GWAS(Genome-Wide Association Study)-全基因組關(guān)聯(lián)分析,是一種在全基因組范圍搜索遺傳變異位點,并與性狀進行關(guān)聯(lián)分析的一種方法,通過比較基因型與表型,鎖定與目標性狀相關(guān)的基因位點。
GWAS
目前常見的應用領域
農(nóng)業(yè)分子育種
揭示關(guān)注農(nóng)藝性狀的遺傳基礎(產(chǎn)量、抗逆性、品質(zhì)等),探索遺傳學機理,為分子育種提供指導和支持。
疾病研究
尋找特定疾病(例如心血管疾病、精神類疾病、癌癥等)相關(guān)的遺傳變異位點,了解疾病發(fā)病機制,為早期預防和治療提供靶點信息。
在農(nóng)業(yè)領域
動植物GWAS研究流程及內(nèi)容
GWAS研究中,一般自然群體材料的樣本數(shù)量要求至少200個以上,而針對復雜性狀,樣本數(shù)量的要求更多,以便得到更為準確的功能基因定位(表1:水稻GWAS已發(fā)表文章中的樣本數(shù)量)。
表1
物種 | 年份 | 樣本數(shù) | 期刊 | 分析內(nèi)容 |
水稻 | 2014[1] | 529 | NG | 代謝相關(guān)性狀 |
2014[2] | 533 | NG | 農(nóng)藝性狀 | |
2016[3] | 381 | NG | 谷粒大小性狀 | |
2016[4] | 176 | NG | 抽穗性狀 | |
2016[5] | 93 | NG | 耐鹽性狀 | |
2018[6] | 507 | MP | 耐旱性狀 | |
2020[7] | 524 | PBJ | 抗倒扶性狀 | |
2021[8] | 1520 | JIPB | 水稻與褐飛虱互作與進化 | |
2023[9] | 268 | NC | 耐鹽堿性狀 | |
2025[10] | 6044 | MP | 抽穗期、產(chǎn)量、逆境響應 |
針對群體數(shù)量較大的GWAS研究,在測序前期濕實驗的建庫環(huán)節(jié)無疑是一個巨大的工作任務,無論是全基因組GWAS,還是簡化基因組GWAS,都給人工建庫帶來挑戰(zhàn),而高通量的自動化建庫儀為大量樣本的建庫提供了一個高效、穩(wěn)定、安全的工作平臺,單個工作日可完成200-300個基因組文庫的構(gòu)建。
Vitae 180 NGS-96建庫儀
大量樣本測序研究中的應用
全基因組建庫流程
盤面布局
產(chǎn)品特點
產(chǎn)品參數(shù)
參考文獻
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