本期導(dǎo)讀:
關(guān)注,聚焦行業(yè)應(yīng)用,探索高光譜遙感發(fā)展!
本期內(nèi)容:利用高光譜成像和變壓器對(duì)腎小球疾病進(jìn)行準(zhǔn)確分類(lèi)
應(yīng)用關(guān)鍵詞:醫(yī)學(xué)高光譜圖像,分類(lèi)模型,無(wú)創(chuàng)診斷
background
背景
在腎臟疾病研究中,利用尿樣進(jìn)行精確的腎小球疾病診斷對(duì)于治療和預(yù)后至關(guān)重要。傳統(tǒng)方法依賴(lài)于有創(chuàng)性活檢,這存在風(fēng)險(xiǎn)并由于病理學(xué)家的差異而不一致因此,迫切需要?jiǎng)?chuàng)新的診斷工具,以提高傳統(tǒng)方法的效率,確保疾病檢測(cè)的準(zhǔn)確性和一致性。本研究提出了一種創(chuàng)新的卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)-視覺(jué)變壓器(CVT)模型,通過(guò)融合光譜和空間數(shù)據(jù),改進(jìn)腎小球疾病的診斷。通過(guò)間隔采樣預(yù)處理和波長(zhǎng)優(yōu)化,該研究還引入了Gramian Angular Field (GAF)方法來(lái)統(tǒng)一表示光譜和空間特征。
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圖1. 研究流程圖
experimental design
試驗(yàn)設(shè)計(jì)
本研究收集了2020年11月至2022年1月在山東大學(xué)齊魯醫(yī)院診斷為各種腎小球疾病的患者的尿液樣本。病例被分為四組不同的組,每組包含30例:微小改變病(MCD)、糖尿病腎?。―N)、膜性腎?。∕N)和IgA腎?。↖gAN)。對(duì)于每個(gè)樣本,取5 mL尿液,以1500 rpm離心5分鐘。隨后,將0.5 mL的上清液小心地轉(zhuǎn)移到一個(gè)干凈的載玻片上。共計(jì)120份尿液樣本。所有參與患者均獲得知情同意,本研究獲得了山東大學(xué)齊魯醫(yī)院倫理委員會(huì)的倫理批準(zhǔn),確保符合倫理標(biāo)準(zhǔn)和患者保密。采用江蘇線掃推掃高光譜成像裝置在反射模式下采集尿液上清樣本的高光譜圖像。該設(shè)備的詳細(xì)配置如圖2所示。
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圖2. 高光譜成像系統(tǒng)示意圖
結(jié)論:數(shù)據(jù)獲取和預(yù)處理
收集了2020年11月至2022年1月期間山東大學(xué)齊魯醫(yī)院診斷的各種腎小球疾病患者的尿樣本,并進(jìn)行高光譜圖像采集和反射率校準(zhǔn)。
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圖3. 不同腎小球疾病的平均反射光譜曲線
圖3展示了不同疾病類(lèi)型的平均光譜曲線的趨勢(shì),由于其來(lái)自相同的腎組織,曲線趨勢(shì)一致,但在特定波段的反射率值存在細(xì)微差異,表明不同疾病的內(nèi)部組成差異。
模型建立和評(píng)估
在本研究中,我們?cè)赩iT的基礎(chǔ)上,創(chuàng)新性地提出了CVT,在每個(gè)變壓器層之前集成一個(gè)卷積層,充分利用卷積層提取局部特征的能力,為變壓器層提供更豐富的輸入特征。這也有效地緩解了變壓器的高計(jì)算復(fù)雜度,提高了模型的整體效率和泛化性能。這個(gè)創(chuàng)新的框架結(jié)合了傳統(tǒng)的CNN處理局部圖像特征的能力和變壓器的全局上下文理解的精細(xì)能力。在模型輸入時(shí),將圖像分解為一系列固定大小的圖像塊,并進(jìn)行線性變換來(lái)提高維數(shù),從而構(gòu)建一個(gè)初始特征表示。為了增強(qiáng)這些特征的內(nèi)部局部相關(guān)性,在每個(gè)變壓器層之前放置了一個(gè)卷積層,有助于揭示相鄰圖像塊之間的空間屬性,并豐富后續(xù)變壓器層的特征集。研究中使用了傳統(tǒng)機(jī)器學(xué)習(xí)模型和CVT模型,通過(guò)各種預(yù)處理和波長(zhǎng)優(yōu)化方法提高模型的準(zhǔn)確性和魯棒性。
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圖4. CVT模型的結(jié)構(gòu)
