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高通量建庫儀在GWAS大量樣本測序研究中的應用

來源:睿科集團股份有限公司 更新時間:2025-04-11 17:00:14 閱讀量:374
導讀:千呼萬喚它來了,96通道建庫儀,適用于高通量(96個樣本/run)的建庫需求,可自動化完成各類文庫構(gòu)建流程

GWAS(Genome-Wide Association Study)-全基因組關(guān)聯(lián)分析,是一種在全基因組范圍搜索遺傳變異位點,并與性狀進行關(guān)聯(lián)分析的一種方法,通過比較基因型與表型,鎖定與目標性狀相關(guān)的基因位點。


GWAS

目前常見的應用領域



農(nóng)業(yè)分子育種

揭示關(guān)注農(nóng)藝性狀的遺傳基礎(產(chǎn)量、抗逆性、品質(zhì)等),探索遺傳學機理,為分子育種提供指導和支持。


疾病研究

尋找特定疾病(例如心血管疾病、精神類疾病、癌癥等)相關(guān)的遺傳變異位點,了解疾病發(fā)病機制,為早期預防和治療提供靶點信息。


在農(nóng)業(yè)領域

動植物GWAS研究流程及內(nèi)容



GWAS研究中,一般自然群體材料的樣本數(shù)量要求至少200個以上,而針對復雜性狀,樣本數(shù)量的要求更多,以便得到更為準確的功能基因定位(表1:水稻GWAS已發(fā)表文章中的樣本數(shù)量)。


表1

物種

年份

樣本數(shù)

期刊

分析內(nèi)容

水稻

2014[1]

529

NG

代謝相關(guān)性狀

2014[2]

533

NG

農(nóng)藝性狀

2016[3]

381

NG

谷粒大小性狀

2016[4]

176

NG

抽穗性狀

2016[5]

93

NG

耐鹽性狀

2018[6]

507

MP

耐旱性狀

2020[7]

524

PBJ

抗倒扶性狀

2021[8]

1520

JIPB

水稻與褐飛虱互作與進化


2023[9]

268

NC

耐鹽堿性狀


2025[10]

6044

MP

抽穗期、產(chǎn)量、逆境響應



針對群體數(shù)量較大的GWAS研究,在測序前期濕實驗的建庫環(huán)節(jié)無疑是一個巨大的工作任務,無論是全基因組GWAS,還是簡化基因組GWAS,都給人工建庫帶來挑戰(zhàn),而高通量的自動化建庫儀為大量樣本的建庫提供了一個高效、穩(wěn)定、安全的工作平臺,單個工作日可完成200-300個基因組文庫的構(gòu)建。


Vitae 180 NGS-96建庫儀

大量樣本測序研究中的應用


Vitae 180 NGS-96建庫儀適用于高通量(96個樣本/run)的建庫需求,可自動化完成各類文庫構(gòu)建流程;包含建庫所需要的所有功能模塊(PCR板冷槽、PCR 板加熱模塊、PCR 板振蕩模塊、PCR板磁力架、PCR儀),滿足不同建庫流程的需要。




全基因組建庫流程





盤面布局






產(chǎn)品特點





產(chǎn)品參數(shù)


參考文獻


[1] Chen W, Gao YQ, Xie WB et al., Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism[J]. Nature Genetics (2014)

[2] Yang WN, Guo ZL, Huang CL et al., Combining high-throughput phenotyping and genome-wide association studies to reveal natural genetic variation in rice[J]. Nature Communications (2014)

[3] Si LZ, Chen JY, Huang XH, et al., OsSPL13 controls grain size in cultivated rice[J]. Nature Genetics (2016)

[4] Yano K, Yamamoto E, Aya K, et al., Genome-wide association study using whole-genome sequencing rapidly identifies new genes influencing agronomic traits in rice[J]. Nature Genetics (2016)

[5] Meyer RS, Choi JY, Sanches M, et al., Domestication history and geographical adaptation inferred from a SNP map of African rice[J]. Nature Genetics (2016)

[6] Guo Zilong, Yang Wanneng, Chang YuMa et al., Genome-Wide Association Studies of Image Traits Reveal Genetic Architecture of Drought Resistance in Rice[J]. Molecular Plant(2018)

[7] Zilong Guo, Xiao Liu, Bo Zhang et al., Genetic analyses of lodging resistance and yield provide insights into post-Green-Revolution breeding in rice[J]. Plant Biotechnology Journal(2020)

[8] Cong Zhou, Qian Zhang, Yu Chen et al., Balancing selection and wild gene pool contribute to resistance in global rice germplasm against planthopper[J]. Journal of Integrative Plant Biology (2021)

[9] Jun Yu, Chengsong Zhu, Wei Xuan et al., Genome-wide association studies identify OsWRKY53 as a key regulator of salt tolerance in rice[J]. Nature Communications (2023)

[10] Xiaoding Ma, Hao Wang, Shen Yan et al., Large-scale genomic and phenomic analyses of modern cultivars 2 empower future rice breeding design[J]. Molecular Plant(2025)

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