自然:如何消除基因數(shù)據(jù)的不一致
來自美國范德堡大學的研究人員發(fā)表了題為Inferring ancient divergences requires genes with strong phylogenetic signals的文章,針對不同基因樹之間存在的不一致性展開了探討,指出要消除不一致性需要的兩大依據(jù)這一研究成果公布在5月16日的Nature雜志上
領導這一研究的是范德堡大學Antonis Rokas博士,其研究組主要研究方向是基因組系統(tǒng)分類,曾參與研究報道稱,生物進化并沒有選擇特殊蛋白的偏好密碼子
雖然**個基因組是在10年前的測定,但是基因組已經(jīng)對系統(tǒng)分類有了很大的影響基因組數(shù)據(jù)使研究人員發(fā)現(xiàn)了建立生物之間早期關系的新的標記大量的數(shù)據(jù)給系統(tǒng)分類建設的推斷以更多的信心,但也帶來了挑戰(zhàn)研究人員需要更大的計算機和新的統(tǒng)計算法來處理這些數(shù)據(jù)有些棘手的問題也變得更清楚,包括某些基因歷史看起來更像進化網(wǎng)絡而不是樹比較基因組學將使可以得到的分子數(shù)據(jù)極大地增加,從而在組建一個更清晰的生命之樹上起關鍵作用
為了解決不同基因樹之間存在的不一致性問題,在這篇文章中,研究人員對來自23個酵母基因組的1,070個同源基因進行了系統(tǒng)基因組分析,發(fā)現(xiàn)這1070個基因樹中與從級聯(lián)分析得到系統(tǒng)親緣關系均不一致而且這種不一致性會隨著系統(tǒng)更深入,節(jié)點更短,而程度更大
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