t-SNE算法將復(fù)雜的高維網(wǎng)絡(luò)特征映射到一個(gè)二維景觀中,其中不同顏色的點(diǎn)代表不同腎小球疾病的t-SNE特征識(shí)別。圖8清楚地顯示,與其他三種替代模型不同,本研究采用的模型表現(xiàn)出相同疾病表現(xiàn)對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)集的緊密聚類(lèi),通過(guò)清晰的邊界和空間分離,突出了不同疾病狀態(tài)之間的差異。一些偏離其指定集群的樣本無(wú)意中與不同疾病類(lèi)別的集群相一致。這一觀察結(jié)果在一定程度上證明了不同模型在腎小球疾病分層的二維框架內(nèi)處理圖像數(shù)據(jù)的能力。此外,這些發(fā)現(xiàn)顯著地強(qiáng)調(diào)了本研究中提出的模型在區(qū)分不同腎小球疾病實(shí)體方面的敏銳性。
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圖5. 訓(xùn)練后的特征的t-SNE可視化。第0類(lèi)代表微小改變疾?。∕CD),第1類(lèi)代表糖尿病腎?。―N),第2類(lèi)代表膜性腎?。∕N),第3類(lèi)代表IgA腎病(IgAN)
討論與結(jié)論
在腎小球疾病分類(lèi)領(lǐng)域,其他最新研究采用了肽面板、視網(wǎng)膜血管、臨床變量、腎活檢等材料,并結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)算法對(duì)腎小球疾病進(jìn)行客觀分類(lèi)。與其他研究相比,我們的研究創(chuàng)新性地將尿液上清液與HSI結(jié)合起來(lái),并提出了聯(lián)合空間光譜數(shù)據(jù)。在使用GAF增維后,使用所提出的CVT模型進(jìn)行分類(lèi)。與其他研究相比,我們的材料和方法在更多的類(lèi)別中獲得了更高的準(zhǔn)確性。表1顯示了具體的細(xì)節(jié)。
表1. 與其他最新的腎小球疾病分類(lèi)研究的比較。(不可用的指標(biāo)被“-”取代)
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Conclusion
結(jié)論
本研究顯著推進(jìn)了腎小球疾病的無(wú)創(chuàng)和精確診斷,減少了侵入性活檢的需要,并通過(guò)準(zhǔn)確的早期診斷改善了患者的預(yù)后。本研究證明了將先進(jìn)的人工智能技術(shù)應(yīng)用于醫(yī)學(xué)成像的可行性,并突出了它們?cè)诟淖兗膊≡\斷和管理方面的潛力。
PRODUCT
產(chǎn)品推薦
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主要特點(diǎn):
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作者簡(jiǎn)介:
田崇軒:
山東大學(xué),在讀博士
專(zhuān)業(yè)方向:
智能醫(yī)學(xué)
參考文獻(xiàn):
[1] Xu, Z.,Chen,R.,Hao,C.,**e,Q.,Deng,C.,&Sun,N. (2024).Peptidome data-driven comprehensive individualized monitoring of membranous nephropathy with machine learning.Chinese Chemical Letters, 35(5), 108975, https://doi.org/10.1016/j.cclet.2023.108975.
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and Decision Making, 23(1), 241,doi: 10.1186/s12911-023-02343-9.
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Biology and Medicine, 166, 107470, https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2023.107470.
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