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干貨│基因編輯探秘系列之在合成生物學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 更新時間:2024-12-25 14:40:25 閱讀量:174

 

自21世紀(jì)初以來,合成生物學(xué)這一新興領(lǐng)域便引起了全球的廣泛關(guān)注。2004年,美國麻省理工學(xué)院(MIT)出版的《技術(shù)評論》雜志將合成生物學(xué)評選為將改變世界的十大技術(shù)之一。作為一門跨學(xué)科的新興領(lǐng)域,合成生物學(xué)融合了生物學(xué)、基因組學(xué)、工程學(xué)以及信息學(xué)等多個學(xué)科的知識與技術(shù)。其核心目標(biāo)是采用工程化的方法來設(shè)計、構(gòu)建和優(yōu)化標(biāo)準(zhǔn)化的生物部件和模塊,以此改造現(xiàn)有的自然生物系統(tǒng)或創(chuàng)建全新的人造生命形式,從而賦予它們預(yù)定的功能。
 

合成生物學(xué)在多個領(lǐng)域都有廣泛的應(yīng)用前景,主要應(yīng)用領(lǐng)域包括健康與醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)與食品、生物能源、環(huán)境保護(hù)等。隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步和應(yīng)用范圍的擴(kuò)大,合成生物學(xué)有望在未來為人類社會帶來更多創(chuàng)新和突破。

 

表1.合成生物學(xué)主要應(yīng)用場景

數(shù)據(jù)來源:專家訪談;B Capital分析;BCG分析

 

 

 

合成生物學(xué)的生產(chǎn)流程

 

合成生物學(xué)產(chǎn)品生產(chǎn)的步驟主要分為四大板塊:底盤細(xì)胞篩選、生產(chǎn)細(xì)胞構(gòu)建、發(fā)酵生產(chǎn)、分離純化。

 

01

篩選底盤細(xì)胞

底盤細(xì)胞是合成生物學(xué)生產(chǎn)的基礎(chǔ)。目前,主要的底盤細(xì)胞體系包括細(xì)菌、真菌(酵母)以及動物和植物細(xì)胞。為了有效地表達(dá)內(nèi)源或外源基因并產(chǎn)生所需的產(chǎn)物,通常會選擇經(jīng)過篩選的高產(chǎn)突變株作為待改造的底盤細(xì)胞。
02

生產(chǎn)細(xì)胞構(gòu)建

隨著分子生物學(xué)的不斷進(jìn)步,基于生物學(xué)知識的理性設(shè)計策略已廣泛應(yīng)用于細(xì)胞生產(chǎn)領(lǐng)域。特別是“DBTL”(設(shè)計-構(gòu)建-測試-學(xué)習(xí))循環(huán)方法,通過基因合成、基因編輯和細(xì)胞培養(yǎng)等技術(shù)手段,像搭積木一樣去構(gòu)建代謝通路,成功構(gòu)建所需細(xì)胞,用于生產(chǎn)目標(biāo)產(chǎn)品。

03

發(fā)酵生產(chǎn)和分離純化

構(gòu)建的生產(chǎn)細(xì)胞經(jīng)過發(fā)酵生產(chǎn)和分離純化即可得到理想的合成生物學(xué)產(chǎn)品。

 

圖1. 合成生物學(xué)生產(chǎn)流程圖(資料來源:華安證券研究所整理)

 

 

基因編輯在合成生物學(xué)中的應(yīng)用

 

CRISPR基因編輯技術(shù)的基本原理已在前文“干貨│基因編輯探秘系列之原理篇”“干貨│基因編輯探秘系列之技術(shù)篇”中進(jìn)行了詳盡闡述。得益于其卓越的基因組編輯能力和簡便的操作性,CRISPR技術(shù)在合成生物學(xué)系統(tǒng)改造與開發(fā)中扮演著關(guān)鍵角色,廣泛應(yīng)用于多個領(lǐng)域,如細(xì)胞治療、植物基因改良以及微生物合成途徑的基因編輯等。接下來,小編將以幾個例子為大家講述CRISPR技術(shù)在合成生物學(xué)中的應(yīng)用。

 

