環(huán)介導等溫擴增(LAMP)是一種簡單而高效的DNA擴增檢測方法,以其快速、簡單等特點,在疾病診斷、轉(zhuǎn)基因食品檢測等分子POCT領(lǐng)域應(yīng)用越來越廣泛。LAMP檢測方法分為多種,包括比濁法、pH顯色法、熒光染料法(如NHB、鈣黃綠素、SYBR Green、Syto等)、熒光探針法等,以上所有的方法都會用到關(guān)鍵核心酶原料Bst DNA聚合酶。
LAMP技術(shù)核心酶—Bst DNA聚合酶的性質(zhì),包括聚合活性、鏈置換能力和穩(wěn)定性,在LAMP技術(shù)的反應(yīng)速度和準確性方面起著決定性的作用。
翌圣Bst DNA聚合酶
翌圣生物Hieff Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)是將缺少5′→3′外切核酸酶結(jié)構(gòu)域的Thermophilic Geobacillus sp DNA聚合酶基因在E.coli中表達純化而得。該Bst DNA聚合酶鏈置換能力強,具備高靈敏度、高擴增效率、高dUTP耐受性的優(yōu)勢,可廣泛應(yīng)用于基于等溫擴增技術(shù)的病原體即時檢測。
快速、高靈敏
Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)靈敏度超高,低至5copies目的基因可測。模板量為飛克(fg)級別,且始終能比競品更快達到閾值,擴增速率更快。
圖1. 分別用翌圣Bst Plus DNA Polymerase(橙色)和競品N(灰色)、競品T(藍色)的Bst酶進行RT-LAMP反應(yīng),使用各自制造商推薦的最佳方案,擴增新冠病毒。結(jié)果表明,翌圣Bst Plus DNA Polymerase始終能比競品更快達到閾值,擴增速率更快。
高dUTP耐受性
使用Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)進行RT-LAMP反應(yīng),擴增新冠假病毒模板(20 copies/T)。在推薦反應(yīng)方案中引入dUTP/UDG酶防污染系統(tǒng),使用dUTP替換dTTP。對比全U(35 mM)替換(紅色擴增曲線)與T:U = 1:1(藍色擴增曲線)的擴增結(jié)果發(fā)現(xiàn),在反應(yīng)體系中添加dUTP對Hieff Bst Plus DNA Polymerase的靈敏度及擴增效率無影響,該酶具有較高的dUTP耐受性。
圖2. 翌圣Hieff Bst Plus DNA Polymerase(Cat#14402ES)高dUTP耐受性驗證結(jié)果
翌圣溫啟動Bst DNA聚合酶
翌圣生物持續(xù)專注于分子酶的改造研究,通過高通量篩選平臺獲得了Bst Plus DNA Polymerase,該酶以其優(yōu)異的靈敏度和抗抑制性能在新冠期間發(fā)揮重大作用。同時通過蛋白平臺的持續(xù)研發(fā)工作,開發(fā)了WS Bst DNA Polymerase(Cat#14412ES),該酶是在Bst Plus DNA 聚合酶的基礎(chǔ)上采用可逆性適配體修飾技術(shù)獲得的溫啟動等溫擴增聚合酶,能夠在室溫下完全封閉酶的活性,防止非特異性擴增,提高反應(yīng)效率,可在室溫下建立反應(yīng),更適合高通量、大規(guī)模篩選場景。另外,該溫啟動Bst聚合酶不需要單獨的激活步驟,在>60℃時1min內(nèi)完全釋放酶活。
擴增性能
使用溫啟動Bst酶(Cat#14412ES)配置的RT-LAMP預(yù)混液16729(藍色)、16730(無甘油,黑色),和市面上同類產(chǎn)品Supplier A(紅色)同時擴增,結(jié)果顯示:在不同體系下,16729/16730的擴增性能與Supplier A無顯著差異,且特異性更好。
圖3. 使用14412ES配置的LAMP體系與同類產(chǎn)品擴增性能比較
室溫配置體系
使用溫啟動Bst酶(Cat#14412ES)配置成熒光染料法的LAMP試劑,選擇特異性一般的貓細小病毒引物,進行LAMP擴增,結(jié)果顯示:適配體修飾的溫啟動Bst酶能在室溫下抑制反應(yīng)的進行,顯示為本底信號低,非特異性擴增出峰時間晚于無適配體修飾的Bst酶在常溫和冰上配置的體系。
圖4. 使用14412ES配置的LAMP體系與無適配體修飾的Bst酶配置的體系室溫建立反應(yīng)比較
翌圣耐熱Bst DNA聚合酶
目前LAMP反應(yīng)推薦溫度為60-65℃,在該溫度下,存在靶標核酸模板變性不徹底,樣本中存在的抑制劑難以被滅活等問題,從而可能造成模板利用率不高或模板被降解等現(xiàn)象,最終導致LAMP檢測靈敏度受限。為了獲得適用于更高溫度LAMP/RT-LAMP實驗的Bst DNA聚合酶,翌圣與蘇州醫(yī)工所和華東理工三方聯(lián)合,通過ProStaB/FADS的高通量雙功能酶分子改造平臺,共同開發(fā)了耐熱Bst DNA聚合酶 Super Bst DNA Polymerase(Cat#14410ES/14411ES),提升了Bst DNA聚合酶在70℃高溫RT-LAMP中的擴增性能,可為期望提升LAMP實驗靈敏度和開發(fā)免提取LAMP/RT-LAMP產(chǎn)品的客戶提供測試裝。
耐熱突變體篩選
通過改造Bst DNA聚合酶的熱穩(wěn)定性,相比Parent(母本),突變體Bst22的Tm值提高了2.9℃,且耐熱Bst22酶(Cat#14410ES)搭配高溫耐熱MMLV逆轉(zhuǎn)錄酶(Yeasen Cat#14612ES)能耐受70℃高溫RT-LAMP反應(yīng)。
圖5.耐熱Bst DNA聚合酶突變體篩選
(a)耐熱Bst DNA聚合酶突變體篩選(Tm值);(b)高溫(70℃)RT-LAMP擴增反應(yīng)靈敏度高
以gDNA為模板,搭配翌圣13762的buffer體系,考察14411在65℃和70℃的擴增能力。圖a添加量為2ng/uL的模板,圖b模板濃度梯度降低,結(jié)果表明:14411可耐受70℃的LAMP反應(yīng),且提高溫度,檢測Ct值顯著縮小,表明耐熱Bst酶可進一步提升體系的靈敏度。
圖6. Bst酶14411靈敏度測試
Bst DNA聚合酶對比
翌圣LAMP相關(guān)原料推薦
翌圣生物
翌圣生物科技(上海)股份有限公司成立于2014年,是一家聚焦生命科學產(chǎn)業(yè)鏈上游核心原料,從事核苷酸、蛋白、細胞和類器官四大品類生物試劑的研發(fā)、生產(chǎn)與銷售的高新技術(shù)企業(yè)。公司兼?zhèn)浜诵募夹g(shù)自主研發(fā)和規(guī)模化生產(chǎn)能力,核心產(chǎn)品數(shù)量達數(shù)千種,覆蓋分子克隆、qPCR、NGS、體外轉(zhuǎn)錄、抗體、蛋白純化及分析、細胞培養(yǎng)、轉(zhuǎn)染、報告基因檢測和類器官等多種系列,廣泛應(yīng)用于生命科學研究、診斷檢測和生物醫(yī)藥等領(lǐng)域。
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