多機聯(lián)用。
? 在線便捷性:主機可獨立運行qPCR程序,數(shù)據(jù)可USB、Wi-Fi等網(wǎng)絡傳輸。
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