01

CRISPR技術(shù)在微生物改造中的應(yīng)用

微生物代謝產(chǎn)物豐富多樣,包括眾多天然產(chǎn)品。以絲狀真菌為例,它們能合成抗生素、色素、酶及激素等多種物質(zhì),廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、化工、農(nóng)業(yè)和基礎(chǔ)生物學(xué)研究。目前,絲狀真菌生產(chǎn)的酶占工業(yè)酶市場約50%。然而,絲狀真菌遺傳背景復(fù)雜,某些次級代謝產(chǎn)物僅在特定環(huán)境下產(chǎn)生,實驗室標(biāo)準(zhǔn)條件下難以合成。CRISPR系統(tǒng)作為簡便基因編輯工具,已用于多種絲狀真菌基因編輯,如敲除天然代謝途徑基因或在宿主細(xì)胞中表達(dá)異源基因,以優(yōu)化天然產(chǎn)物合成、增強目標(biāo)產(chǎn)物表達(dá)、減少或消除毒性產(chǎn)物,推動絲狀真菌開發(fā)與應(yīng)用。

 

圖2. CRISPR技術(shù)在絲狀真菌次級代謝產(chǎn)物合成中的應(yīng)用[4]

 

黑麥麥角菌(Claviceps purpurea)所產(chǎn)麥角生物堿,能治療偏頭痛、高血壓,并在產(chǎn)婦分娩后助子宮收縮,減少出血。研究者們巧妙將CRISPR/Cas9 RNP復(fù)合物和供體DNA(donor DNA),一同導(dǎo)入黑麥麥角菌的原生質(zhì)體內(nèi)部,針對與尿苷生物合成、菌絲形態(tài)學(xué)以及麥角生物堿產(chǎn)量等緊密相關(guān)的三個靶基因進(jìn)行精準(zhǔn)敲除。實驗結(jié)果顯示,這一基于體外預(yù)組裝的CRISPR RNP策略,能夠高效且精確地剔除麥角生物堿合成路徑中的關(guān)鍵基因,有助于闡明麥角生物堿的生物合成途徑,促進(jìn)對麥角菌的代謝工程改造,提高麥角生物堿合成效率。

 

圖3. 黑麥麥角菌CRISPR基因編輯流程[5]

02

CRISPR基因編輯技術(shù)在植物細(xì)胞改造中的應(yīng)用

合成生物學(xué)在微生物領(lǐng)域的應(yīng)用前景極為廣闊,尤其在滿足環(huán)境改善需求和推動工業(yè)化生產(chǎn)方面展現(xiàn)出巨大潛力。然而,當(dāng)選用微生物作為生產(chǎn)平臺時,往往面臨需大量消耗糖類資源(如葡萄糖)的挑戰(zhàn)。此外,微生物在異源表達(dá)源自植物的代謝途徑及調(diào)控酶(如細(xì)胞色素P450酶系)方面存在效率低下的問題。相比之下,植物能夠直接利用大氣中的二氧化碳作為碳源,合成所需化合物。鑒于植物與宿主之間擁有相似的細(xì)胞器、輔酶及輔助因子,這為直接將特定代謝路徑轉(zhuǎn)移至宿主植物并應(yīng)用于生產(chǎn)提供了便利,且無需繁瑣的優(yōu)化過程。

 

隨著植物合成生物學(xué)的快速發(fā)展,我們現(xiàn)能夠通過精心設(shè)計與改造植物,以滿足不斷增長的各種需求。例如,可以開發(fā)多樣化的生物傳感器以實時監(jiān)測細(xì)胞活動,通過精準(zhǔn)改造提升作物產(chǎn)量與營養(yǎng)品質(zhì),或是生產(chǎn)植物天然產(chǎn)物及蛋白質(zhì)。這些創(chuàng)新的工程應(yīng)用不僅彰顯了植物合成生物學(xué)的成熟度,更為其未來的蓬勃發(fā)展奠定了堅實基礎(chǔ)。

 

圖4. 植物合成生物學(xué)技術(shù)路線和應(yīng)用[7]

 

