在進(jìn)行FISH實(shí)驗(yàn)之前，首先需要設(shè)計(jì)并合成與目標(biāo)微生物的特定基因序列互補(bǔ)的探針。這些探針通常帶有熒光標(biāo)簽，以便在顯微鏡下進(jìn)行可視化。

對(duì)于雙鏈DNA探針，需要在實(shí)驗(yàn)前進(jìn)行變性處理，將其轉(zhuǎn)換為單鏈形式以便與目標(biāo)序列進(jìn)行雜交。這一過(guò)程通常在70℃-80℃的條件下進(jìn)行約10分鐘，隨后迅速冷卻以防止探針重新形成雙鏈。

樣品的固定是FISH實(shí)驗(yàn)中的關(guān)鍵步驟。通常使用4%的多聚甲醛作為固定液，以保持細(xì)胞的形態(tài)和結(jié)構(gòu)完整性。固定后的樣品需要經(jīng)過(guò)一系列的脫水步驟，通常使用50%、80%和100%的乙醇進(jìn)行處理。

在樣品脫水后，滴加含探針的雜交液，并在濕盒中進(jìn)行恒溫雜交，時(shí)間一般為1-3小時(shí)，溫度根據(jù)探針的設(shè)計(jì)選擇在37-46℃之間。如果需要進(jìn)行預(yù)雜交，可以先使用不含探針的雜交液進(jìn)行處理，以減少非特異性結(jié)合。

雜交完成后，使用預(yù)熱的清洗液進(jìn)行漂洗，以去除非特異性雜交的探針。隨后使用超純水清洗并吸干樣品，然后進(jìn)行熒光顯微鏡下的觀察。