顛茄,作為人類常用的重要草本植物,能夠孕育出眾多生物堿(TAs),其中尤以莨菪堿(hyoscyamine)、山莨菪堿(anisodamine)及東莨菪堿(scopolamine)為代表。莨菪堿在治療心律失常與有機(jī)磷中毒方面展現(xiàn)出獨特療效。而莨菪堿6β-羥化酶(H6H),一種具備雙功能的雙加氧酶,負(fù)責(zé)催化莨菪堿的6β-羥化過程,進(jìn)而生成山莨菪堿,并最終通過環(huán)氧化作用將其轉(zhuǎn)化為東莨菪堿。近期,科研人員巧妙運用CRISPR-Cas9技術(shù),精準(zhǔn)敲除了顛茄中的莨菪堿6β-羥化酶基因。這一舉措不僅顯著提升了顛茄植株中莨菪堿的含量,更徹底消除了山莨菪堿與東莨菪堿的存在,極大地簡化了莨菪堿的提取流程,降低了生產(chǎn)成本。此研究成果預(yù)示著低成本生產(chǎn)莨菪堿的廣闊前景,為醫(yī)藥領(lǐng)域帶來了新的希望與可能。

 

圖5. 莨菪堿6β-羥化酶(H6H)、莨菪堿6β-羥化酶基因結(jié)構(gòu)及CRISPR/Cas9載體構(gòu)建[8]

 

合成生物學(xué),這一顛覆性且前沿的技術(shù)領(lǐng)域,已迅速崛起成為新興的黃金賽道。其中,CRISPR基因編輯技術(shù)作為其核心基石,正以前所未有的速度推動著整個領(lǐng)域的快速發(fā)展。由于其廣泛的應(yīng)用范圍,我們無法在此一一列舉,僅通過以上案例來展示其巨大的應(yīng)用潛力。

 

翌圣生物專注于CRISPR基因編輯技術(shù)領(lǐng)域,致力于提供全面的CRISPR技術(shù)解決方案,旨在加速CRISPR基因編輯技術(shù)在合成生物學(xué)領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用與深入發(fā)展。

 

 

產(chǎn)品推薦

 

產(chǎn)品應(yīng)用

產(chǎn)品定位

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號

通用型

NLS的SpCas9

Cas9 Nuclease

14701ES

熒光觀察/流式分選

EGFP熒光標(biāo)簽的SpCas9

NLS-Cas9-EGFP Nuclease

11364ES

基因調(diào)控

無剪切酶活性的Cas9

dCas9 Nuclease

11351ES

小分子量遞送

Cas12a

ArCas12a Nuclease

14702ES

Cas12b

AapCas12b Nuclease

14808ES

sgRNA制備

sgRNA合成

Hifair® Precision sgRNA Synthesis Kit

11355ES

sgRNA純化

Hieff NGS® RNA Cleaner

12602ES

 

參考文獻(xiàn)

[1] Tan X, Letendre JH, Collins JJ, Wong WW. Synthetic biology in the clinic: engineering vaccines, diagnostics, and therapeutics. Cell. 2021;184(4):881-898. 

[2 Meng F, Ellis T. The second decade of synthetic biology: 2010-2020. Nat Commun. 2020;11(1):5174. Published 2020 Oct 14.

[3] Depil S, Duchateau P, Grupp SA, Mufti G, Poirot L. 'Off-the-shelf' allogeneic CAR T cells: development and challenges. Nat Rev Drug Discov. 2020;19(3):185-199.

[4] 林繼聰, 鄒根, 劉宏民, 魏勇軍. CRISPR/Cas基因組編輯技術(shù)在絲狀真菌次級代謝產(chǎn)物合成中的應(yīng)用[J]. 合成生物學(xué), 2023, 4(4): 738-755.

[5] Yu L, Xiao M, Zhu Z, et al. Efficient genome editing in Claviceps purpurea using a CRISPR/Cas9 ribonucleoprotein method. Synth Syst Biotechnol. 2022;7(2):664-670. Published 2022 Feb 16. 

[6] Gao J, Xu J, Zuo Y, et al. Synthetic Biology Toolkit for Marker-Less Integration of Multigene Pathways into Pichia pastoris via CRISPR/Cas9. ACS Synth Biol. 2022;11(2):623-633. 

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[8] Zeng L, Zhang Q, Jiang C, et al. Development of Atropa belladonna L. Plants with High-Yield Hyoscyamine and without Its Derivatives Using the CRISPR/Cas9 System. Int J Mol Sci. 2021;22(4):1731. Published 2021 Feb 9.

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